Special

MmuINT0032861 @ mm10

Intron Retention

Gene
ENSMUSG00000021279 | Cdc42bpb
Description
CDC42 binding protein kinase beta [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2136459]
Coordinates
chr12:111345532-111377718:-
Coord C1 exon
chr12:111377097-111377718
Coord A exon
chr12:111345624-111377096
Coord C2 exon
chr12:111345532-111345623
Length
31473 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTGAGT
5' ss Score
7.93
3' ss Seq
AACTGTGTTTCTCCTTACAGCCA
3' ss Score
10.73
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCAGCGCGGCGGCGATCGGCCCCGCGGTGGTTGGCTGCGCCGCGCTGGCCGCGCCCTGGTTGGCTTGCAGGTCGCGGGCTGGGCGGCTGGCCGGGCTGAGGTCGGGGCTCGGGCGCCGGCCGGGTGTACGCGGTGCTGGGCTCCGCCGCGGTCCGGGTCGGTGACGGCGCGCGCGAGGGCGCGGCCAGGCGCCGAGGGCGGGGACGGCGTGCGGGCGGCGCCTAGGGGAGGAGACCGGCCCATGGACCCGCGGGGCCCGGTGCCCCAGACTCGGTGCCGCCGGGACGGAGCCCAAGATGTCGGCCTAGGCCGGGCTGCGACGACAAGGACTGTGCGGCTACTGGACGCCGGGGTGCGCGGCCGCCGGGCCGGGGAGTGCTGGCTCTGACGCCGGGGCGCACGGACGGAGAGAGGCCGGCGCGTGGGGAGCGGGCCGCGCGGCACCATGTCGGCCAAGGTGCGGCTCAAGAAGCTGGAGCAGCTGCTCCTGGACGGGCCGTGGCGCAACGATAGCGCCCTGAGCGTGGAGACGCTGCTGGACGTGCTGGTGTGCCTTTACACCGAGTGCAGCCACTCGGCGCTGCGCCGCGACAAGTATGTGGCGGAGTTCCTCGAGTGGG
Seq A exon
GTGAGTAAGGTGCCGCTCGCCCCCCTGCGCCTCTCACTGCTCGCACCCGCGCCGGGCCTCCCTGGTTCTGCGCTCCGGAGCCACATCCTCCGTTTGCACTCCCCCCACTCCCGGCCATCGCCCTGGCCGCTTCCTAGACCCACCCTCCCAGTCTGGATATCATTTCCTGCAGCGCTCCCTGGGATATCCGCCCTGCCCCCGCCCCGGACTAGCCTTTGGGGTCCAGAGTCGAGCCTGGAGCTACCCCTCCTAGCCCTAGACTCTACCGGGTGGGAGGGCAGCCTCTGTGCCTTTTGCACCTCCTCACCACCCGCCCCTGCTCGGTGGGCCTTCCGAAGGCTTCGTTCCACAGCCCAGCCCCTAGGACTCCACCCAGGTGACAGCCTGTCCACCTCCCCTTGATGTCCACGGCTTGAATATCCCTTTCTTTTAGCACGTCCGAGCAGTTTTTAACTGTTAAAGGTTTTATATAAAATACAAGAACCCTCCCCCAACACCCCCAACCCCCGACTCCCTAATTGTAACCGTGTCAGACTGGTGATATTTCGGGGTGTGTGTGACAGCTAGAACTGTCACTTAAAAACTTATACATCTGATCTTGGGTATTCGGTTCATCTAGGGATCTAATGCAGTAATCATAGATCGGATGATCTATTGTGCTTTATTAGGACGAATGCTTGATTAAGTCATTCATTGACAGTTCTCAAGACAGGCTACAGTGTAAGGTTTCAACCAACCCGGACAGTAATTTCCCCTTAAGACCCTCAGTTCCCTCACAAGGACTAAGGAGGAGGAAGTGTGATTTAGGTTCAGGTCCAGCTCTGTAAATCTTGTCCTTGGTTGCTTTCGTCATTGGGCTAAGACTGTGCAGTTTGAACCAGTCATTTCTAATCTTCCGGACAGATAAGGTTGATATTTACAGGAGGAAACAAATGTGTTCCACATGCAGGCCTCCTCCTCTAACCGAAATCTAGAGCTGTGTGTAGAACTTCATTGTCCCTCAGTTTTAGAGGGCTTCTGCCTGGTTGCTATTCCGTGAGATGTTGCTGCAGCTGCTTGAGAGCAGCTAGGGGAGGTGTGGGGGCTTTGTTGTGAGGGGCCTCTCTCTGCTCTTGGTCACACAGAGGACTGAGCCCTTCCTTGAGAGCACTGGCTCTCCGGAGACTTAGCAGTGACACGATTTCCAGTTGGATAGTGAACTGATTTCACAGAGTTGCTTTGAAAGTGAGGTCTTTAGTGCACGCTGCAATCTGAGACTTCTCAACATTGGGTTTGCCATTCTTAGCACTGGATCTTGCGATCGAGGCAGTTCCGCAGTCAGGTTCAGCTGGGTGCCCTGCGCGAGGGATAGATACGTCGCTCTGCTCTGCTTGAGGAGAGGGAGGGCAGATTTTGTAATATTTGACCTTTCCAAATCTAAACAGAAGCTGCGTGCTGTCGTGTAGACATAGTTTTAAAATTGTGTTTTGTCTCTTGGAAATTGTGATTACAAATAAATTATCCTCTTAGTTCCTACTCTAAGCTTTTAATTAAGAGCAACCCAGCTGTGATGGCACCCAGCTGTAATCCCGGCATTCGGGAGGCAGAGACAGGAGGCTAAGTATTGAAGGTTAGCCTCAGCTACATTGTGACTTTGAAGCCCAGCATGGGGTATCTAAGAGAGAGTGTCCCTGAACAACAAAAAACAAATTATAGAACAGAATGGTCTTAAATACAAGATAAAATTTTAATGAAATAGTACCACTGTTTAGACTGCCAGGCCCTCTTACATATGTCCCTGTGTGTGCTGTTGTAACCTTGAAGTGGTGTGTTACCAGTAAAGACACACGTGTAGTCACTGTGTAGGTGTTTGGTGACAAGACAAAGAATGCTCTTCTCAATAAGACCATTCTAGAGCACTAACCTAACTTCATCCCGCCTGTTTGGGAGTCTCTGAGAGCCAGTTTGTCACCACACAGGTCTTGGCAAGTCTCTAGTGACCAGCAGGCAGGTCTGTGGAACTTAGGAAGGGAAACAGCCAACTCGGCCCTGAAGAAACTGAAGGGAAATCTTTGAGAAATTTGGAAAATAAAAGTAATAAAAAGTTTCTAAGTTGAAAGGTCTTTCCCGGTTCCCTGTGGCCGCCGTGTTTGTGTTGGATGAGGCACTGCAGGGCGGTCCTCACCTTGCCTTTGGTTATGTTTATCATCTGATTGGTTTCCTCCGTGAAATTCCAGGCCGTGATTAAAAGTTGGAAATACCGTGCCTTGTATGTGTGTTTCTTAAAATGGAAATTAGAAGCTGTTTGAAGCGCAGCATATGAAACACTTTAAAGTTTCCACTGGCAAATGGTAATAAATACAGACACCCCAACGTGCTGTCTTTTCTCTTTGTCTTTTTCTCTCTATAAAAATGTGTTTTCACATACGGAGGTTTTTTTCCTAGCTCAAGTGTAATCTTTGAAAGCGTCTCTGCTTGGAACCCCAGCTGGCCCCAGTGCAGGCCTCTGTCCTGGGCATCTTCTCTTGGGGTGTTTAACCCTTTAGTGAATAGAGTTAAGCTTTTTTATCCTTTTGGTTAATTCCTTGTAGCTTTCTCCCCTCTTTCTTCTCCTCCTCCTCCTCGTCTTCCTCCTCCTCTTCCTTCTCTTCTTTCTTTTGTTTATTCAAGACAGGGTTTCCTCTGTGTAGACAAGGTTGAACTCAGAGGTCTGCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCCGGGACTGAAGGTGTGTGACATTACTCCTAGCAAGCAGGTTTCTTTTCTTTCTTTAATAACATTTCTCTTCTCGTTTTTTCATGCATGAGTGTTTCCTCTGTGTGCACATACACGCACCCCATGCACTGCAGTACCCTCAGAGACCAGAAAAGGGTATCAGAAGCCCTGGGACTGGCTTTGCAGACAGGTGTGAGTTGTCCCTTGGGTACTGGGAATTGAACCTGGGTCCTCTAGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTTATATCTGAGTCATTTCTCAAGCTGCTTTAAAAAAAAAAAATCTGTGTGTGCACAGGCATGTGTACTGTAGTGCATGTGTGGCATCTAGTGGGAGTGGGCACTCTCTGCCATGAGCGTCCTGGGCATGGTGGTCAGGCTTGGTGGCCAGCACTTTTAAGTCACTTCACCCATCGCTCTAAATGCTCTTTCTCACCACCAGTGTGACCATACGTTCTAAGACTGGATGGCACTAAGTATCTCGAAATGCCAAGTGGCTTATGATTTCTGTGGATACGTTGTTTGTGGAACATGAAAATACTTTTTTAAATTATAGATTTTGGAAACAGATCTTTAATGGACTCTAAATTAGAAGGAAGTGCTGGAGGTTGGGTGATAAAAACATGGGCTAACATAATTTCTATTTTATAAGTAGCTCCTTAACTGTGCTCACCGACACTGAGCGCAGGACATGAGATAGACAGTGGAAACAAATTAAACATTAACAGACCAGTCTGGTCCTGCTTGGTGTCCTCGTACCACTGTGAGGACTGAAAAGCGAGCCGACAACAGTGTGTGCCTTACATTTCCAAACACAGAATTGCAGTTGAAGAGTTCTCAGTCAGGGTGCCGAGGTTGGGCCACCTACTTGGAAGTTTATCTGAGAAGTGTAGTGAATTGCTCTCTGCACAGTGCTCAAGGGTAACTTAGGGAACTGAGCCTACTGAAGGGTGGCAGGCAGGTCCCCCCCGCCCCCCCCCCCAGCCTCTTGCTGGGGAGCCAGGTGCCCAGGTTGCTTGTCTAGACATCAACCTGTGAGCTGACAAGACTTAATTCCAAACACAAACATGGGCTAAGAAAATCCAGTGATTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGGCAAGGATAAAGTACTTTTACATTTTTTAAAATTTTTATATATTTTGTGAATATGTATGTTGGCTACCATGTGTGGAGGTCAGATGACAGCTTCCAGGAATGAGCTCTGCCCCTCCACTGCGTGAGTTCTGGAGATCAAACTCAGGTTATCAGATTTGCTAGTGAGCAGCTCCATTACCTGCTGAAAGCATTGTACTGCCCTGAAAGTAGTTTTTGAGACTGATAACATTAATTTATTAATCAATAGATGAGACCAAATATAGGCTTTATATTTACTTGTTTGTTTATTTATTTTGGTCTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGACTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACTTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCTGGCCTTTACTTGTTTATTTTTAAGAAATTAAAATCTGAATAAGGATTTAGCTTACTTGGTAGAGTATTTGCCTAGCATGTAAAAATTCTGAGTTCAGTTTCTAGTACTGTGTTTAAATTTGACTTGGTGGTTCCTGCCTGTGACCTAGCAATGAGGAGGTGGAGGCAGGAAGATAAGAATTCAAGGTCATCCTTGGCTACATAGGTCATCGAGGGCTACATGAGACCCTGGAGCAAAAACGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTTTTAAAAATCAAAACAGTGCCGTGCGTTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGACAGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTACCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAAAACCCTGTCTCGAAAAACAAAAACAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAATCAAAACAGCATAACCAAGTAGTCTTATGAATCCAGTGACAAGATACATTTGGGTTCCTTTCCACTTTGATGTTATATAATTTACTTATTTTTTTTTTATTTTTTGGTGGAAAGTGCCCCTAACTACCCTTTGAGCCATCTCACTGGCCCTGGCGAACTTTTAACTTTTATTTATTTATTTTGAGGCAGAGTTTTATGTAATCTAGACTGCCCTAGAATTCTGAGTAGCCAGAGATGACCTTGAACTTTTAATCTCTGGCCTCTGCC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Seq C2 exon
CCAAGCCTTTCACCCAGCTCGTGAAGGACATGCAGCTTCATCGAGAAGACTTCGAGATCATCAAAGTGATCGGGAGAGGAGCCTTTGGTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000021279:ENSMUST00000041965:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PU(10.4=41.9)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types