DreINT0048877 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000026165 | col11a1a
Description
collagen, type XI, alpha 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070209-167]
Coordinates
chr24:28730715-28735578:-
Coord C1 exon
chr24:28735489-28735578
Coord A exon
chr24:28730769-28735488
Coord C2 exon
chr24:28730715-28730768
Length
4720 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGA
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TTTGTTTTCTCCGTCTGCAGGGT
3' ss Score
11.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGATCCAGGTCCTCAGGGCAGTCCAGGAAAAGACGGTCCACCAGGACTCAGAGGGTTCCCTGGAGAAAGAGGTCTTCCAGGAGTGACG
Seq A exon
GTAAGATCATGAATAAATCACCGCAATAAATCCTCCTAATCTTACAGGTAGACAGAAAGTTACGCAGCAGCCCTGGCTCATTACAGCCACAGAATTGGACTTCAATGCGCCTCGCAAAGACTTTAATAGGCTGTATAACCTCTAAAAAAGTTAACTTTGCATTGTATACATTATGCTAATTTGCCTGCATCTCACGTCTTTCCCTTTACCGCCTTTTGAAGCAGACTGGCTGTTGTCTTTTATATGTATTATCAGGCCAGAAAATGATTTAATTGGAAATGTTGGCAATTAGATTTTTTGGAGACGGGGTTGTTTGTTCATTGTTGATGTCTGATCTCAAGGTCAGTGGCAGTGGCTGGCTCTCCATGCGATGCCTGATTGTTTTCTACTGGGGCTATTTTTTTCCTCTCTCTTAGGACAGCAACAGTCATTACTGAGACCACCGTGTGTGTCTGCCCTTTAGAGAGGCAATCTCAAGCCCTCACACACATAAGCACACAAAACACGATGGCACCTCCATGAACCCTGACACACACACTCACACACAGATGCACTTACAAAGACATTAAGGAAATATACACATCAACAGGGTGTTTTATATATCAGTATGTAACTTATGGACCTAGAAGATATTTCCACATACTCACACACACACACACATAAGCTCTTGTCAGCGCTTTGATTTTCACTGCGTCCCAGATGACAACTGTCCTGTGAGACAAAAAAGGCCAGTAAATATCAGTCGTGTGGAGGCAGAACCAGCAGGCGGTCGAGTTCTGTGGATTTCACTCTCAAACAGGAGATTAATGAAACCCACAGTCAAAAAAGACCAAACCCGCTGTCAGTTTGGGCTGCTGTTTGTCCGAGAACAAAAATATGTTTACAAGTGCTAGAGATCAACAGCCTGCCATGACGTTGGTTATGTGTATTAGATTTATCAGGCCCGTAGGCAGCCTGGTGATAGGGGTGGTTCTTTTTTTCTCAAAAAGTGGACATTTTTGCAGTTATTCGCCTCATTTTCTCTTCAATTATGAGTTTCAAATACTGCATTTTAGTGACATTTCAAGCACTATTTTTTGCTAGATTAGCTTGTCAGTGGTTTTGATGTACCAAAAGCATTTCGTAAAGATTTAGAATAAAAAAATATGAAAATGATAGCCTATTTATTTTTTTAAATACAAATTTATCATATTATATATCATTACGAAAAAAATGGGGATCTGTTAAAGTTTTAAATTAAAAACTGTAGCCTATTGTAATTTATTAGGCAAATAACAAACTGGGGTGCGTTTCCGAAAACCATCGTTAGCCAACTAAGGTCGTAAGTTCTGTTGTTACAAACATAGTTTGTTGATTTGGCGTTTCCCAAATCCATCGTTCCAACGAACATTTGCAAATTGCGTCTCAAACTTGAATGCTTGCAACTACACCTCTGCAGCTGTAGTTAGAAACATAGCTCCTGGCTGTGTTCTTTTCCCAGTCATCCCCCCTATACCCTAATCATTTTAAACATTCCACCATTTAAACTTGGAATAATTTTTTTGACCCCTTCAGACCCTCCGTCCATTACAATGGACATCACATGACATCCCATTTTTCTGAAGTTTGGAACATAGTTCAGGTCTGAAGGGGTTAAAAAGCATTAAAGTCATCTCCCTTAGGTGTAATTTGCTTTCAAAGTATTTTTACAGTTCAGTTTTAGCAATCTTCATGTTTACAAATGCATTCCCTCTGCAGTGCACTTTGAAAACGTTGATGTCATTTTAAACACAGCCGTGGCTCATGACGAAAGCTACAGTATAGGTGACCTATTATTTAAAAGCTGAATTTATGTTACGTCTCCAAAGCTTGTGAAAAAAATAATAAATAAATAAAAAAAAAAAAAACAGCATAACATAGCAGTATTAAGTTTCTGTACCGTATGACATGGGCCTGTTGGTTAGAACATTTCTGCAGTGGTTTGCATGTGTTAAATTGTATAAGTAGACTTTTCAAAAAATAAAAACATACCTTTAAAAATATAAACAATATCCTACTTAATAATAATAATAATAATAATAATTTCCTAATAAATAATAAATATTAAATTTCATTTCTTAATAAATAATATTAATTTTTTTATTCATATGATTTATATATGATATTAGAATACGTGTTATCTTTTGTAAGTGATTTTACGTTTTAGAATAGAAAATGTAATGTTCTCAATGATTTCTGTAAAGGAAACAAATGCTCTATATGTGCCGTTTACATATTTCAATTAATACAAAAAACGAGTGCATGTTTTTACCAAAACTAATATTGGTATTCTTTTTTTAAATGCATGTGCGTGTACAACAATAGAATTTGCACAAAAACATTATGGGGTTCTTCGCTGAAGAAGTTGTTACCAGCCTGTTTAGAGCATCATTATGGCTGTTTTACGTCATAACTAACGTGGTTCAAACGAAGGATCTGCGACAGAGAAACTATGGGTTAGCAAACGCTCATCACTACACCATTCTTTTCCCAAAGGCATCGTACTATGATAGTTCAACCGCGAGTTATGTCGGTGTTTGGGAAACTCACCCCTGGCCAGCACATTCAACTGCCCCCAGTCAGAATTTGGGATGTGGAATTTGAAAAGTCACACCGAAGCAGCAGCTGACACAGGATTCCACTTGGTCTTAAAGCCTTATTCGATAGGTTATTTTCATAGGTATTTTTTACTATTTATTTTGGCATAGCAATCAAAATAGGACAAATGAGCTCATGTATGGGACAAATTCCTGACCTTTGTCAGTGAAGGGTGGGACTTTCAAACATCCAAACTCATATTGACATATATGCATATATATGTTTTTTTTTTGTTTGTTTTTTTGTAAGAAAAAATAATACTTTTTGTAAATGTTAATGTTAGAGGAACATGAAAAAAGTACATTCCTTTTAAAAAAAAAATTCTTGGTTTTGTGAAATCAATAGCCACTTTCAAAGTAAATTGCTGTAACATACTGGATTGATACAGTACACAAACAATAATATTTAGCTTTTCTACTGGCATAGTGGTAATGTTTCACAAAAGTTTTTAAATACTGATGCATTATGATATTATTAAACCTCTTGGTTTTTAAACCTTGGTTTTATTTTATTATTAAACCTCTTGGTTATAAAACAAATGGAAACAAGTTTTACAGGCATTGTTTATGGTATCATTTGCCCTTTTTTGAAGAAATTCTTTCAAACTAAGAGTTTGTAGCAATATAAAGTAAGTGCAGGGTGTCCACTGGGTCTTAAAAAGGCCTTAAAAAGTCTTAAAATCACTGAAATATTGTGTAGTAGGTCTTAACTTCCCCTTGTCCAAGTTAAGCTACCCAATCAGGCCAACATCCAATCACTTATAAACCATCTCAAAACTTTTTCTTAAAATTTTTATTATGTTTGTTATTGCAAAGTGATACAATTCACAACTGCTAATATACTTTTTTTTTTACAGCAAATTCTCCAAAAATTTCTAAATCAGAGAAAACTAAAGCAATACATAACTTTACATGATCTTCCATTGATACAAAAACTATATACAGAAGTAACTGGGCCATTAGAAAAAAATTGTTAGTGTTAAGCTAAGTCTAAAATTTCGTTCATAATGGTCTTAAAAGAGTCTTAAAAAGTCTTCAATTTGATTTGAAGAAACATGCAGAAACCCTGAGGTATTAAAATTTTTGATTAGTCATTCCTTTTAATAAAAAATTGAAATCTGAAAGTTTTATGAGAGATCAACATACCTTTGGATATTTTAATGAAATCACTGACGATCTGAGAAATTCATTAGAGCTGAGTTCTCTCAGGACTTTGATCATCTACATTATTCCAGCTAATATTTAAGTTAAGAATATTTATGAACCTGAAAGGGAATAATTATGATCCTGTACTGAAAGTAATAATTCACACAATAATCTTCATGTTGCTCAAAACTCTTAGTTTCATTTAATGTACGTAGAGCAGTGTTTCTCAACCATGTTCCTTGAGGACCACCAGCACTGCATGTTTTGGATGTCTCCTTTGTCTGTCACACCCATTACAGGTCTTTCAGTCTCTGCTAATGAGCTGATGATTTGAAAAAGGTGTGTTTGGTTAAAGAGACATGGAAAGTGCGCAAAGCCGGTGGTCCTCCAGGAATGTGGTTGAGAAACACTGGCGTAGAGAACTGGAAACAGACATAAAAGTGTTTATGCTGATTCTTTCTAAGCAAATGAACACAGTGACAGATGCAAAAAGGTCAAAACCTGATATTTGTTTATGAAAATAGGTTCATAAAGTCATATATTAGGCTTAAATCATGTATTCATTATGTTCTAAATCTCTTTCACACTTAAACAGATTAAAACTTTGGATAAAACATGCAAAACTAATGCAAATAATGACAAACTTCACAGTTTTTATATATTTGCACGACACATACAATAATCTAAGTTTAAAAAAGCTTTCATTGTGGGTTCTTATAAGCTTTCAATGTGAAATCTCCATTACTGTGCTGTCTTATTGTGTTAGATGTGTTATAAGAGCTACAGGTAGATGTGTTTTCTAAGGCATGGTGCACTAAAACCACCAGTGTATGTTTATATCAGGCTTTGAGCATCAATAGATGGCATGGTGAATAATGCTCAGGAGAAAATGACACTTTGATATGAACCTGCTTGTTGTGCTTATGTACTCACCCATGTTTTGTTTTCTCCGTCTGCAG
Seq C2 exon
GGTCCACCTGGTTTGAAAGGCGCCGAGGGCCCTCAGGGCCCTCCTGGCCCTGTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000026165:ENSDART00000003503:40
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(14.1=36.7),PF0139113=Collagen=FE(31.2=100)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=FE(18.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]