Special

GgaINT0056352 @ galGal4

Intron Retention

Gene
ENSGALG00000011432 | CDC42BPB
Description
CDC42 binding protein kinase beta (DMPK-like) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1738]
Coordinates
chr5:49874074-49898801:-
Coord C1 exon
chr5:49898624-49898801
Coord A exon
chr5:49874166-49898623
Coord C2 exon
chr5:49874074-49874165
Length
24458 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTGAGC
5' ss Score
5.97
3' ss Seq
TTTTTTCTTTCCCCAAACAGCAA
3' ss Score
10.04
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CAAGACCATTCACAAAATTGGTAAAGGAGATGCAGCTTCATCGCGATGACTTTGAAATTATAAAAGTGATTGGAAGAGGTGCATTTGGTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011432:ENSGALT00000018644:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PU(4.9=41.9)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]