DreINT0056044 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000058666 | dennd2da
Description
DENN/MADD domain containing 2Da [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061013-542]
Coordinates
chr8:12953763-12956967:-
Coord C1 exon
chr8:12956886-12956967
Coord A exon
chr8:12954012-12956885
Coord C2 exon
chr8:12953763-12954011
Length
2874 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGA
5' ss Score
7.61
3' ss Seq
TGACTCATGCATTCATTCAGGTC
3' ss Score
7.23
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGGAGACGAGGACACCATATTACCTCACAAACTCAAGGATGAAATCAAGCAGGCCCTCAGTGCCAAAAATGACAAATCAA
Seq A exon
GTAAGAAGCTTGCTTTTACATTTGCTTTACAGTGTTTGCTGGGAAGGACAGTTTTTTTATTAGGCTTGGTAATTTGAACTAACCCATCAAAACTCACTGCTTAAGATTGGTTGTTCTTTGTGCACAATTAACAGTGCCTGCATCTAAAATCATATCCTTCCGTACTATATAAGCTTCTTCCAGTATCATATTTTCTTGTCAAGATTAATTGCTGAAGCTTTTATTATGATATACAGTATTATCATGATGTTGGTCCAATTTACAAAAAAGTTTACTGTACTTTTAACAGGTATAATAATCAAAATACTTTATGTATTTCTTGCATATACTGTAAATTAAAAATTTAAACCATTTAAAATGCAAAAAAATATGATAAAGTAGAATAATGTCTTATTAGTAAATGGTAGTTAATGCATTAAAATAATTGTGGAATATTTTCTTTAATAATATTTATAATAAGAAGACCATTATAAAGCACCCAAAGACTTAAGATTATTATGAATTATGTTATTATTTGTATATACAAATAATTTGTCTTGTGAAAGACGTCATTGTACAGGTGGTGTGCCTAAATGTTGGTGCATTCAACTATCCATCTTTTGAACCACAGATATACAAAAATCTAGAAAAAATTAAGTGACTATTCAAAAATGCTCAGTTTTATAATTCATAAATATGTGTTTAAGTACAATGTCATCTTTGTTTTGTTCTGTAAGCTACTTATAATATTCCTTTCAAATTTAAAATAAAAGTCATTCAGGTCATTAATATTTAACATTTCTTTATATAAAATAGCCCAAAATTAAGCAGAATGGAGCAGATATACCATGGACAAATATGCTAGTAATATCCCAAACATTCTACTGTATTTAAATAAGTCTCAAAAAGGCAGTTTACTGCTTGCAATGTTTCCAAGCGATACTATGGAGGTAAAAAAAAAAGCCTTAAGACATTTAGAAGAGGACTCAATAACCAACACTTAATGTGCTGTTGCAGTATGGAAGGCAGTTGGGGCCAAAATGTGTTTAAATTAAATGCATAAAATAAAATGTGATCTTGTCAATTCATCAACAAACATAAGAGCCAGTTAAATTGTACTACTTGGGACTGTACAACTATATAGTTATATATTATTTCAGTGATTCACAAGTATTTTTCAGTTAATAAAGTAAATATTCAATTAAAGAAAAATGCAGACACTGCTTTTTTTTTTAAACTGCCTAATTTGTTTTTCTTCACTTTCTATAATGCAATAATACATTTAACCATTTTTTTCTTTATTTTTTTATTTAGAATGTCATGTTTGGTGTTCCCAATGCATTTGCGTGCACTGAAATAAAAGTTATTATTAGATTTTTAAGCTTTACTCACCCTTTTTTAACACTCTGCTATTATTTTAAGCACAATTGTATATACAGAAATATTAGATTTGAGTTTCTTTCTGAAGCATATAAGCGATATGGTGGTTCAGTGGTTAGCACTGTCGCCTTACAGGAAGACGGTTGCTGGTTCAAGTCCCGCCTGGGTCAGTTGCAGGCCCGGATTGGCTAATCGGGAGGACCGGGAGAATTCCCGGTGGGCCGGTCTGTTTTTTGGCCGCGAGGGCCGGTGTTCCAAGCTGCTTGCACTCTCAGCAGTCACACTTTTTTCATTTATTTATTTATTTGACCAGCTTCACTCTTTTTATTCATTATTTTGCCGCAGCTCCGCAATTTTTATTTATTTTCTCGTAGTCCCGTGACAAAATGCAGCCTGCAGGTTAACTAACATTAATAATGATGTAATTATCGACCACAAACAGCCGCACCTTAGTGAATATAATTAATATTAATGAATAATACACCTGCTCAATGAAAATGAGATGATTTACTACAATAATAAATCTAACATAACTTGATCAGAAATCTAAAAAGGGGAAAAAAAAAATTAAGCCATCAATAGAAAGTAATGCTGTGTCTTAAGGGTCACAAGTCATCACTTGTTTCTTAATCCCTGTTATTAGCGCCATTGTGGACCAGTGGTAAGCACGTTGCATAATAACGCCACGGACCCGTGTTCGAATCTCACCTAAAAATTTATAATTATTATTATTATTATTTTTTTATTATTATTATTGTTAAGACATATAATACTGTTACGGCTGTTGAACATTTGAATTTCTAAAGCAGCTGTTTTCTTGAAAAAGACGTGATAGTGCCATTAGAAACTGAATTGGAATCAGTCGGGAACTGAGGTGGGCCGGTCTGTCTTGAAACTCCAGGGCTGAAATTGAGTCCCTCTCCAGCCCTGGTCAGTTGGCATTTCTGTTTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTTTGTTTGCGTGGGTTTCCTCTGGGTGCTCCAGTTTCCCCCTCGGTCCAAACACATATAGGTGAATTGAAAAAACTAAAATGGCCATAGTGTACGTGTGTGAATGAGTGTGTATAGATGTTAAGGCAGTTCATTTTGCTGTGGTGAGGGACTAAGCCAAGGAAAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGTGAAGGATATCATATTAATATACTGGGATGTACAAGGCAATCTTAATGTGGTCAATCTGTGTACTAAAGAGTCCCATTTCATTTAAATATTTTGACCCCAATTCCCTTCCATATTGCAACAGTGTTACAAGTAACAAATAAAAGCAGAGTTCCTCTGTAGATGATTTTTATCAGACATTCCCTGCCGTAATGGCTTTCAAATGACAAACACTAAACAGATTAAACTATTGTCGTTCATATATAAACGTGCAAAATATCAGTCATCTTAATCACACCCTAGAAACAGCATATATTGTTCATGAATTAACTAAGAGTAATAATTACATTGAAGGTAATGACTCATGCATTCATTCAG
Seq C2 exon
GTCTTGAGGAATTAAATCGGGTGGTTCCAGAAGCTTTTCTGCCGTTCTTTATCAAGACTGTGGGCCACTTTGCCAAGCACATCACAAGGAAAGGACAAGACAAGAGAGGCGAATTCCAGCAACTTAATTTCTGTAAAGCGATAGAGTCCAAAAGCACGAGAAAGTTTGTGAAGAAGTTTGTACAGACGCAGATGTTTGACCTCTTCATTCAGGAGATGGAACAGAGACCTGCTTCACAGGACGGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000058666:ENSDART00000140969:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.024
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=WD(100=82.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]