DreINT0040162 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000001881 | cacnb3a
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060221-2]
Coordinates
chr23:14346373-14385973:+
Coord C1 exon
chr23:14346373-14346465
Coord A exon
chr23:14346466-14385853
Coord C2 exon
chr23:14385854-14385973
Length
39388 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
CCCTGTGTCTTGTCCTGCAGGGT
3' ss Score
12.06
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTTCAGCCGATTCGTACACGAGCAGACCTTCGGATTCCGACCTGTCAGCGGAGGAGGACCGCGAGGCGTATCGGCGTGAAGCCGAACGCCAGGCCCAGCTGCAGCTCGAGAGAGCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000001881:ENSDART00000087280:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.925
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF120523=VGCC_beta4Aa_N=PU(92.9=97.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]