DreINT0043704 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010792 | cdc25b
Description
cell division cycle 25B [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000330-5]
Coordinates
chr13:14788558-14790236:-
Coord C1 exon
chr13:14790150-14790236
Coord A exon
chr13:14788621-14790149
Coord C2 exon
chr13:14788558-14788620
Length
1529 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TGCATTTTGTCTTTTTAAAGGCT
3' ss Score
8.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCAGAGGTCCAAGTCCTTTAATCACTCACAGATTGAAAGAATGTTGGACACCGATCCTAGTAATGTGATTGGAGATTTTACCAAG
Seq A exon
GTGAGTGTAAGCCTGGTTTTTGAACAGCTAATGTGTATCATTCTTAAGTGTGTTATTCTTTGTATATTTTATTAAATTATATGGTAAAATAAAATAGTTGCAACTTTTTAAAATAATATTTATACATTTAATAAATCACTAATGTAGTTAAATTTGCATGTCTATTTTAATTTCCCTCTTGTTGTCAGGTATTTTAAAGCGAGTTAAAAATATTTAAAATATTAATTTCTTAATACACTTTGAAAGTGAAATTATATCTTAATTTCCTTCAAATTAAAATGTGCTATTTCATTGTTATTTTATTTAAACAAAATGAAATGCGTAGTTTGATGGTTTAAATTTAGATGGTTTCTTTTAATAATAATAATAATAATAACCTATTTTAAATATGAAGCTGTCATTTTAATATAGCCATTTACATAATATTTATTATTAATAATAATAATAACAACCTATTTTAAATCAATTAGTTAAAATATCCATTTGGATGATGATGATGATAGTAAAACTAATGTAAAATGCGTATTAAAATGTAGCCATTTAGATGTTAACCAATTTTAAATATAAAATGGTTATTAAAATGTAGCCATTTAGATGATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATGATGGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTATTATTATTATTAACCCATTTTAAATGTAAAATGGGTATTAAAAAATTGCAATTTAGATAAATTGAATTGTGAAATAATAATATTAAAATATAACCATTTAGATGATGATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAATAATAATAATAATGATTATTTTTTTTTTTATTATTATTGTTATTATTGATACCCATTTTACATTTAAATTGGGTTAAAATATAGCCATTTAGATAATGATATAAATTATATAATAATAATAATAATGATAACAACCCATTTTAAATAAATGTGTCATTAAAATATAGCCATTTGGATTTTGATGATGATAATAATAATGAACCCATTTTTAAATGTAAAAAGGTTATTAAAAAAATGGCCATTTAGATAAATTGATTAATTGTATAAATTGATTTATTAAATGTATTAATAGTAACTCATTTTCAATCTAAAATGGTTATTAAAATATAGCCATTTAGATAATAATAATTATAATAATAGTGATAATAATAATTAACATTATTTTATTTATTTATTATTATTATTATTATTATTATTGATACCTATTTTACATTTAAAATGGGTTAAAATATAGCCATTTAGATAAGGATAGTAATTTTATAATAATATTATTAGTAATAATAACCTATTTTAAATATAAAGTAAAAATATTGCCACTTTAGAAAATACTTAATAATAATAATAATAATAATGATAATAGTAATAGCAATCAATTTAAAATGGGTGTTACAGTATAGCCGTTTAAATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTATGCACAGGTGACATTGTTTAATAAAATGTGTATAATATACATGCATTTTGTCTTTTTAAAG
Seq C2 exon
GCTCCTGCACTGCCCACAGTACAAGGAAAACACCAAGAGTTGAAGTACATCACTCCAGAGATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010792:ENSDART00000020576:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.552 A=NA C2=0.143
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF066178=M-inducer_phosp=PD(5.3=48.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]