GgaINT1011307 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006139 | DIP2B
Description
disco-interacting protein 2 homolog B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29284]
Coordinates
chrLGE22C19W28_E50C23:180080-185718:-
Coord C1 exon
chrLGE22C19W28_E50C23:185647-185718
Coord A exon
chrLGE22C19W28_E50C23:180221-185646
Coord C2 exon
chrLGE22C19W28_E50C23:180080-180220
Length
5426 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGT
5' ss Score
10.29
3' ss Seq
ATTCTGAACTGTCTTCCCAGGGG
3' ss Score
7.23
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGACATCACACAGAAGGGGTATGAGAAGAAGAGAGCAAAGCTCCTGGCTCCGTACGTCCCTCAGACACAAG
Seq A exon
GTAGGTGCTTCTTGTGGTTGGTGTAATGCTTTTGCATAGCCTTGACATGAAAGGGATCTGTGAGATGGCTGTGGAGCGAAGCTCTGACATTTCATTGGCCACCTCTGAGCCGTTCTGTTTAGATTTGCGTTTCCTTAGCTGTCTAATAATTACACTTGTGCAGTTTGCATGGCTGCCAGGAAGTCCTGGGCAGTGCCTTTAGTTCCCTGGTTCATCCAGAGCTCCAGGGATTCCTGCTGGTTCCGCTTTTTGCTGGGGCTTTGTGGGGTGCCATCTGTGCCCTGTTGTTACCTCTGTCATGCGTAAATCACTTCCTGCTTCCTTGTCAGCAGAGAAGTCAGTGCTTTGAATCAATCATAAAGTGTGAGGTCTTCTTAAATCATTCTTGAAAGTTTACAAATGGATTGACTGCAGAGTTGGTCCATATTGTGCCTTTCTTTCAGCCGTCTTAATTCCCTGTTAGAGAAACATCAGCATTTTAGTTCTGTGTTGGTTTATTTTACGGCAGTAACTGAATTCACGTACTTTGTTTACGTCTGTTTCTTTTGGAACGGAGATCCTCAGCTATAGGTCTGACTCACAGCAGGATAATGATATATAGCTTTAAACTGAAGGACAAGGCTGAAAATACGTCCAGTAATTGTTATGGGGTTGCTTACCCAAAATAATTGTGCTTCTGATATGCTTAACCATTCAAAACTAATCCGTCTGGCTCTTAGCAGTGTGGGGAGTGAATGGGTATGATAGGCAGCCGTGACTGGACTTACTGTAATTTACTGAGGCTGAGCCACTGCCAAGAAAAGAAAAAAGCGAAGGCTAAAAGTGCATTTATTGACAATCAGCACTGCTTCCACTGGGGAAAGTTTGCATGGGTTTTCTGAGGAAATTGCAGCAGCTCAGGCAAGTGCTTGAGCAATACAAAACAGCTCTGCTGCTGCTGGTGTGCGGTAGCACCTGGACTCTGCTGCTCCAAACCACTTGGTGCCTGGGTTGCTGGGCTGTTTCATCCCATGTGTTTCCCAGCTGCATTTTGTTTGCATATACAACAAGAGCTGTTGCTGTATCTCCTGCATGAGACTGACTGCTGCAGTGGGTGCTTATGTACAAAAGCAGCATATTCTGATGGACTGAAGGTAGCAGTGCAAGCACAAATTGTTTTTCAGCCTTCAGCTTGTTACAGGCAGCACGCAGAGTGAAGACTCCTCCCTGAACCACGGATGTGATAGGAATCTCTGAGGTCTCAATGTGCACAATCAGTACCTCAGTATCAAATCTGTTCCTGTTATTTAAGGAAACCCAAAGCTAATACACGTGACTAACCCCTCTTTATGGTGTTTGTCAAGCAAGTCTTGCAGTCTCAGTCCAGTGTGTGTGAGCCATCCAAGCTCCTCTCCAATGTGCAGGTGTTCAGATTGGCTTTCATGGTGCCCAGCGAAGGCTGAAGCTCTCCGAACTACTTTTCATGTGCCTGCAGGATGTGCCCATCACACCCATCACTTAGTGCACATTTGGTTTGTTTCAGAAAATCTTGTTTAGTAAGAGGAAAGGGGAAAAGAAAAAAGACAAGACTGTCTGTGGCCCTGCTATTTTAATTGTTGTGCTTTGCAAGTCTGCAGAATGAGCCAAAGTTTAGGAAGAGACGCGGGTTGATAGGAGGACACCAATTAAGATAGCATTTTGACTGCTGTTCTGGCTCAGCCCTCAGCTCTTTATATATCCTGTAGCCAGATGCCTCTGTGTCTGGGAATCTCCAGTTGTAAAAATGCCGTTGAAGTCATGCGTGAGGGATACAGAATCAGGTCACCCTTTTAACGAGCAGAAAATTAATTTAGCTCACAACAACAACAGAAAAAACGTACTCTTGGCATTAAGCACGTTGCATTTCTCAAAGCTCATGCATTGTCTCTATTTCGTAGATGTGAAAGGAGATGAAGGAAGGTGGGGTGACATGCCAGGGCATGTCAGAATTGTAATTGGGGAGATTCTGATTGCTAAACCTGTGCTCCATTCCTGTTGCCTCTGGGAGCTTGCCTCCTTATTTTTGAGTTAAGGCAACAATGTTGATTACCTAAGATACGTGTTTTCCTGGTGCAACATCCATTTTTGTAAGCGGGAGGTACTGAAGTGATGGAGATACCATTCCTGGGTTGTTATTCCTCTGTTTCCTGCTGGCTGCTGCACAGAAAGGCTTTGGAGGAGGAATTCTGAGCAGCGTTCCAGGTTCTGCATAGTGAGTAATGCAGCAGATTTCAGTGTTGCTTGTTTCACATCATGCTGCTGACCAACCTTCTCCAAAACCAAATGCCACCCTGCTGTCACCTCGTCCTTAGTGTCCTGCTTAATGAGTTCAGCTGTAGCTAACTGGAAGGCTGCAGGGAGATGTTGCTTTTGCTGGAATAAAGCTGGTGCTTTGGAGCAGCTCTCAGTCATGAGTGACAACCAAAAAGACAAAACGCGGTGCTGTTTCTCACTGCTTTGAGAAATGCATGTTGGGTGAACTGTTCTGGCACCTGGAGATGGCACAGTAACTTGCTGCCTCTTGGAAGGAGCCTTTGCTGTGGGCTGCAGGCAGATTTCTGCCTTGGGGGAGCAGCTCCTGCCTGGATCAGTTGCTGCAAATCTGGAAAAGCACTTACGGCTTTTTAGCTCAATCAGTGCGGATGCAGGAATACCTTGTGCCAAAATTAGCAGCCCTTGCACAGAGACTTTTGGCAGAGTATGTTTTCTTGCTATTTAAGATAATTCATTCTGTTCCTCTGCTAATGTGTAAAGGAAATTATATTCATTAGCCCTGACTCACTGTCAGACCTTTCTTTTTAGCTGCTGGAGTTCTGTGGTCTTGCTCCTGTTTCTATTCTGATCAAGAAAGAAACAAAACTATTTTAAACAACTACATTTGGAAGGGAATATGGAGTTTGTATCGAACAGAGGACTTGGGCATGGCCGAGTGTGTTTTGTGTCCCCGTGCATGAGGGAAGGGTGTTGGAAACTGTGGAAACTGATAACCTTCAAAGCTGGTACAGTTTGATCTCTGAATTTTCATAGTTAATGTCTATTTTGTTCCTTTGTTCACTTTTGTTATTCATGGATAGGTGGAAACATTACATCTTTGTTATTTTACTCCTTAATTTCTTTGGAAATGCAGTGTTTCTGCTTTGCTTTGTGGGTGGGCTGCCATGCATGTCCTGTCCCCATAACCTGGCACAACTCTGCTTTCCATTTTTGCTCCTCTTTTCTTCCTTTCTTTTTCCTCTTTCAGCACTGCATTATTTCAGACAGGAGCTGAAGTGGAATGGTAATAACCAGTGATAGAACAGCTTTGCCTAAACCTGTACATCACGCACACGTGCTGCGGCTTAGTGCTGTTGGAAGAGTTTCACCCTCTTACAAGATCTGACTTGCAGCTGCCACACATGGGGAACTATTCCTGATGAAGTCTGAGGGGTATCACAGTTACGAATAAAGCTTAGTACGTGGATTTTGGAAAGCAGTTTGTCCACCTTTGAAATAATTTCCAGGACTAAATCAATGGGAGATATGATTTCTCCCATCATGTCTCGCACGGGGCAGTGCTGAGATCCATCTCAGTCTCCAAAGTGATGAGTTCTCAGCACAGGGAGAGAGCAGGAATGATTCTGGGAGTACTGCTCAGGGTTTGCAAACCTCAGCTGTTTGTGTTTGTTATTTACACGGTTTTTATTTGCAAAGCTGTGGTATGAGGAGTAGTCCAATATAGTCCAATACAAACGCTTTGTGCAGAGCTGTATGCAAAACAGCAGAATAACAGGTTTGCTGCAGTTTGTCAGATGAATGGGCCCTTCTGCTCTTGTTGTTCATGTAAACGCTTCTCCTTGTTGATCATATATGGTGTTTTTACTGATACCTTTCACCTGCAGGGCTCAGCTCACCGGTGTCACTTTCTTATAACCACATGTGATTTGCTGCAGCTGTACACATGGCTCCTGGTGTGTGCTCAGATGCTTTGTTGTGCTCCTGTGATGTGTTGTTATGTCACTGCAAAACATTCAAACAAGGCACTTGGTGTGCTGTGTTGCTCACCAACAAATGCAATCCCAGTGTAGAGGGAGCGTTGTGTTTGCCTGGCAATGCCCTGCGGAACAGATGAGATGGTTCTGCAAGGCTTAGAAGAAAGAACTGAATATGAATTCAGTAATTTATTAGAAATAGTGCTAAATGTGCTGCTGACATCTAGTGGGTACTCAACTTTGTAAGTGCTTAAATATCAGAAAGAGTGACGCTTCTCTTTGTTGTCTTTGGATCAAAATAAAACTTTCCTTTATGATGAGGATAAGTATGGCCCAATCTGGAGGCAGTTCTCTACTGCTGCTTCTGTCCTAGATGAGCTCACTTCAGTATTCAAAGAGATAATTGACTTCATTTGGATCATATGCAGTCTGTGCCTATGTAAATTTAACATACTTGGTGCTATGCAAAATATAAGGAGGCTGTCTGGTGAATTAGGATTTAGGATCAGGATATATTAAGCTGTCAATTTTAAAACTTTGGCTTAGTGATCTTGCTTCAAGTTTTGGATGAATGATAACAGCTTTCAGTGTAACAAATTAATATTCTGCTCTTTGGGGTGTTGGAAGGTGTAGGAAATGGCTGAAGGTTTCTGCAGCAAGTTGGGTGTGATTTGCTGGTATTATAAGTACCCTGAACTGGAGGTGCTTGCTTTAAGTTGTTTATGTAAAACCACACACTAAGAAAGTGGTGTAACTGGAATTGGAACCCAGCATTTGTGGTTTCCTCTTCATTTCTCTAATCCTTTGGTAGTTTGTGAGAATTCATAAGCAGTGCATATTTAGATGACACAATTGCTCTTTTCTTGCGTGACTTCAGGTGACAACCTCAGGGTAATTGCAGCTGCATGACCTTCGTTTTTAGTCTTTAAGAAGTTCCCACTGAAGCACGGATTCTAAAATTAAAATTCAGTAGCAACCATTGCTCATATGCCTTGGTGAATTATGGAAAGCAGTGATTTCTTATCAGATTATCTCATCAGATTGCTATATTCATGGGAAAAACAAACTTTTTGGGGGTGCTAAAGCCTCTCACTTCTTGACACATGTTGGAAGTTGACAGAGCACTGGGTCTGTTTGGTTTGGTAATTTATGTGAGCAGCAAAAGCTCTTGCCACTGCTGGTGCATTACTGCTTTTCCTTTCAGTAAGGCATGCTGATCAGTGGGATGCTGGGTAACAAACTCAGCTTCTGAACAGATTTTTCTATATATTTTTGCAACTGAGGCTTAACTTGTGATGCGTCACTGCATCAGCCAGAGCCCTTTCCTCACTATGCCCTTAACAGCAGTGCCTAAAAGTGCTGTAATGAGTATGATCTCTAAAAACTTGCATCTGTAACTGTACCACCAATCACACTGCTAATTCTGAACTGTCTTCCCAG
Seq C2 exon
GGGTTGATCCAGCTCTACAGAAGGAATCCAGAACTCAGACACCCACTCCATCTGCAACTCCAGCCCCAGCTCCCTCCTCATCCTCATCCAAATTTCACCGAGCCCGCTCAGGGGGAGCCAGAGATGAACGCTACCGATCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006139:ENSGALT00000009909:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF051207=GvpG=FE(43.6=100),PF064646=DMAP_binding=FE(19.4=100)
A:
NA
C2:
PF051207=GvpG=PD(12.7=14.6),PF064646=DMAP_binding=FE(37.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]