HsaINT0031671 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121388 | CDC42BPB
Description
NA
Coordinates
chr14:103478434-103523742:-
Coord C1 exon
chr14:103523336-103523742
Coord A exon
chr14:103478526-103523335
Coord C2 exon
chr14:103478434-103478525
Length
44810 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TTTTACTGTTTTACTTGTAGCTA
3' ss Score
9.28
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGGGAGGAGAGCGGCCCATGGACCCGCGGGGCCCGGCGCCCCAGACTCTGCGCCGTCGGGACGGAGCCCAAGATGTCGGCCTAGGCCGGGGCGCGACGACGCGGACGGGGCGGCGAGGAGGCGCCGCTGCTGCCGGGGCTCGCAGCCGCCGAGCCCCCGAGGGCGCGCCCTGACGGACTGGCCGAGCCGGCGGTGAGAGGCCGGCGCGTCGGGAGCGGGCCGCGCGGCACCATGTCGGCCAAGGTGCGGCTCAAGAAGCTGGAGCAGCTGCTCCTGGACGGGCCCTGGCGCAACGAGAGCGCCCTGAGCGTGGAAACGCTGCTCGACGTGCTCGTCTGCCTGTACACCGAGTGCAGCCACTCGGCCCTGCGCCGCGACAAGTACGTGGCCGAGTTCCTCGAGTGGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTAAACCATTTACACAGCTGGTGAAAGAAATGCAGCTTCATCGAGAAGACTTTGAAATAATTAAAGTAATTGGAAGAGGTGCTTTTGGTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121388-CDC42BPB:NM_006035:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)