DreINT0043785 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000019383 | cdc42bpb
Description
CDC42 binding protein kinase beta (DMPK-like) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3647]
Coordinates
chr20:18594396-18635919:-
Coord C1 exon
chr20:18635745-18635919
Coord A exon
chr20:18594488-18635744
Coord C2 exon
chr20:18594396-18594487
Length
41257 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
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3' ss Score
10.28
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGAAGCCGTTTACAACCACTGTGAAAGAGATGCGCCTTCACAGAGACGACTTCGAGATGCTGAAAGTGATCGGCAGGGGAGCCTTTGGAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000019383:ENSDART00000049437:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PU(10.5=41.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]