DreINT0049041 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078322 | col12a1a
Description
collagen, type XII, alpha 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090728-1]
Coordinates
chr17:49811844-49815707:-
Coord C1 exon
chr17:49815588-49815707
Coord A exon
chr17:49812009-49815587
Coord C2 exon
chr17:49811844-49812008
Length
3579 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTACCT
5' ss Score
5.7
3' ss Seq
TGTATTCTCTTATTCCGCAGGCC
3' ss Score
11.28
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTGGCACAGTACAGCGGAGACCCGAAGACTGAGTGGCATCTCAATGCTCACAGAACCAGGACTCAGCTGCTGGATGCGGTGGCCAATCTACCCTACAAAGGAGGAAACACTCTCACCG
Seq A exon
GTACCTTAATATTGCTTCAGACTCCGCATATTAGAGGAAAAATACATTTAAATCGTTTTATAATCAGCACTCTCTGGGCTCTATTTCGAAGATCCATGCGCAAAGCGCAAAGCGCAGGGTGCAAACGCATTAAGGGTGTGTTAGAATTTACTTTTGCTAATGTAAGGACGGAAAAATCCGCTTTGCACCGTGGTGCATGGTCTAACAGGGTTGAGCTTATTCTCTTAATGAGTTTTAGGTGTGTATTGAGATTAAACCAATCAGAGTTTTATCTCCTATTCCCTTTAAGAGCCAGTTGGGTCATGCCATAGCGCATTTGCTATTTACATGACAGACTTTGTGAGTGGAAAAACTGAACACTTCACTAGCAATAAAACAGTTAAACAGAGCATCTACAGCACGAGAATGAGAGATGAGCCTCCTCATTCTTTACTTTTACTTTCACTTTCATTTTCGTGAATAGGGAAACTTCTTATACGCACAGACATCAATTAGCCTATAGATAATTAATTTTGTTTAAGTGCAAAGATTTGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAACGAACAAATGAACAAAAATAACGAAGTGTACTCAAAAAATTTAGTTATATCCTAAAACACATGCTGTGCCCCATATGGTCCAAAACCTGACAGGTGGGCAAATCTAGGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATATGGATATAATAAATAATACTGCTAATAATAATAACATTATACTAAAGCAAATTGTCATGAATAAACTAAAACAGCCCCCGAGATTTTTATATTTATGTAGACCAGAAAATAATATGTTTTGTAATACTTTAATCCTTTATATTTATATCCTATATCCTTATTATTTCCTATATATAACCTTAATATTTTTATTCTTTTTCATTTTTAAAGATATTTGCGTATTGCTCTACATCCTATTTGTATTAAGCAATGTGTAAGCGAGGCGCATAACTAACGCGTTCTGCGCTAAACTTTAGACCGGCTTTGTTTTGGTCTATTGAAAAATCTATTATAGTTTCTCAAAATAGCAATGCACCTCAGACACCTCCTGTTTTAGACCAGAACGCCTATGGGTGCACATATGAGCGCAAATGCAATTGCTATTTAAACAGCGTGCTGCAAAACGTCAAAACGACTCTTGCGCCAATCTGAAACTAACAAACAACAATTGCGTTATGGCTTGCGCCAGGTGTATAATAGGGCCCTCTGTTTTTAAAATCTGGAATGCAATGCAGAGGTGAACAAAAGCCTGATGATCCAACACAATCTCACGGCAATTCGTAACTTTTTGACTTAGTGGCTAATTCGTATGATTTCGTACGATCTAATTCGTACAATTTAGTACGATTTGCTCATCACCCAATGACAGTTGGGTTTAGGGGGTGGGGTTAGGTGCCACGCCTCCTTTTTAAAATCGTACAATTTTGTACAACTGAACTTATACGAATTCGTACAAATTAGCCACTAAACTGACAAAACGTAGAATACTCACGTTTTCTCGTGAAATCAGGCTGGATGATCTGTAAACCTAAATTGCCAACACTAATAGTCTAGTGTTCAGCTACACTTCAAATCGAAAAGAGTCATGAACCACATTTTCTAGCCTTCTGTCAGTTCTGTCTGATTAGTAAAAGTTTTTAGCAGCATTTTCATCATAGAGATCATTTTGAAGTCTTCAAAATTTTACTTAAAGGGGCCATATTTATTTTTTCATTTACATAAAGGAAAGTTGTATAAAGAAAAGTTAAAGTTCAGTAATCAGTTCAAACTTTTCTGAAGTTCACTTTTCGTGTTGGCCTTTTGTATTTGCAATTGTGCAAATAAATTTGAAAAATCTATATTATTGTTAGTGTAAAGGTCTTTAAATCAAAAGAGTTATCGGTAGGCCCACACGAAATCTGCGTGCGCAGAATTCCGCAGATTTTCCTCAGAATTCTGCAGATTTTTAGCCCATCATTATCTGTTTATTTACTTGAGTAAATCTAAGTTTATTCTGTTTTTAAATTAATTACAGTATGATTTATTTACAATATAGTGTGTAAAGTAATTTTTTCTGTCTTTTAGTAGAGATATTATATGAGAGACTTGCTTTGTTTAACAAATAAAGTGAATCTAAAAGAATTTGCATTTTAAAAATTAAATAAAAGTTTAAAAGGTATAATTTTTTATTTCATATATTAAGGTTTTAGTCATGATTACGTCCGGTCCTAGTTATCGGTATCGGTCAAAAATTTCCTTAGTGCTGATTGGCTTTAAGTGTGTTTTTAGACTTGGTCCAACACTGCAATCAAAAGCAATTTTCAAATATTGCTTATTGCATCCTTAATATGGTTACGTTTGTCAATTTTCATTTGACTAACTTTTAGCAGTGTTATTTATTTTTACTAACTATGCTCTTATTATCCAAATCTAGTTATCCATTTATCGGTCGATTATCGGTATCGGTGAAAAAACCCATATTGTTGTATCCTCATATTTAAAGGCATATATGTCTGCTATAGTTACTAGACACACCCCTTGATGCTGATTGCCTGCAAATATGTTTTAGGGCATTACAACTGCGATCAAAAATGATTTTCAAATAATGTTTAGTGTATCGTTAATATGGTTCACTTTGGTTTTTATTTGAATCGCGTTTAGGGTTGTTTATTTAGACCCTTACTACCAAATATTCTCTAATTCTCGAAATCTAAAGAGTTATCGGTATCGGTCAAAACATCCATATCGGTGCATCCCTCTATTTAAAGGCACTACAATAAACTAATGTAATCTTAAAAGACGCCATTCCTTTTGATATCTCTGCTATAGTTGCTAGACACGCCCCTTAATGCTGATTGGCTGCAAGAGTGTTTTGGGACTCCAATACTGTGATCAAAAGCGATTTTCGAATATTGCTTAGTTTAATCTTTAATATGATTTAGTTTGTTTTTCATTTGGTTTGCTTTTAGCTCTGCTGTTTATTTAGACTCCTATTACAAAATATTAACTTAGTCTACTAAATCTAAAGTTATCGGTATCGGTCAAAAAAACCCATATCAGTGTATCCTTATATTTCAAGGCACTAAAACAAATATGCTCATAATCTAACAAGGCCCTGCCCCTTTTTGATATCTCTGCTATAGTTACTAGACACGACTCTTACTGCTAATTGGCTGCAATTGTGTTTAGGGAATAACTATTAATTTGACAAATTTTGAGCTGTGTTGCTTATTTACACTCTTATTACCAAGAATTCTCTTATTCTCCAAATCCAAAGAGTTATTGGATATGGGTATCGGTCAAAAAAAATTCATTTCAGTGTATCCCTATAATTAATGCAACAAATCAAATGAACGTAATCTTACATGACCCCACTCTTTTTGATATCTCTGCTATAGTTATTAGACATGCTGATTGGCTGCAAGTATGTTTTGAGGCTCCAAAACTGTGAAGGCGATTTTCAAATATTGCTTAGTGCATCATTAATAGGATTAAGTTTGTTTTTAATTTGGCTTTCTTAAACCGTGTTGTTTATGAGAGTCTTATTACCATGTATTCTCTTATTCCGCAG
Seq C2 exon
GCCTTGCTTTGAATTACATCCTTCAGAATAACTTCAAGCCTAACGTTGGCATGCGTCCAAACTCCAGAAAGATCGGCGTCCTGGTCACTGATGGCAAGTCCCAAGACGACATTGTGGCGAACTCACAGAACCTGCGGGACCAAGGGATTGAACTGTACGCCATTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078322:ENSDART00000154728:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.098 A=NA C2=0.089
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0009223=VWA=FE(23.1=100)
A:
NA
C2:
PF0009223=VWA=FE(31.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]