DreINT0054610 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069484 | dab2ipa
Description
DAB2 interacting protein a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-516]
Coordinates
chr8:12210667-12226816:-
Coord C1 exon
chr8:12226710-12226816
Coord A exon
chr8:12210786-12226709
Coord C2 exon
chr8:12210667-12210785
Length
15924 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTACGC
5' ss Score
9.85
3' ss Seq
TCCTCTGACTTCTTGTCCAGGGC
3' ss Score
8.94
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTACGCATTTATGACAGCAGCACAGATAAAAATAGTGTATTTACAACCTTAAGACATCTCTCTGAGCTTGAGGTTGTGCCTCAAAATGGCATTCATTTTGACTGTATATGATGCATTTTACTTATGCAGTTAATTTGATAATTGATAAGAAAATATTGAATGCAGTTTTTAAAAATGTAAATATAATCAGTTAGTTTTTTTCACATGCTCTTTGTGTGAATATGGAGTGAACTTTGAATAATTTCGCTGCTTTGATTTGACCAGTGTTTGCCATACATGACAGTTTCTGTAGTTCAGTAAACAGTTCATTTAGAAAAATTACAGGTATGTCTTAAATTATTCCTTTCGTTAAATGCAATATTTCTAACAAAACATGTGCTTTGGACTGTTTTTTTTTTTGGTGAACAATATCAAGGTTTTCAAGTAATCGTTAACATAATTCAAAACCTATACAATACTTATTAACATTAAAAAATAATCTTTAAGTTTTCTAAATATTATCATTTAATTTTTTTCATGTTTTAAATAAACTTTAATTTTACTTTTCAGTTTTATTATATTATTTATTGTCATTTTAATATTTAAAGGGATAGTTCACCCAAAGTTTAAAATTACATTAACATTTACTCTCTCTGCGAGTTTTAAACCTTTTGAATTTCTTTCTTCTGATTGCTGTAACCCATCGACTTCCATAATAGGAAATTACTATGGACGTTAATGTGTGCCAGATACCAGCATTTTCCAAAATTCCAAAATAACTATCCCCTTATATAGGGTTGGTTACAGCAACACCCATGTAACTGGTATGCACCTGACCGAATCAGCATATGAATTTCGGTGCCACTGGTGCTGAGACAAGGACGCAAGAAGCATCAAGGGGTGCATCAAAGGCACACATAGGTACACATTGTTTCACACCATCTTTAAACATTTAATTCTAAACAATAAGGGGTACGGACACCATCTGCGATGTTAGGTGTTTGTTCTTGTTGCTTAGGGAACCATGCATGTAGGCAACAGTGCATCCGGTGAGCAACTCTTCAGATTCATCAACACGCATGATCGCATTCATTAAACCTTAAACTAAGTATTCTATAGTATAGCTATATTTTACAAGCAAGGATTCTGACACAGCAATGTGAAGCAGATGCTTTACGAAATTTAAGTTTTGGGGGGAAACACGTCCAACTTAATGAAACATTTGAGGGTGCATGGAATCAAATTAATGGCAGCGGAGTCTTCAGCTATGTTTCCATCCAAAAATGTGAATTAACTTTATGCACAAAACTGGAATATCACATAAAAGATGTGCAAATAAAGCAGCATTTCCATCCTACGAGTCAAAACGAACAAAATCGCCACTCCCTGACCAACTGGCACCAAATTTCAGCAGTAAAAACTGAAGTGTGAGTGTTTTCTTCATTTAATGAGTGACTTGCACCTCAGAAGGTAATCCTGACACGCAGTGAATGCACTGTGGTGTTTGAAGGTGTGAGACGCGGAGCATAGATGCTCTTGATTCTGGAGGTCATTAATAAGATAATAACGCTAATACTAAAATGGTGAAGGTGTTTTATAATGACCAAAACAACATTTTAAATGTTTTTACAATGTGCTCAGCCTGCTGGTTTGTCCATTCACTTACATTTTTGCATCACATGATCTCTAATAACAAAACAACCTTACCTTTTTCAATGCACATACTTGAATTTGTGTGGTAAAAGTGTTTTATGCGCACAAGTTTATGCCTGTCTTTTCTTATCTAATAAAAAGTTTATCTTACTCAGTTATGCGCATGTTTTTTATACGCATTTTAAAAAATTTTAGCATCTTGGCGTTTCCATCAAACAGTTCTTTTATGCACATATGCAAAATGCGCATTACAATTATGTGGATGGAAACAGCTTTTGACCTTTTGACAGTTTACGGAATCATCTGGCACTTTCACTGAGTATGTTTACATGGACATCAATACTCAGATTTTAATATGAATAAGACAATACTCCAAAAGGTCCACAGACACCGGCGTCACAAAAATGCGGAGGTTTTTTCTTTCCATTTGGCGTGCGATATCAAATTCCTTTAAAACAACACTCGTCCACTAATCCTTACTTAATACTCAAATAAAATACCTCAGTTTATCACGGGGCAATATGTTACTGAATGAAAGTGAAAGTGCCTAACTGCAGTTAAAAATTAAAAATGAAACACACGAAATTAAATGAAGCTCAAGAGGAAATGTGCAAAGCCTGGAGATGCAATGTTATTAATCAATCTTTGTGCTTTAACATGTAAAACGGGATCATGAAAGGAACATTTTAAACAAAAACACACATGTAAACACCTGAATCATACTACTGTCTTATTTAGATTTAGGGCAAATCTTTTTTTGATTACTGATGTCCATGTAAATGTAGTCACAAGCCCAAACCCTAGAAAAAATGAGTTCCCTGAATTTGATGACAGCCTTCCCACAGGTTAGTAGTAAGCTATTGTAATGTTAATTGCATAATGCAATCTTAAATTCAAAACAAATAATCAAAAGATATGTAATAATGCAATTCAATTCAAATATATAAAATATGAATTGATGTATACTTTAAACTTTAATTATATTGTTCAATTAAAATGAATAAATTATATATTTTTGTCAAATAATGGATTTTTCGTTCATTATTTTTGTGCCTCAAAGGTATTGGTTCTGGCACCGGTACCATTTTAAAAGTATTGATTTAGCACCAGTATCTAAATAACGATACCCAAACCATACCTGTCAACATTCGGATCATAAAATCCAGGAGATTGTAATTATCCGGGGGTGCGCGCGAAATGATGAGCGGGAGTTGGGAAGGTGCGCAAAGTAAATAGCGGGCAGCCGGTATGAAGATGGTTGCACGTTGGGTTCGGTGCACATGGGGGACTGAACCAAAACTCTTGCTGGACATTACCAAAATAAAAAAATGGGGGTGGGGTCCGGAAGATTCATGAGATACAGAACAATACGGTAGATAGGCGGGAGATGGGTCTGAAATACGGGAGACTCATGGGAAAAACAGGAGTGTTGGCAGGTATGACCCAACCCTACCTTTAAGTATATAATATTATTTTAATATAGCATAATATACAATAAGTATACAATAAAACAAATTACTGTGACATTTTACTATTTTTGGATAGCTTCCAGAACAGTATAGTGTTATTATAGGTCCAGTCTCATTGGAGTAAACTGTGATTAAAGGGATTTACCAAAGATGGCACTTTAAACCAACAGCACACCTGATTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGTCACAAGACCACACCACACCACCTTTTATAACTCAGATCATGTTTGCTACGGATAACAGTTGTAGCGTGTCCCATAGAGCTTTACTTTAAGATTCTGTTTGTTGAGATTAGTGGAGCAAAGGGCACCGGATTGCACTTAACTCCTGAATGCAGTTCATTGAACTCTGTTACAAGGTTAATCCCAGCAGTTGTTGCTAGTCAGTAAAGCAGGTGTCATCACACACCCTGAGGAGAAACAGCATGTCTTCGCTTCTGCGCTGTGCGCTTCCTGCCCGGGGCAAAAAAGCACAGGCCGTAATGGCTTTTTTTTTGCAGATAAGAGAGCGATTCGGCCACAGCTGCCTCTGAAACCTCAGGTCAGCCTGAGAGGAGAGAAGGATTAGGCTCCCTGATAGAATTAAACCATTGGTTAATAGACCTCAATGGGAATCTAATGGGGAACAGTCCTTGCAGGAGATGCAATCAGTCCTGGTTGATTCGTGCTGTAAATGAGACAGATGCAAAGGGAAGCTTGCTGCATTTAGCTGCGATGTGGAAGAGCCACGGGCACAGCTGGCAGCACCAGTGCCCACGCTTCCTTGCAATTGTTGCATGGCCTACTAAGAAAGGCAGTATTGAATGAATTTACAGTGCAGTATGTGAGGTGGGTCACAGATACAGTACAGTACAACAAGCCTGGGCTTTATGACAAACATCTCATATCACAATATATCATGATAATGATATATATCAGACCCAATAGATTTTCACCATTTGTTTTTTTGTGCTTTTTGTGACCAAAAAATACTAATTTTGTTGTGGTTATTCTCAGAAAAGATTTAGCCTTTTTTATATCTAATTTACCATATTCAGTATTATGTTAGATGTGCAATCTTCATACATGTCACAAATCATAAAGATAAAGCTTCTTTATTTAGGTCTCTTCTCAAGATCTAAAACATTTTGTGTATGTGCGCACGAGGTTGTGTGTTTAAAACTAACAACAGGAGCGGATCATTTCGCTATGTTGAGCCCTGGGGTCTGTTCTTCATACGTGGATTGCTCAGTTAGCTGGATTTGGTTATTGATGATTTGACACTATCCAGGATTGTTCTATCCAGGAATCTTTAAAACTCATGCTAGAGTTGTTTAAAAAAAATAAATAAATAAAATAATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTATGTATATATGTGTGTATGTATATATGTGTGTATGTATATATATATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTATGTATATATGTGTGTATGTATATATGTGTGTATGTATATATATATATGTATATATATATATATATATACATATATATATATATATTAATATTAATACAACTTATGCAAACTGCAATCCAAAATAAAATTACAAAAACTATCACCTGCTGGTGGTTCAAAGAGAAAATTAATTGAAATGGACTTTTTAGATACGCGTACAATCGCTTTAGTACAATTTGTGTGTAATAATAGACATGCACAATAATTTTTTTTTTAAGGAATAATACATTTATGCAGTCATGTACATGTATTGACAGCTAATAGGATGCTGATTTGAGGCTTCACAAAAGTTGCAGACACCTTTAACAACATCAAAATGCT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Seq C2 exon
GGCTTCTTGAGCCGCAGACTGAAGGGTTCCATTAAACGCACCAAAAGCCAGCCGAAGCTCGACCGACACAGCAGCTTCAGGAACATCTTACCGGGCTTCAAGAGCGCGGAGAATGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069484:ENSDART00000135812:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.600 A=NA C2=0.309
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PU(26.5=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]