DreINT0040940 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062173 | camsap2a
Description
calmodulin regulated spectrin-associated protein family, member 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3016]
Coordinates
chr22:22340667-22347686:-
Coord C1 exon
chr22:22347606-22347686
Coord A exon
chr22:22340803-22347605
Coord C2 exon
chr22:22340667-22340802
Length
6803 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAAAGGTA
5' ss Score
-30.81
3' ss Seq
TTGGTGTGTGTTTTCTCCAGGCG
3' ss Score
10.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAATGAATACTTGAAGGAAATCATAATGCAGGAGCAAAGGCGGATGGAGGCGCAGAACGCAGAGCCTGTTGAGAATCCA
Seq A exon
AAGGTAAATGTGCACTTTCTGCTCTCGCTCTGAATCAGCAGTGACTCAACCGTTGCTTTCATCTGGGGGAGGAAGATACAAAAAGATGGATTTGTTTTTGGTCATAATGAGTACTTGCATGTCTCTGAAATCTGCTTAAAACGTTCTGCAGACATGAAATGCTTCAAATACAGGTTATTCTGATCAACAATGCGCATACATATTTGGGAGGAAAATACAATGCTTAATTAATTTTAAATTAATCTAAATTTACAATCTTAAACACAAAGCAAAAGGATTGCAATACTTTAACTCATCGCCTAAAGGTTTTGTCAGTCGTTATATTGTTATTTCAGTATTTTATATACTAAATGATATATGTCTTGTTTATTAAATATGAATACATGTTTTTTGACTAAATTAACATGGATTCATGTCATATGATTTTTATTGCAGTTTAGGTAGGTTTCAAAACTTGTTAACAAAGGTTCGGCAGAGGGACCACGCCTCACTTTGCCTCCTTAAGCAATCACCTACTCCCTAAAACTTATTTAAGGCAGACTGTCCCTCTTTAGACCAGAACAAAGTCGGTCTATTGTCTGGCGCAAAGTGCGCCTGGCTTACACACTACACACAAGATGTAGAGCAATACACAAATATCTTTACATATGAAAAAAATATAATATATTAAGTATATATATATATATATATATATATATATGTATGTATATTTAATAAGGATATATATATAGGATATAAATGATTAAAATATTACAAAACATATTAATTTCTAGCCTACATGAATTTAAAAACCACTGCCATCATACTTTCTTCATCTCGGGAAGCTTTTTCAGTTCATTCAATTTGCTTTTGTATAATGTTATTATTATTAGCAGTATTTTTTATTATATCCATATTTATATTTGTTTTATTAAAAACAAGCTTAGATTTGTCCACCTGTCAAGTTTTAGACCATATCGGGCATGGCAGGTGTATTTGGAAATAACTCAGTATTTTGACCACACTTGGTTATTATTGTTCATTTATTCGTTTGCTAGAAATTAGAACTGAATTTAGAAATAGTTTTGAAACAAATCTTTGCGCTTAACAAACGAAATGAATTATTTATAGGCTAATTGATGTCTGTGCGTAAAGGTTTCCCTATCCACGAGAGCAAAAGCGAAAGTGAACTTACTTTACTTACTTTACCTCTGATTGGTTTATTATCAAAAAACACACGTATAACTTATTAAGAAAATAAACGGAACCCTTTAAGACCATGCGCCACGGCGCAAAGCAGATTTTCCCATCCTTAAATTAGCAAAAATGCGTTCTGACACGCCCTGAAAGCATTTGCGCCCTGCATTTTGTGCTCTGCGCATGAACCGTCAAAATAGAGCCTTAAATGTTTATTTAAATTGAACATTAAACATTATTAAAAACTTGAAAACATAACAAATAAAATTTGTTATTAACTATTAATATTTGTCTGCTACTGCACATTCTTGTCTGAAAGGAAGTAGGATTGTTCAGTAAGTGTTGTCTGAGTTGACATGAGTTCACAGGACGCTGCCGGACATCATCACTTGTGTTGTCGTGTTTTGTAACATACTGCAGTTGCAGGGTATTTCTGACTTTGCTGAATCACAGTGTTGCTGATTCCTCATGCAGACGCTCCAGCAGGCTGATGGAAGAGCGATGTTTGCTGATTCATGTCTAAAACGTTTAGCATTTTATCTTCTTGTCCTGACGTGACAGTATATTTGGCGAACATGGTGGGATGACGTCAGTTTTTCACCTTGTTTTACCTTCTCGCTAAAGAAAAAAGAGTGTTTATGTACACCGTGTCCTTTATTAAATAGATAGCAATAGCAACAGATAGCAGTAATTCTATGTTTAAAATAGCAAGGTTGATCCAATTCTGATTTACTTACCATTGTGTTGATATAATAAAGAAGAAATTTCAACAAATGTCCTGCTTGTGCTAGTTCATGTAATGGCAAAAAATAACTACTGCCTTTTAGCTTATTGAAGTATCACAGAATGATCTGATGTGACGCGTTCCAGGGGTTTAGTGAAAAACAAACTGAAACTTCATGTGTTATACCATGTTCTAAGCAGATGCGATGCTGTGAGCTTATTTTTTAAGGCCATCAGGGTCAAAAGTCCTTAGGAAAATTGCATGAATTTCTATTGTTTACATACAATTTAACTGTGTTGATGCCACAATTTTTTCAGTGTGTTTTTTTAGTACACAGACACGCTCTTTGACTATATCGTGGTGTCAGTGTATTTTTTGACCAGCTCAAGGCAAAATAATATGAAAGTTTTTGTAAGTTTTTTGACATTCTTGATGTGGCAGTTTTGGACGTTACTGTAAGTATAAATGCACAGTTTGACCAACTCGAGGTGGACATTTTTTGTGTTTTTTTAATAAGTGCAAATGCTCAGCTCTTCTCTAATAAGTATAAATGCACAGATTGACAATCTCAAGAAAAAAATAGAACATTAGTAAGTGTAAATGCACAGTTTATCTCAGGGCAAATATTTTACAGTTCTTTAGTAAGTGTAAACCTACAATTTGACCATCTTGAGTTGAACATGTTAAATGTTTCTTTTGTAATAATGAATATGCAATTTGTCTGATTTGAGTTGGAAATAGTTAATGTTTCTTTTGTAAGTGTGAATGCGCAGTTTGACCACACTAATTTGGACATTTTAAGCGTGTAATTTTTAATGGGTAAATGCGCAATTTGACCGCCTTAAGTTGGAAATATTAAATGTTTCTTTTTAAATTGTGAACGGTAATTTTTACCATCTTGAGTTGTAAACTTTAAACGTTTCTTTTTTAATTGTGAACGCGCAATTTGACCGTCTTCAGTTAAAAATTTTAAATGTTTTGTCAGCGCAATAGCCTAGTGGTTAGCGCGCTGACATATGATGCAGTAGCACGTTAGGATGTACCATGTTCGAATCCCGGTTCGAGGACATTTCCTCCCCATTGACTAAATTTGACTGTCTTAAGTTAGAATTATTAAATGTGTCTTTTGTAATTGTGAATGCGCAATTTGACTGTCTTAAGTTGAAAATGTTTAACATTTCATTTGCAAGTGTAAATGCGCAATTGGATCCTTTAGAGTGGTGATTTTAAACATTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTGTAAGTGTGAATGCCCAATTTGGCTGTCTTGAGTTGTGAATTTAAAACTTTTTTGTTAGCGTGATTGCTCAATTTGGCCATCTTAAGTTGTGAATTTTGAACGTTTTTTTGTAAGTGTGAATGCACAATTTGTCCACCTTGAGTTGGAATTTTTCAACGTTTCTTTTATAAGTGTGAAAGCACTAATTGACCGTCTTCAGTCAGAAATTTTAAACATTTCTTTTGTAAGTGTGAATGCACAATTTGACCATCTTGAGTTGAAAATATTTAATGTTTCTTTTGTAATTGTGAATGTGCAATTTGTCTGTTTCAGTTGAAAGTATTGAATGTTTCTGTTGTAGGTGTGAATGTGCATTTTGACCATCTTGAGGCATGAATCTTGAAAGCGTTTCAGTTTTGAACATCTTTCTTTCACGTTCGTAGAAATGCACAGTTGAATCACGTTGAGGTGCCAATTATTAATATTATCTTTAGTATGAGTAAACATACAGTTTGATATTGTTTACACAGCTATTTAAAAAAATGATGTGTACAAAACACAAATTGACCAAGTTGTGGGACGATTTTGAATGTTTTCCTGTAGTACACGAACGCACGGATTGAACAACTGGAGACGGCAATTCTAAACAGGATTTATAGTATATGTACTGTATATACAATGTACCAGTTCATCACATATGCACAAATATAACAACTTGTTGACCAATTGACATGGTAAAACTGCATGTGCTGACACAACCAATTTACTTGTTCTGGTTGAATCTGTGATACTTTTTTATCTTTAATAAAAAAAAAAACACAAGACTGATTGCTTATTCACTTGCGCTATATCATATAGTATAAGAGCACGCCACTTTAAAATAAAAATCAGATTGTGTGGTGTGTACAGCATAGCAACAACACATTGGTCTGTAAATGATGACTACATTTTAATTTCTAGGTGAGCTTATCATTTAATGTCACAATCGGAGCGAGTGTGAAGTGCAGAGTCATCAGACTGCACTGTTTTGGGCGTCTGACAGTATTCGGTTCACCCGTCCCGGGGACACACATCTGACGCTAATGAGAGCCGTCAGTTCTCATAGGCGGTGTGTGTATGTGTGAGTTTGAGAGGCAGTGCGGGCACAATCAGTGCTGAAGAGGAATGTCAGGCAGTTACACAACATTATAAACATCCTGCAACAGCCAGCATGGCATAAAGCACTCAGACTGACACACAAACACAACAGATGATAACAGCTCTGCTAATATATAACAGAACGAACACACTCTTATGGACATTCACTGTTATTAACAGGTCTTTTTTTGTTGGTTTTTTGCCCAGCCGAAAGTACACTCTTGTTTCTAGACATAATCTGCAGGCAAAAGACTAATCCTGTAAGTTTGCAGTCTTTCTATGGCATCCTGGGTAAATGTGCTTTATCATTGTGATTCGCAGGGGTTTAATTTCTGTCAGTTTTTCTGCTCTTCGGGTTTGGACCCCTGCAGATGTTTTGGCATGCCTTTGATGATACTGTTCCTGATTCCAGTCTTTTAAGCCTTGAGAGAAGTTTGAGAGAAGCTTAAAACTGTAATAAAAGCAGAAGCATGGCAGGAACCAGGACACGGTGTCCTCTGGAGAGGGGACAGTGAACGGGACAATTTTTTTTTATTTTGGTTTCTATTTCTGTCTCGATGTTGTCGTCTTTCCTTCTCTTTTGTGAGTGAAACGGGATCTCAAATAAGAAAGACTTTTAGGCGGGAATTGATTTTGACCAATGGGAATTGATTGGATTGTGGTGGTTTGCTATTGGTTGATTTTATGTGAGTGACAAGTTGATGACGCCCTCATGTCAGTTACTAAAT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Seq C2 exon
GCGCGTTACAGGAAGGAGCAGGTTCTGCCCAAGTGTTTACCGTGGATCCCTCCGGTGGACAACCTGCTGAAGGACAGCACAGATGGCTGTGCTCTCGCCGCCCTGCTGCACTTCTACTGCCCCACCACCGTCAGCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062173:ENSDART00000142947:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.425 A=NA C2=0.014
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF119713=CAMSAP_CH=PU(47.6=84.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]