DreINT0050303 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000021720 | col7a1
Description
collagen, type VII, alpha 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-2427]
Coordinates
chr6:40285625-40289106:-
Coord C1 exon
chr6:40289025-40289106
Coord A exon
chr6:40285806-40289024
Coord C2 exon
chr6:40285625-40285805
Length
3219 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAG
5' ss Score
9.06
3' ss Seq
TCCTCCCTGTCTGTTTATAGGCC
3' ss Score
10.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATTAAAAATGGGGTGTTTGCTCCAATGGACTCTGCGGCTTGCTGTGTTGCTGGTTCTCCCCTCGCTGTCTAAAGCTCAAG
Seq A exon
GTAAAGATTCTTGTACTTTTTTAGGAAGTGAAATGTGCATAGCAAAGCATGATGTTTAGGACTAATTTAGTCCTATGTGATGAAAATGAGGCATATGTACCTATAAATGTAGAAATGACATACTTTTCATACAAGACATACTTTTGAATAAGCAGTCTGCCATTTCAGTTTCTTTCACTCATTCATTTTTCTATAGCTTAGTCCCTTTATTCATCAGGGATTCACCACAGCTGAATGAATTGCCAACTTATCCAGCATATTCTTTTACACAGTGGATGTCCTTCCAGCCGCAACCCATTACTGGGAAACACCCATACACTCTCACATTCACATACATACACTACCTATTTAATTTACCTATAGAGCATGTATTTAGACTGTGGGGGAAACCAGAGCACCCGGTGGAAACCCACTCCAAACACGGGGAGAATATGCAAACTCCAGACAGAAATGCCAACTGACCCAGTCGGGACTCGAACCAGTGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGTGCTGACCACTAAGCCACCGTGTCACCCCCATTTCAGTTTCACTTATTCAAATATTACATTTTATTTATGTATTTTTCCATGTAAATATAGATCCACACATTATTATCATTATTGGTGTTGTTGTTTATCAACATAAAATATTGTTAAATTATAGCTAAAAAGAAAAATAACAGATATTAAAAATGTATGAAATTGAAAAAAAAAATGTGATAGGTTTCATTAATCATGTCAGAATTGCCAGAGAAAATAATAATTTTTAAATAAATATAATATATTTATGTATGAATATTCATTAATTAATTTTCCTTTAGCCTATTCACGTATTTATCAGGGATCACCACAGTGGAATGAACTGCCTATTTATGAATAAATACTTATAATATTTACATTTTGTAAATTTATTAGTGGGCTGCTCAGTGGTCAGCACTCACAGCAAAAAGTTCGCTGGTTCGCTTCCTGGCTGGGCCAGTTGGCATTTCTGTCAGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGTGTTGGTGTGGGTTTCCTCTGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATCCGCTATAGGTGAATAGAAAAAAACTACAGTACTGGCTTGAAGCTTGCTGGAATAGTTGGTGGTTTATTCCGCTGTGGTGACCCCTGCAATAAAGAAAAGGAAAATGAAAAAAAATGAAATTTATTAGTTATATTTACATTTCATGTAATATTTAATGCATTTTTAAACACACGATACAACATACAGCAAACATCTGCACAGCAAGACTGTAAAATATGCATGATATTTATCTAATATCAATCAATACAGATATCTTTTTAAAAATCACCATTATCTCTAGGTAACTAAGAAGGTCCTAGTACATTGTGCATCCTTAATTTAAAAATGCTGCATGTACATTGAATACAGATCCCATCATGCCCTAAATCGAGATAGCAGTGAGTCATTGATCAGATTACACACAACAGGTTAATTAGTTTCCTACCTTGAGGGCATTTATTCACCCATACAGACGGTGAGTCACACAAACCCATATATTTAATGACTGGTGACATACTGATCTGCACATCACTCGCTGAATAAATGGGCCCAGATGCTTTGTTTGCTTCAAATGGCTTAGCAGACTGGGTGGTGATGGTCATTTCCTGTGTGTCTTCTCACCCTGATCCTTCCATAATCCTTCACTCAATACATGAACTGAATAGGCCACAGATGTGGATCTTAACGCAAATACTAAAGTTCAAGTTGTCACATACAATGGTGCACAGCAACATGTTCTGTCTCTGGTAGCTGTGCATTTTAGATATACCGTGAGAATTATGAGCTCTCCTAAATAGTTTTTTTCTCAATTTCTGTTTAAAAGAAAGAAGTTTTTTTTAACATATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACCAATTTCTAATAACGAGGGCTGCACAATATATTGTTTCAGCATTAATATCGCAATGTGTGCATCCACAGTAGTGATATCGCAGGATATGCGATGTTTAATTGGGATTGTAGATAATTACAATAAGTGCAGAGTTTAATCATAATGGAGTAAAAGTTCATCATCTACAGTATGTGCGTTTTTAAAGTAATAGTTCACCCAAAATAAACTTTCCTCAGTAATTTCATTTCACCCTTAACTTGTTTCAAACGTTTATGAGTTTCTTTTTTAAGTTGAACACAAAATGAAGATATTTTAATAACTCATAAATGTTTGAGACAAGTGAAGCGTGTGTAAATACTCATTTTTGAGTAAACTATCCATTTAAGGCCTGTGACTGTGTAAATATTTCAACATTTCAGAGTGCAAAACATCCGGCCACCAGATATTATAATGCTTGTAACTTTGGTGTTAATTATTCAATATCTGAACCTGAGCATTGTTTGACTCTCCAAGAAAACTATAATTCATATACTGTATTTATTCATGCTTGTAAGGTATTTGTTATATATTACTCGAGATTTACTCCCCTACAAAATTACCCTAAATAAGTTCAAAATGAAGAATTCTTTTCAAATAAAGCTGTATTCACACCGCAATGTATATCACAGAAATACAAAATATTGCAATGTCAGATTTTTACATAATATTTTACTTTTTTGAAGATAGTAGTAGCTTATTTACATTTAAAGGCTTCACTAGTTTAATTAGGTAAGTTAGGGTAATTAGGCAAATCATTGAATAAAAATGGTTTGATCTGAAGACAATTGGAAATAAAATATTGATTAAGGGGCTAATAATATTGACCTTAAAATGTTTTTTTTTTTAAGTAAAAACTTATTTTATTTTAGCCGAAATAAAATAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAGAAATATTTTAGGAAATACTGTAAAAAGGTTTTGCTCTGTTAAACATAATTTTAGTAAATATTTGATAAAGAAAAAAAATTATAATATTAAAAATTCTGACTTTCACTGTAAATGGCTGTATATGGACTGGAACAGAAATTAGCCCTCTATTTCTTTTCCTTAATGTATATGTGACTGTGGTTGACCCATTTTGGTCACACTAATCTAATTTTAGCTGCACTAATGAAAACATTCTGTATTTGTTTTAATGATGTCCCACATATCCAGAGTTCAAAGACATTTGCTATAAATATTTATACATCTTTTTTATATACAGTGGAATGACGACAGTTGTTCATTTTATTGATATTAATTGTTTTCCTCCCTGTCTGTTTATAG
Seq C2 exon
GCCAGTGCAATGATGTTGTTGCAGCAGACGTTGTTTTCCTAGTTGATGGGTCATCCAGTATTGGCCGGGCCAATTTTATGTTGGTCAAGAGTTTCATGGCAGGCATTGTCAAACCCTTTGCCAAAGCAGTAGGACCGAATGGCATCCGCTTTGGAGCTGTACAGTACAGCGATACCGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000021720:ENSDART00000154878:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0009223=VWA=PU(29.5=83.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]