HsaINT0031671 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198752 | CDC42BPB
Description
CDC42 binding protein kinase beta [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1738]
Coordinates
chr14:103012097-103057462:-
Coord C1 exon
chr14:103056999-103057462
Coord A exon
chr14:103012189-103056998
Coord C2 exon
chr14:103012097-103012188
Length
44810 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TTTTACTGTTTTACTTGTAGCTA
3' ss Score
9.28
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGCGGGGCTGAGGGCGGCGGGGGCGGGCCGCCCGAGCTGGGAGGGCGGCGGCGCCGAGGGGAGGAGAGCGGCCCATGGACCCGCGGGGCCCGGCGCCCCAGACTCTGCGCCGTCGGGACGGAGCCCAAGATGTCGGCCTAGGCCGGGGCGCGACGACGCGGACGGGGCGGCGAGGAGGCGCCGCTGCTGCCGGGGCTCGCAGCCGCCGAGCCCCCGAGGGCGCGCCCTGACGGACTGGCCGAGCCGGCGGTGAGAGGCCGGCGCGTCGGGAGCGGGCCGCGCGGCACCATGTCGGCCAAGGTGCGGCTCAAGAAGCTGGAGCAGCTGCTCCTGGACGGGCCCTGGCGCAACGAGAGCGCCCTGAGCGTGGAAACGCTGCTCGACGTGCTCGTCTGCCTGTACACCGAGTGCAGCCACTCGGCCCTGCGCCGCGACAAGTACGTGGCCGAGTTCCTCGAGTGGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTAAACCATTTACACAGCTGGTGAAAGAAATGCAGCTTCATCGAGAAGACTTTGAAATAATTAAAGTAATTGGAAGAGGTGCTTTTGGTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198752:ENST00000361246:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PU(10.2=41.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development