DreINT0049961 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000012593 | col5a1
Description
procollagen, type V, alpha 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041105-6]
Coordinates
chr21:6790074-6797583:+
Coord C1 exon
chr21:6790074-6790142
Coord A exon
chr21:6790143-6797349
Coord C2 exon
chr21:6797350-6797583
Length
7207 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
CTGTGTGTTTGTCTGTTCAGCTC
3' ss Score
9.52
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCAGACTCACCTCCTGGCCGAAGGAGAATCCAGGCACCTGGTTCAGTGAATACAAACGTGGTAAACTG
Seq A exon
GTAAGAGTGACTCCTCTTTCTTGTCCTCCTGAAACACTCTCCTATTTTACAGAGCAAAATGGCTCGCTGGCCCAAAGACAGTCCAGGCACATGGTATAGTCGCTACAAGAGAGGGTCAATGGTAAGTAAGAGTGCATGAGGGAAGGGGCCAATCAGAGCGTCTGTGAATCCAAAGCGGTTCAGGGGACGATCGGCCTCTTCTGCATGCTTATGACAGCATGTTCATCTTCAGAACAATGTGTGTTTGCTCAGACTTATGGGTAATCTGAGGACTGTGGATGGAGATGTCAGTCAGTCTGAATTCAGAAAAGCATAAAGTCCACATGAACTGGAATCTGCTGCAGACTTTCATGCACATTTTAATACGTTTAATGATGTATTTCCACCTGAAATGCAATATTAGGGACTTTATTTTGCAACCCAAGCTCATTCTGAAAAAGTAGTCCCTCGGATGTTTCTGGAGACAGCGGAATACGTCCCGGGAGGTACGTACGGCTGCATTTATTTTTTCAAGCGAACGCTGCGGGGCGGTGTGACACTGTTCCCTTTCGCGCTTGCCGGCCGGCCGGCCGACCGCTTACCTCCTTGTGGAAGGCTTCCCCGCTGCAACCCGCTTGTCCACTCAGCTCACCGTGTGTCGGCAGGCTCGAGATGCAGAGAGGAGTTGACCACGGCGATCGGTTTCGAGTCTGGGGAAGAGCGGTTCCAGCAATCAGGTAAGACGAAAACAGAATCCCAAAAATTAAGTGAACGAGTTTTGTAACAGGGTGAGAACGCGGCGAAATCCGAAAACGCGGTAGAAAAAAAAAATAAAGAGGGCTTTTCTTTTTTTGGACGGCTTTTGTAAACTGTTGCTCGGGTTTATGGAAGCGAGCGGGTCCATCGGTAAAATTGGTTGGGTTCAGGGAAGGAGGAGGGCGGGTCAGCCGATTGGCCGGTCGCGCAGTCAATCATCCGGTCAGTCGGACAGCGGCCTCTGGTGGGTTCACGCGAGAACAGCGCGGGCGCGAACTGCACTCGCGAGAGGCGTCTGAGATGCGAAAAAGCGCACAACAGCGGCCTCTCGCGGATTCGCAAAAACAAAAACTGCAGCCGTACGTACCTGCCGGGACGTATTCCGCGGTCTCCAGAAACGTCCGCGGGACTACGTTTCCACAATGAGCCTGGGTTGTTATTTTTGCCACCTCTCATCTTTTTCTTGCAGCAGACTAAAGCTAGCAATTGAGCATGTGAAATTTGATCAGAATGGGCCGGGATACAACTAGATGATTAGATATCAATTAAACAAATTTCTGTCCTGAGAGGTCACGTTTGGATCTTCTAGGTCTCACATGTGAAACTTGTCACTCAAACTGGCGTTTCGGGTCTGCTGGATTCACACGCATATAAATGTAAGTTTATGGGGCAAAAATGCTAAGGGTTAATGGTTGGATGGGCGTGGCTAAACATATTTCACTCTGACCATCAAACTGATGCATTACAGACATATCTTGATTAAAGATTATCAAAATAAACCTTTTTTTATCATCAGTGGATTCACCTACACAAAATAATTGTTCACATAAACACTAACAATAAGCACTAGTAAAACAGTCATTACAGACTTCATGTGGACTTTCATTTGTTTGTAAATCTGCTTGACTGATCAGTCCAGCCGCTCTTCTGTTGCTGTACGTCTGAGGAAATCAGCTTGAAGTGACTGAGTTGATCAACACATGACTGCGCTTCTGCTCCAAATGCTGCTGAGATCCGAAAAACAATTCATTCAAAACAGGCAGAACTACACTTTTACATTAATATTCATAATGAACTTTTCTGCAATGATTAAACAATACAATTATTATGTTTATTAATAAAACGTATATGCTAATGATAATAATGTTATTACTGTATAGCCTCATTTCATCATAACAACAGATGCATTTTATGTATTTAATGGTCTAATTATCATAATTATTGATAATATTACTGTTATATGACATTTTTTAAAGCATTTTTAGGTTTATCTGTTGGTCAGATCATTTTTAATTTAACAATTTTTATAAATCTTTATTTAAAAATAAAACAACAACTGTTATTATTATTTTCTGTAATAATGTATTACAATTATAATTATATTTGCTCACGAACAATATTTCTTTAAATTTAATTTATTAAAATGACATTTTTGTTATCATTATAATTGTAATATGACTTAAAAATTAAGTCATAATTAAGTCAAATTAATAAAAAATTATTGAAAATTGTCCTCAACTGTTCATTCAAAACAGACAGAATTATGCTTACATTTAATATTAATGATAAGCTTATTAGAAATGATTGAACAATAAAACTCCTTTTTCACCATAATAATGTAAATATTTTCTATAAAATGTATATGCTAATGATAATAATATAGTTATTACTGTATAGTCTCATCATAACAGATGCTTTTATTGTATTTTATGGTCTTAATTATTATGATTATTAATAATATTAGTGTTATATGACATTTTTAAAGCACTTATCTGTTGGTCAGATCATTTTTATTCAGCAAAAAGTCTTTTTTTAACATAATTACATAATTTTCTGTAATAATTAATTACAATTATAGTTAATTTTGCTCACCAAAAATATTTAAATTTATTAAAATATTTTTGTTATTATTAGAATTGTAATATGACTTTTTTTGGCCAAAACATTATTAAAAATGGTCCTCAACTAATCATTCAAAACAGGCCGAAATATGCTTACATTTAATATTAAAGATCAGCTTATTAGAAATGATTGAACAATAAAACTCTTATTTCGCCATAATAATGTTAATATTCATAAAATGTACATGCTAATGATAATAATATTGTTATTACTGTCACTATTTAGCCCTATTGATATTGATGATGTAGAGCTTTTAGTTATTAGCAATATGCAAACACAACATTGAACCTTAGTCTAGTTAGATTTGTCTTTACATGATTATTTTGATTATATTTAAACTGCTACCAATGACAAGACGCTCAATTTAGTCACTCTGGGGATTTAGTTGATCTGCTGGATTCTCACTAGTGTTTGGACAGAGCCTGTGGTATGTGTTTGTGTCAGTCTCTTCACCGGGCTTCAGGGGTCAGTCTGTTGCCATGCAGCTGTGCTGGTGAGGTAATGTGCTCATGGTGGGTTTTTGCATGAATGCATGAAGGGTCATGGCAAAAGCGTGTATGAGAGGAGCTCCCGGTCGTAAGTATATGTGTGAGTGTGCATGAAGCATGTGCTCGTTCTCAGTCAGTCACGCGTGTGTGTTTGTGGATCGTCGGCGATGGAGTTTTCTTCTAAACATGGGTTGGTATTTTCAAGAATGAAAACAAAGCATTTGCATATTTTCTGTAATGCAAATGTTGCATCACACCACAAAGAGCGAATCTGCATATTAACGAGTTCAGCTCATTTCAATAGATTAGTGAGATTTTTCACCGGAGTCGCAGACAAAATGAGCTTATCGTCCACCTTTGAATGAGAAAATTCATTTGGATGTTTCATACATGCAGAGAGCAGATCTGAACTGGCAAAAGGGGTTTAACTGCATTAAAAACACTATTTATTTAGCAAACATACATTAATATTGATCAAAAGTGAGAGTTAAAGACATTTAGAGGTTACAAGAGTGCAAAATTATTAGCCCTCATGCAATATTTATTCTTTTTGAAATATTTCCCAAGTGATATTTAATTGATTAAAGAAATTTTCAGAAGACGCGGTGGCGGAGTGGGTAGCACTGTCGCCTCACAGTATGAAAGTCGCTGGTTCGAGCCTCGGCTGCGTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCTTTTTCGCGATGGGTTGCAGCTGTAAGGGCATCCGCTGAATAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCAACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCTGAAAAGAAAATGAATGTTTTTTTTTTTCACAGTATTTTCTATATTTTTTCTTCTGGAGAATGTCGGCTAGAATAAAAGCATTTTTTATTCAATTATATTAACTCCCTTAAGCAATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTGATAGTCCACATAACAAATCATCATTATATAACTTGCCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGAAAACTAGAAGAATTAGAAGAATACATTTTTTATTTAATATAGGGGCTAATAATTCTGACTTTAACTGTATATAACATTTATTAATAATTTTATAAATAATTTCAATTTAATTCTAATTTTGTTTTAAACAAGATGCATCTACTAGAGAGGCAAAGATGTAATAGCAGGATATATGGGTAAAAAGTCCCATTTTGATGTTAAACCAAATTTCCAAAACTGAAACTGTTTTTCTCAACATATACAGTAGAAGTCTGTATATGTTTAACAGAGAGATTTTTTCAACACATTTCTAAGCATAATAGTTTTAATATCTCATCTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGGCATGATGACATTAAATAATATTTGACTAAATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACAAGGTTAATTAGGTGAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAATGATGGTTTGTTCTGTAGACTATTGAAAGAAAATATAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGTCCCTAAAATGGTGTTTAAAAAAATAAAAACTGCTTTTATTCTAGCTGAAATAAAACTAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTTCAGACATACTGTGAAATTTCCTTGGTCCGTTAAACATAATTTGGAAACTATTTTAAAAAGAAGAAAAAAATTCAAGGGGGCTAATAATTCTGGCTTAAACAGTATATCACAAAAGACTTAAAATTACTTCAATTCAAAGTTATTTAAAAAAAAAAAAAAGATGAATCATACTGTAAGATGAACTTATTAAATTACATA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Seq C2 exon
CTCTCGTATGTGGATGCGGAGGGCAATGCCATCGGTGTGGTGCAGATGACGTTCCTGCGTTTGCTCAGTGCCACGGCCCGGCAGAACCTCACCTACAACTGTTACCAGTCTGTGGCCTGGCACGACCAAGACCAGGACTCTTACGATAAAGCCATCCGCTTCCTGGGCTCCAATGACGAGGAGATGTCTTACGATAATAACCCGTACATCAGAGCCGTAGTCGACGGCTGCGCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000012593:ENSDART00000139598:63
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.083 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0141013=COLFI=FE(10.8=100)
A:
NA
C2:
PF0141013=COLFI=FE(36.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]