DreINT0043707 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010792 | cdc25b
Description
cell division cycle 25B [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000330-5]
Coordinates
chr13:14784352-14788196:-
Coord C1 exon
chr13:14787951-14788196
Coord A exon
chr13:14785521-14787950
Coord C2 exon
chr13:14784352-14785520
Length
2430 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTATGT
5' ss Score
6.93
3' ss Seq
GTTTTCTTTCACCTCTGTAGGCA
3' ss Score
9.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGCTCTTAATCTCCACCAAGAGGATCAAATCGAAGACTACTTTTTACGCAGTCCTATTCTCCCTGACTGCCCCAAGAAGCGCGTCCTGCTGATTTTTCACTGTGAATTTTCTTCAGAGCGTGGTCCACGGATGTGTCGCTACGTTAGAGAAAGAGATCGATTTGTGAATGAATACCCCAACCTCCATTACCCCGAACTCTATATCCTGAAAGGAGGCTACAAAGAATTTTTCCAGATTCACAAA
Seq A exon
GTATGTGCAATTCCTCAGTTGCTTTCTAATATTATAGGTGTAACTACAGTGCTCAGCATAAATGAGTACAGCCTTTTCAAAATTAATTTTAAACAAAAACATATTTTATATTATAAACAAAACAGATTTATTAAAACACATACATCTATTAAAATTATATTTTAGTCACAAGACATCACAAAACATTAGAAATGGAAAGGTAATACAATTCAATTTACGCAAATTATTGCAAAGCAAAAACTACAAACTACAATTTAAAAAAAATTGTAAATTGTTTTTATTCATTTTTTGTTTGTCTTGACTTTTGCTAGTTTTGAAAATGCCATTTAATATTTTTCTCTGACATATAAATTTGGAATACTAATTTTAACAATTATTGCAAGTTTTTTTTTTTTTATTTAGATAAGCTTTAGTTTAGTCAGTACTAAAGCCAAATCTGTTGTATATGCACAATTTGGGGGGCTTTGCGTGCGTGTGCGTGTGCTCTGAACACTGGATAGGGTTCTGGATAAGGCGTCTACATGGTAACTAATTCACATTCTATTGTAAGTAGTTAGTGTAAGTTGACATGTATTTGCTAAGTTTATGCTGTTCACACCAGACGCGGAACGCAGGGATAAATTGCGATATTCGTGCGCAAATAGCTGCGTGAACATTTGAGTTAACTCGCTTCATTCGTGCGTTAAACACTACTTCATCCACGCGTCAGATCCGTTTCATTCGTGTGTCAAATTCAGTGTTACTCATTTTGGTACATATTATGAATTAGATAAGAGCTATTAATCCTTCATAATGTGCTGATCTCCATTTTGAAACCCACACAATTTTAATTGAACATCGCTCTGATTTGCAGTTTTTATTTTTTGTTTTTTATGCTTCACTTTGATTCATACATTTCATAGTACAATCAAATCCTGCATTGACCCACAGGAAATAGTTGTCGCATGTGATTTTTTTTATTTATTTATTTTTTTTATAAAATGGCTTTAGTTTTTCAACATGTATTTTTTAAAGTTGTTGTTTGTTTTTTTTTTATAAATCTAGTTTATTGTTAAGTTACAAAGACGGTTGTCTATAGAATTAAACAAAATGCTTGTTTTGAAAGTAACTTGATGCTTAAAGAATGTATTTGCACTAATAATGTTGATAATTGCAGCTAAAATTTGTCATATTAATGTTCAGAAGATTGTTTTTAATACTAATTCGTCTAGTAATGAAAATTATACAAATTTTTTGAAGTGAATTAGTGAATCTTTATTTTAAACTGATTTAAAAAAAAAAATTATTTACCTATTGATATTTACCTTGATAAAAGATAACTTTAGTTTTATATTTTCAAAATTTTCAAAAAAGCAGAATTATCTCTTAAATAATAATAAAAAGATTTCTCAGTTAAACTACAACCGAAACGAACTCAAACTACAACCTAAAATCTAAATCGTACACACATACTGCTGTTGATGTTGAAAATTACATATTGGTTATACGTCCAAGCAAACATGACACAATCTGCCTGCCAACAATTAGAAATATAAACAGCATTTATAACAAACAATAACAAATAGGGCTGTATGATATTGATTGGAAGTAAAATTTCACCGAAATACTTTTATTTCTGTTTGGAAAGAATTTATCATGTTAAATTGATTTGGATGATCGTGTATGTGCACCAATCCTGCATAAAATGTAATAAATCTAATCTATAAACGGTTGAATACAATAACGATAAAAGATACTATAGAAATAAAGTGTTTAATTATTTTCAGAATCAAATGGTATTCAGGTACATTAAGACTAAAAATAAACATTAACTTTTAAGTTTTAAATGTTAAACGCTTTGAAAAAAATATATAAAAATAAAAAATCACTAAATAAAAAAATAAATCACAGATGCATGCATATTGTAAATTATAATACAAATGACATATTCTATGATGTGAATATTGCGAGTTAACATATTGTGATATCGATGCTGTAAGGATATATTGTGCAGCCCTTGTTGCAAACTTAAATCTAAGGAATCAATACGGGTTTTGGATTTGTTCACTAAAGTCTGAGCTGCTCCAACTGAAAGAAACTTTTACTAAGTATTTTGAATGCTAGTGCATTTGTAGTAGTGATGGTGGTGGTAGTAATAAATGCTGGCATGTGTATAAAAATGATTCATGTCCTTATTGAACATAATCTTATAGCAAGTCCTCTCTGTTAAACCAGTCCTAAAGATTCTCCTCATGCATCTGACAAAAAAAATACATAGGTTGCATAGTGTAATAAAGTAAAGCAATATAGACCCTTACTGATGATTTTTTATTTTTTTTTTTGTACTAATATGTGCAGTTACACCTCACCGTCCTATTTCCAAAGTTGTATTTTTATTGAATTTTCTCATTAAAGCTTATGATCTATGCATGTTTTCTTTCACCTCTGTAG
Seq C2 exon
GCAATATGTGAGCCCCAGATGTATAGACCGATGCTTCATGAAGAGTTTAAAGAAGACCTGAGAAAGTTTCGTCTGAAGAGCCGCACCTGGGCCGGAGAACGCAGCAAGAGAGACATGTACAGCCGTCTCAAAAAACTCTGAGGCTCGCCAAAGTGCTCATGATTTTACGGTCTTTTTGCTCATGCTGCCTTCATAACATGAGCCATGGCAGAGACCTGAAGACATACATGTGTGTGTTCAGTGCGGGAACCTTTCTGCGTTTCAGGGTTTGACATTAAAAGAGGACGAGAGGTTATTTTGAGTCTCTGGCTGTTTGTTTTGATGTCATCACTTTTAAACTGCCACTTTCTTTTATATATATTTTTTTTAAATAATAATAACTATTGATCTCCCTTTACAAGTACACTGCGGCAAAGACACTGTCATGAACTGTTTTAAACGAACTAGAATTTGTATTCTCAGGTTTTTTTATTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTATTATTATTATTTTTTTATCCACTTGCCTGTGTTAACTTGTCAGAATATTCACTATTTCCCCCCCTTCTCACCTTGAGCACTTTTTTAAATAAATGGATGTGGTGAATAAGTGCTATATAAATGTTAAATCTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATATAAATAGCTCCTTTTCCCCACATCCGATCGGTTGCTGAATGTAACTAATCTGAGAAGGATAATACTATAATACAATTATTTAAATTGATTTTCATATTCTAAAACCACATTATGTACCTGCTATTATTGCAATAATGATTAAATTTTTTTTCTTTACCTCTATAATATGTAAACTCTGCCCATATTGTTCAATGTTGTTTTGAGGGAGCCAGCAATATATTTTTTATTTTATATATATATTTTTTTTTCCCCCCCTCACTTGACTGACAGCTTTAACTCAGGGACTGGATCCTGACTTTTGCTGCAGGTTGGCAAGTGTTGACCACATCATAGTTCACCAAACCAGATCCAGTTCTGCTTGTTCTATAAACCAGTGACTGTTGAGCGTTACAAAATTCTCATTTGCCTTGCAAGGGTGTATGTGTTTTGTAAATTCTACCTTTCTGAGTGTGTTTTATTGGTCTTATGAGACTGGTTTATGTATTCATGAATAAACGTGGAGTTTGGGGTAATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010792:ENSDART00000020576:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0058115=Rhodanese=PD(72.2=95.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]