DreINT0057162 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078058 | dip2a
Description
DIP2 disco-interacting protein 2 homolog A [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091204-2]
Coordinates
chr9:629407-636859:-
Coord C1 exon
chr9:636788-636859
Coord A exon
chr9:629527-636787
Coord C2 exon
chr9:629407-629526
Length
7261 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAG
5' ss Score
9.06
3' ss Seq
CTGTGTGTGTGTGTGTGCAGGTG
3' ss Score
10.98
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGACATCACGCAGAAAGGCTATGAGAAGAAAAGAGGGAAATTACTGGCGCCCTACATTCCCCAGATACAAG
Seq A exon
GTAAAGCACTGAAGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCGACACACAGACACACACATTGATTTCAGCACACAGGGTTATAAACTGCAGTTTGCCTGCGCTGGCACTGATCTGAGAACTGTGCACAGTTTGGCTTGTGTCAAGAAGACCGTCAGCTAATGGAAACAGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTCTGTGGTGAACATGACTTATCCAGACTGTAAAACTACAAGCTAAGTGCAGGTTCAGACTACCGCAAACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGCTGTTTGCGCTCGCTGTCTAGCCACTGCTCATATATCCACATATTTCACATGCAGAACTGACTGTTATTTATAAATGCTCATCTTTTTTGATTGATGAAAATATGCATGTTGCTTATATTTGCATGGCATTGTTAGTATTAATAATTCAGTTTGTGTTGCCATCCATCCGTTTTCAACTGCTTATTGTGCCAGGCAGAAGCTAATTTTATTTTATCTGATTTTTTATGTTGTTTTATAGTTTCGTATTCAACTTAATTTAATTATTATTATTATTTTGATTAAATAAATAAATAATGTATTAATTAATTTATTATTTTAGCTTCTTTTCTTTTCTTTTATTTGTTTATTTAATTTTTATTGTATAATTTTTTTAATTAAATCAAATTTAATATTTAATTTATAAAAAATTTCATTTTTATGTTGTATTTTATTTATGTTTTAAACTTTTGTTATTTTTAATTGAATTGAATTTTACTTTACTTTATTTTATTTTATTTATTTGTTTGATTGTTTTATTTTATTTTCATTTATTTAATTTTATTTAATTTTATTATTTTAAATATGATTTAACTTGTTGGTTTGTTTTAAAAGAATTAAATAAATAATAATTTAAATTAAATTAAATTTTACTTATTTTATTTCATTTATTTTACATTTTTTTTTTACCCAATAATATAATGTTTTTCATTTAATTTTATATTTTTATTAATTTTTTATTCTTTATTTAATTTATTTTTATATAATTTATTTTTATTTTGTTTTATTTTATTAGTGTTTCAAATTTTTGTATTTTTTTACTTTAATTTTACTTTATTTTGTTGTTTTGTTTATTTTTAATTATTCAGTAATTTTATTTCATTTTTTTAAATCATAGGCCTCAGACTCAAATCATAATTGTTCTATCATCATGTTTCCCTCATCATGAGCGGTCAGTCTGTGGATGTTGTTCATGTGTGATGTGACTCACTGTTGGCTAAATCTATATTCCTGGTGTGTGTTTAATTTTAGATCGTCCTGCATGAAAGCTTTATAATGCTTGCGGTGGAAAAGTGAGCGTCTGTCTGCTCTAACTCTGTGTTATGGGTCTGGCTCTGAAACAGAAATTAGCTCTTGATTCTGAATGAGCATTTCAGCAGAGATGCTGCAGGATTTATCTTTGTCTTTTTTTGAGCTGGTTTACAGACAACTGCACAAGTAAAGCCTACGGAACCCTAAACATATCAAAAAATTACACTCCTAATGTTCACATGTACATGGGTATTTTCCACGCTTTCATTTTTAAAATAATCTGTCCACATTAAAATGCATGTTAAGAATACTCCGAACCAACAGGGGGTAATGATGACATTTTTGCTGGATTCAAACCAAACACAGAATTAAGCATTTTTGCGAATGAAATGCATACAAGCGTGAGAACAGAGGAGGATTAACGTTATAAAAGTATTTTGTTTTTATCCGATTAATCATCAAAATAATTGCACAACTAATCGATTAACGAAATAATCATTGGTCACAACCCTAGCAAATGTGCGTTTCTTAAACTGATAAAAGGATAAAAGTTAAAATAACCCAGAGAATTAACATCTATTATGCAAATACACGTGTTTATTTGTTACTTTACCGTTTAAAATGTATTTAGTTTTATTTGATTAATCATCAGAATAATCACATAACTAATCGGTTATCAAAATAATCGTTAGTGGCAGCAGCTCCTGTAATGTGTGTTTGTTAAACTGATAGAAGGATAGATGTTAAAATACTTTACTTTTTTATGCGAATACATGTTCATTTGTTACTTTTTATTGTGCTCTAATAAAAAAAAGAGACAATTAATCATCAATATTAAGGTGTAGCTACATTTATACAATCTTATATAGTTATAACCGACTCTGTCAGTATTCCCATCTTTACATTGTTGCGTCTTTAATATTTGGGTCCAGATCTGGCTAGTAACATTGGAAACAGGAATGTGATTGGCCGGTTGTCAGCCAATGGTGGAACGACATTTGTTTTGCTTAGCAACTGGACGGAGATACTTGTAGCGTTCATGGCTTTGTTATGTTTGCACATAGTTGAGCTTTTGTGAAGCTGAACACACATACGCACGCACAGGTCAGTGTTTTTAAAAGATCTCCTCTGCTCACTGAGATCAGAAACACATTAAAAGTGTCATGATAACAGTTTTTGAACATATTTTAACATGCAAGTTATTCCTGTGACTGTTCAGCATCATCACTGCAGTCTTCTGACGTGATCCTTCAGGAATTATTCTGATTTCAGATCTGGATTGTGTTCCAACTTTCAGAAGCGAATGTAGAGTACATCAAAAATGATACCAAATATCATTCATTCATTCTGTTTTCAGCTTAGTCCCTTTATTCATCAGGGGTTGCCACTGTGGAATGAACCGCTAACTATTTCAGCATATGTTTTTCACAGCGGATGCCCTTCCAGCTCTAACTCATCACTGGGAAACACCCATACACACTCATTCACACGCACACTACGGCCAATTTAGTTCATCTTTTCCTCTATAGCAAATTTGATTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCTCTATTATATATATATATATATATTTATACAACAGTTCTGTTTGGTTCTTGAATCTGATTGGCTGATAGCTGTGATATATTTAAGTAATATCAGCACCCGTACAGCCTCTTTACCCTTTGTGTATTACTCCACCCACATGCAGCCAGCAGAAAGCAGACACTACAGATCTACAGTGTAAAAGATGCACACTCAGCTGTTTAACTGTCAGTGTATGATTTGAATCCAACGCGGAAGAAAGTAGTTCCTCATACAAAAGGGTTTTAGAGCCTCTACATGTTTGATTTTGTTTTTATGTACACAATTATGCCGTCAATCTGTTGTATAAACGCAATATCACACGAGTAGCTATGCGATATGGCTGTATATCGGCACTGGTGGGGGCACTAAGCTATTACACTAGCTATAGGCACTAAGCAATGCACGCCTCCCACCAGTGCTGATATACAGCCATATCACACTGCTACTCGTGTGATATTGCTCATATATATATATGACACACACACACACACACACACACATTAGTCCCTGTTGTTCTGAGTGTACAATGTTTTCAGTAAGTACTATAAAACGCTTCACATTTTCAGTGGTGATTTGCATTGGTTTACATTCAGCATGGCTGAAAACATGGCGAAGCGTAGATGTCATGGCAAAAGCAGGACTGTTTTCATCCTCAGTGTCCACAATCTTTAGTCAAATCCAGTCCAGCGGTGTTCGAGCATGTGCTGATAGATGGTGAAAAGCACAGAGGTCACGAAAGCTCTTCAGTTTCTCCTTTCTGCTGCCGCATGGATCTTACATAACTCCAATACTGCAGTTCATCATCAGCCTCAACTTCAGAAAGATGCAGATTTCTGCAGATACACTCAAACTGGGTTGCCAGGTCCATGAAAACCTGATGATGACAAAACAAAACCTGCCTAAAAGGAGAACAAATATTTGTTTCTCTGGTAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGGCTAGAATAACAGCAGTTTTTAATAGTTTTAAAGCCATTTTAAGATCAATGTTATTAGCTCCCCAACTGACCCACCCGGGACTCGAACCAGAGACCTTCTTGCTGTGAGGCCACAGTGCTAACCATTGAGCCACCATGCAGCCTAATACATTTATTAAAACATTCTTTGGGCTGCTGCTGAGAAAAAAAAAAGTAAAATACTATACACGTCCCACAACTTCATATTTAAAACACGTAAATATTTCAATTGTGTAGGAAAGCTGCAACCCTGGCAACCCTGCACTGTATAGATGTGGACACTGAGCTGCTGCTGTCTGAAAATAAAGAGTAATCACAATTTTTTGTTAATAATAAAAGTGCTTTAAATAAATAGTGTCAGATCATGTATCATCATATTCACAGTTTGCATCTATTATGATATGATTATTCGTGTACATCTGTGATTTTTTGTTTTGTTTTTATTTCCTTCTAGATGTGAGAAAGAAGCACACATTTGAAGAACATTAATATTTGGTCACACTTTATTATTGTTTAATATTTAGTTCAATTCTGGCTATTATTAAACCATTAACCTGGACTTTTAGCTAATTAAACTCATAGTTTGCTGCTTATTAATAGTTATTAAGGTAATAAGACACTAGATCATAGTGAGAATTGATACTTAAACTAAAGTGTCACCAATATCACATTATATCTGAACATGCAGCTCAGCTCCTTGTTCAAGCTCTTGTTCTCTCCAGACTGGACTATTGCAACTCTCTACTAGCCGGGCTTCCAGCTAACTCTGTCAAACCTCTTCAGCTGCTTCAGAACGCAGCAGCACGAGTGGTCTTTAATGAAGCTAAAAGAGCACATGTCACTCCGCTGCTCATCCGTTTGCACTGGCTGCCAGTTGCTGCTCGCATCAAATTCAAAACTCTGATGTTTGCTTACAAAGCGACTTCTGGCTTTGCTCCTTCTTATCTGCTCTCACTTCTGCAGATGTATGTGCCCTCCAGAAACTTGTGGTCTGTGAATGAACGTCGCCTCGTGGTTCCATCCCAAAGAGGGAAGAAATCACTTTCCCAAATCTGTTCAAAGCTCTTAAAGTTTCTGC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Seq C2 exon
GTGTAGATCCGTCTCTTCAGATCGATCACAGGATTCAGTCTTCAGCACCGGCGGCTCATCCGGCCTCCAAACACAACAAACCTCGGCTGGCCAACTCCAGGGATGAGCGCTTCAGATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078058:ENSDART00000115030:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.320 A=NA C2=0.902
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064646=DMAP_binding=FE(20.9=100),PF051207=GvpG=PD(47.6=80.0)
A:
NA
C2:
PF064646=DMAP_binding=FE(34.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]