DreINT0049039 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078322 | col12a1a
Description
collagen, type XII, alpha 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090728-1]
Coordinates
chr17:49816679-49823203:-
Coord C1 exon
chr17:49823076-49823203
Coord A exon
chr17:49816829-49823075
Coord C2 exon
chr17:49816679-49816828
Length
6247 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
AATGTTTTCTGACCATACAGATG
3' ss Score
7.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCGGCACTAAGTATACGGTAAATGTGTTTGGTATGTTTGATGGAGGAGAGAGTATGCCATTGGCTGGAGAGGAGAAGACCACCCTCTCTGACGCAGCTTCTGAAAACCTCCCTTATACACCTTCAG
Seq A exon
GTAAGACTTATAATGGACAATTCTAAACCTGAAACTTAACACTCCCAAACCAACCAATCAGCGTTTCCTAAACAATAACGTAACTCGCAGCTGAACTACCTTAATACGATGCATCTTTCGGGAAATGAACAATGTTGTGACAAGTGTTTCCCAAAAGTGTAGTTGCTCTGTTGGAGATGCATCATTTGAACCGTATAGTTATAATGTAAAATGTCTACAATGATGCTCTAAACGGAGTTAAGAAAGTCGGTCCCACTTTATATTAAGTGTCCCTAACTACTATGTACTTACTTTAAAAAATAAATACAATGTACTTACTGTGTTTATACTGTATTTGAGAACACTTGTGGTGCTTTTGAGTTGGGATAGAGGTTGGGTTATGGACAGGTTTGGTGGTATGGGTTGGTTTAAGGGTAGGTTAAGGTGTAAGGGATGGTCAACAGTGTATTTACAAATGTAGTTACAAAAGTTAATTACAGATGTAATTACATGCATGTATTTAATCAAGCATAAGTACACAGTAAATACATGCATATGCACAATAAGTACATTGTAACAAACTATTAATTCCTATGTAAGTACATATTAGTTAAGGCCACTTAATATAAAGTGGGACCAGAAAGTCTTTAAAGAAAATATTTTTTTATTTTGTTGTAGAATTTATATTGTATTATATTGTCATGAATACACATTTTTTAAATCCAATATTAGTTTTGATTAAAAAATGCATTTGCTTTCCATATTAATTGAAACGTGTAAATGGCACATTTAAGGCCTCTATTTTACTTACAAATATTATTGAGAATAAGGGACTTCGTAGGAAAATGAATGAATGAATCACTTCAAAGTGCACTACGAAGGGAGTGCAATGATTAGTTCTAAAACTGAACTTTAAAAACTAACTTTGAAAGGAAACTACTTTGTGAAGTTTATTCATAAACTAATTCCGAGAGGATCACGTGCTTATGATTTATCACGGCCGGTCTCGCATTTGCTAATCACTATCTTCCAATCATATGAGCCCTAAGCTACTATAAATAGCCACAGTTTTCAGTTCACTTTATCTTCGTTTGGAAGAAACCCGCCTCCTCCCCTTTTCCTCCTTTACCTCTGATTGGGCGGCACGGCGGCCCAGTGGTTATCACTGTGAGCCCCACAGCAAGAACACTGCCAGCCCTGGTTCCACAGGACCGGTGGGTGTTTCTGTGAGGAGTTTGTATGTTCTCCCCGTGTCCGCGTGGGTTTTCCCCGGGTTCTCCGGTTTCCTCCCACCATCCAAAGACATTCAACATACATAACAATCAAGCTTTGTCTAATCCCTTGTGTTCCCTTAGCTACCGCAGCAGGGGAGTTCTGAGATCCACCGAGCTCAGGCTCCCCTCTTGCTCTGCCAACGGGAGGAAGCCCCGGGCTCGAGGAGCCCTTGAGCTCGGGGCTCTCTCCCGGGACAGCATGGCAAACAAGCTTTTATAAATCATCAGCTAAGTGTGAACTCTTGAAATGCTTTAGGTTTTTTTAAAATCATTTATGGGACATTGGAACATTCTAAATGAATAGGGCATAGGGGGATACCTGGGAATAGAACACTGCCGGGAACTCTGCTTCTAACTACAGCTCTTGAGTTATATTAGCAAATGCGCAAGTTTGCCATGCAGCTTGCGAGTGTTCGTTGGAATGCTGTATTCGGGAAACGCCATATCCCTGAACTATATTTGTAACGATGGAACTTAGATAGCTTTCCCAGGGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCACTGCGTAAAAAGTTGCTGGATAAGTTAGCGGTTCATTCCGCTGTGGCAACCCCAGATTAATAAGGGGACTAATCCGACAAGAAAATGAATGAATAAACTTGGATAGCTTTCGGAAACGCACCCTCGATCTCAGTGGATCATTCAGCTTGCTGCATGTAACTTGACTTCCAAAAGCTATTAGCATACACCACTCATCTGCAAATAAATCAAACATGTCTGCTTTTCATTTAGCTAATCAAACGGGCTCCAGCAAAGCATGACGTTTTAAAGATCGTCGGTCCGTTCTGAATGGGAAAAGTAGTGTGCAGTCTGCTGCTTTGAGTAATGGCAAATACCTTTCAGCAGAGCTAATTGTGTTGTGAAAGAGCAGACAGGGTGACCGCACCACATGGTAGCCATGTCTCTGCCTGCTTCGCGTGGAAGGACTCTTGAATTTCAAGAGCCAGAAAGATTATCTGCTTACAATTACAGATGCTTTACAACTTGGTTAGGGGGAAAAAAACGTGACATACAGAATGAAAGCTTTGCACATGGTCGGCTGACCCTGGCCTGGAATGTTGCTGCTAATTGAAGACAGAACCGGTGGTGACCCACACCAGCAGGAGAGCTAAAGGCAGATATTCTCAGGTCGTTTTAACAAAACGAACAACAATGATAATTCTGGCTCTTTGGACTACACACTGAAAAACAGTGAAACTACCATGTCTTTCAGTCACAGTACATCTTATACTGGAATAAGTAAAAAACAATTAATTTTGATTTGAACTGGTGTTATATAATTAGTAATGAAAAAAACAACCCCCCTGATACTGTAAGAAAATGCAGGAGTCCACACAATTTATTCATGTTGTCCCAAATTCATTAAGTTAGCATGACTATTTTGAGATTGAACATAAAACATTTGTTTCCCCCGAAAAATCTCCAGAATTGGGTAGAACAAGCAACAAAGAAATCATTTTTTGAGTGTAGAAACAATTAAAATTCTAGTTTTTCTCAAGAAGTTTGCATGCAGTTTCCCAGTACTGGAAGGCCACCCGCTGCATAAAACATATGCCAAAATAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCGATCCCTGATAAATAAGAGACTAATGTAACCCCGTTGGTCCTACGCCACCCATCCCGCTCCGAGCTGGTATTGAACCGGCGACCTTCTGCATGGGAGTCGGGTGCTCTACCAAGGAGGCTAAATACCATGGCCTCTGGCGTCTGTCGCTAGAGCACCTTTAGAGGTCAGAGGAGTGAGGTTTACCTGCAAAGCACACACTAGCTGGCCTCCTTTACACTCACCCCCCTAAACCTCACTCCCACCCGGGTCACGGCACCAATGTAACCCCGCCGGTCCTACACCACCCAACCCGCTCCGAGCTGGTATCGAACCGGCGACCTTCCGCATGGGAGTCGGTTGCTCTACCAAGGAGGCTAAAGACCATGGCCTCTAAAATAAATACATGAATATTATTTCATTAAAGTTAAACTCAATGTTAACACACTGGATTAAAATAACTGAATTAAATGTGAGATTTTTATCTTTTAATTTTCTAATAGGGTGTCACGGTGGCTCAGTGGTTAGCACTGTCGCCTCACAGCAAGAAGTTTGCTTCAATTAATTTTGCTTATTCAATTCACCTGTACCGCATGTGTTTGGACCGTGGGGGAAACTGGAGCACCCGGAGGGAACCCACACCAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCCAGTGCCAACTGGCCCAGCTGGGACTCAAACCAGACCTTCTTGCTGTGAGGTGACAGTACTAACCGCCGAGCCACCATGCCGCCCTATTACAAAATCATTTTAAATTAAAAACATTAATGATGGTCTTACAAACTTTTTGTCAGGAATGCTTAAAATAATAAATCAGTTTGAAATTTCTTCAAAACAAAAACGACTATTTTACCAAACGTTCTAAGGACAATTCTGTCTTCTGAATGCTAAAGATGTAATGTTATTATCCTGTATATTATTTACGTTTTATTTTAAGGTACAATTCTCTCTATTAACGAACTATTAACTAAGGCTTTTAGCTCACTTTCAATTCGCCACGTATTAATAGTCATTAAGCGATTAATAATTATCAAATTCTAATGAACAACCAAAACTAACTGGCAAGTAACAAAACTTAACCTTTTGGGAAATAGACTCATTTTACAACTCTCATATGTTTGAACAATTGGGTTTTACCATTTTTTAATCCATCCAGACGATCTCCGGATCTGGAAAGAGCATTTTTAGCTTAGCTTAGCATAGATCCTTGACTCAGATTAGACCATTAGCATCTCATATCATTTTAAATTAAACGTTGACGATGGTCTTACGAACTTTCTATCAAGAATGCCAACAATAATAAATCATTGATTCACATTTCTTTAAAAACAATAACGACCATCTTACCAAACGTTCTAAAGACAATTCTGTCTGCTGAATGCTAAACATGTAATGTTATTATCTTGTAGAATAATCAGCTGGAGGTCACTTTATTTCAAAGTACAATTCTCTCTATTAACGAACTATTAACTAATGCTTTTAGCTCAGTTTTAATTCGCCACGTATTAATAGACATTAAGCGATTAATAATTATCAATTACTAATGAACAACTAATACTAACAGGCAAGTAACAAAACTCAACCTTTTGGGAAATAGATTAATTTAACAACTCCAGTAGGTTTAAACAATTTTGTTTTACCATTTTTGAATCCATCTAGACGATCTTCGGATCTGGAAAGAGCATTTTTAGCTTAGCTTAGCATAGATCCTTGACTCAGATTAGACCATTAGCATCTCATATCATTTAAAATGAAACATTGACGATGGTCTTACATACTTTCTATCAAGAATGCCTAAAATAATAAATCATTTTTTCACATTTCTTGAAAAACAATAACGACTATCTTACCAAACGTTCTAAAGACAATCCTGTCTGCTGAATGCTAAACATGTAATGTTATTATCTTGTAGATTAATCAGCTGGAGGTCACGCTTTATTTTAAGGTACAATTCTCTCTATTAACGAACCATTAACTAAGACTTTCAGCTCACTTTTAACTCCTAATTTGCCACTTATTAATAGCCAATAAGGTATTATTTATCAATTACTATTGAACAGCCAATATCTTAGTAACTGGCAGGTCATAAAATACCACCTTTTGGGAATTAGGCTCATTTTACAACTTCCAGAGGTTTGAACAGTTAAA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Seq C2 exon
ATGCCCAGTGTAAAACCACGGCCCAAGCGGATATCGTCCTGCTTGTTGATGGATCTTGGAGCATTGGTCGCCTGAACTTCAAGACCATACGCAATTTCATTGCTCGCATGGTGGGAGTCTTCGACATCGGCCCCGATCGTGTCCAGATTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078322:ENSDART00000154728:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.523 A=NA C2=0.039
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=PD(24.7=45.5)
A:
NA
C2:
PF0009223=VWA=PU(23.1=78.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]