DreINT0053255 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000068680 | ctrl
Description
chymotrypsin-like [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040912-147]
Coordinates
chr15:37918673-37921968:-
Coord C1 exon
chr15:37921838-37921968
Coord A exon
chr15:37919489-37921837
Coord C2 exon
chr15:37918673-37919488
Length
2349 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TGTCTGTGTGTCAACTACAGGGT
3' ss Score
9.25
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAGCCCTCGTATCCTGCAGCAGACCGCATTGCCTCTTCTGAGTCCAGCTCAGTGTAAGCAATACTGGGGCCAGAACAGAATCACAGACGCCATGATCTGTGCTGGAGCCTCCGGTGTCTCCTCTTGCCAG
Seq A exon
GTATGTCATGCTAGATTTACATTGGAAATGTACTTTTCTACTGAGTGAAAGTATTTGCCCCCTGTTTAATACTGTTTAAAAGTAGCACACATTTCTAACATGTACACAGTCTGCCCTATTAGATATGAAAAAATAGACTGTTTGAAAATAACTTTGCATTTACATTCGATAGCTAAAATCTTAAAATCTCTTAATCTTTAGAAAGTTTAATACAATTTTTACAAAATTAAAATATCAATAATAATAAAAATAAATGTGTCAAAATTAATAGTTTCATCAGTGCACCCCGATGCAGATGGGGACTATTCAATATCGATTCAGTCATAGATCATAACCAGTTGTTTTGTTCTGACGTCATTTATCTGCTATGCGTGATGTTGCAGTCGAATACTATGGCGAAGGAGGTGAGAGCGAGTAAATAAAACATAGGAGTTAAACTTAAAAGGTTGATTATTATGCACAGTTCCACTGCTTGTGAGTTTGCTGGAAAGTCTTTCATTAACACTGAAGAAGGCACAGCCAGTGGCGGTTCTAGATTAAATGGCAACCTGGACAAATTACCCCATATCAAATACATCAACCCCATTTTCATTTACATTCAACCCCATTTACTATATTTATTACTTTATTGCAAATAAATAAAATCAATATTATTATTATTATTATATTAATTAATATTATTATTTTTATTATTATTTTTTTCTTAATAAATAACAGAAATCAATCCTAAATGTTACTGGAAAACAATGTAAAAACACAACTGGAGTGAAATGTTAAGATCTATTAACAAATCTTTTGCATGAATTTAAAAGACAATTATATAGAATACAAAAAAAATATTTTAGGTAATTATTATCTATTGTCTTAGACCCGACTGATGGCTGAGAATTAATTATTAAGTAATTATTTATTAATTAATTATTAAGTCTTACCTCTCTGACTCATTATCTCTCCTTTCTGCTTCATAGCCATGCTTAGTCAAAATAAGATCATCATCATATTGTAACTGTAGTCGACTTGCAAAGCTCGCTGTGTGCCGACACCTCTGCATAAAAGTTGCTCTGGTTTCACAGCATATAAGCGGCGTGAATTTTATCGGAGTGCATGTAAACAACTGGTATTCACATCGAGAGCAGAGCAGCAAGTGAGGCGCACGGGAATGGTTTTCTGTGTGCATCAGTTTGCTTTCACCAGTGCTGTTTTAGTTGCACATAGAGAAAAACAATCTTGTGCATACAAAAGACAGCAAATGTGAATGGCCTCTAATATCTTATTCTGATATTCCCACTCCAAATAAATCTCAAAGCTTTTACTGAGGCTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGCTGTAAAAAAGCCACGTGTCGCCCCCAGCAAGATGCCACCCTGGGCGATCGCCTATATTGCCCATGCCTAAATCCGCCACTGGGCACAGCACACGAGCTGCTAATTCACTACTACAAATGCTGTAAAAATCCACCTTACTTTAGACGTTTGACCTGCTGGCGTGTTCGTGACGTAACTTTTTCTCTCCTCTTGGCTGTTAAAGCAATACTTGTGGATCCAGACATGAGCGTGCCTGAGGTACAAGTTTTCTCCACTGAGTCTATTATGAATTATTTGTCATAACCGCCTATTTTGTGCATATAGACTGTAACTGCGGCTGTTCGTTCTGGGTCACTCATCGGTGAACATCGATTTCATTTCTGAAGTCAATCGCAGCCCTTTCTATTGAGCGGGTGAAGACAATGACCGATCACAGTGGTGTAAGACCTCGCTTGACAGTGCTTAAAAAGCAAGCGGGATAATATTTACATTAGTTTATTTGCTATAAATGCTTACGCTGTCTTCTGTGCATGTATTGGAGTTTTGTCTAAAACATTCAAAACCCGTGTTTTCTTTGAGCAAGTAAAATTAAAGGTACAGTTCATATATCTTAAGGCGTGTATTAAAGAACAAATCTGTATTACAAATAATATGTAAATATATTGGTAGATTTGAATAAAAAAAAATCTTGTATTGTAAAGAAAAAATCTAATTGTGTATGGAAAGCACCGTCAATGCACCATGATGTCAAATGAACCGAATTGTAGGTTCACACCTCTAATATATAGCATTTTCTTCCCAAAAAAATGGTTTGGTTTCAATCTTTTTTCACAGATTTAATTAAATTACATTTTTCATTTTAATATAACACCTGGAATATCTTCAGTTTAATTGTGAGGAAACGTTTTTGCCACCTTATCCTGAATTTGTGGGACAATTTTCTTAATTTTGTTTTATTTAATTTACAGTGTACATACATTAATTAATCCTTAAATGATCGTATATGTGTCTGTGTGTCAACTACAG
Seq C2 exon
GGTGATTCTGGTGGTCCTCTGGTGTGTGAGAGCTCAGGTGCTTGGTATCAGGTTGGCATCGTGTCCTGGGGCACCAGTGACTGCAATGTTCGTACCCCTGCCGTCTATGCTCGCGTCTCTTACCTTCGCCAATGGATTGACCAGATCGTTGCCTCCAACTAGAGCTCTTGCTCTCTGAAGAAAATGCCAATAAAAACTAAAAAACTATGCTTAATGACTCAGTCAATTTAAACTGTAGTTAAAACACAAATTAATTTGTGAATTGTGAGGTCCCGGAACAGATCGGAGCAACGGATCCGGCATGAGGAGGGCAGTTGAGGAGGGGATTGGTAAAATCAGGTGCCAGATCCTGTGTGTTCTGGCACAAATTAAGCCCTGGCCGCAGCTCTGAGCAGTTTAGTTCCAACCCTAATCAAACACACCTGGGGCCTGTTTCAGAAAACAGGTTAAGTTAAAACTCAGAGTAGTTTAACCCTGAAATGAGAGAAACTCTGGGTTTTCCGTTTTAAGGTTTGTTAAACTCGAGAAAGCAGGGTAAGTCAAGCCTGTTTCTAAAAGAGAGTTAACTTTAACTCAGATTCAGTTACCGTGGTAACTTACTCTGTGAATCTAACCTGGTCCTAAGCAGGTTTTATTCTCTAAAAGTTTCTGTCGGTCTCCTCCTTTTTTTAAAGATAGGCGGTATTTCTCGCATTAGTCTTACATTTCCACACACCTATTTTAGAGCTCATTTTGGAGATGTGCATAAAAAAGATTGATGGAAACGTCATGATTCACATAACTTTTGAAAATACGCATAATAAAACTTGAGCATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000068680:ENSDART00000099425:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=FE(19.3=100)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=PD(20.2=83.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]