HsaINT1011087 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000160305 | DIP2A
Description
disco interacting protein 2 homolog A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17217]
Coordinates
chr21:46490600-46497107:+
Coord C1 exon
chr21:46490600-46490719
Coord A exon
chr21:46490720-46496987
Coord C2 exon
chr21:46496988-46497107
Length
6268 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CTGCTGTCCTTCCTGTGTAGATG
3' ss Score
10.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATAGACCCATCTCTGCAAGCAGAGAATAGAATTCCTGGGCCCTCACAAACCACGGCCGCTGCACCCAAGCAGCAGAAGTCTCGGCCCACCGCCTCGAGGGATGAGCGCTTCCGGTCAG
Seq A exon
GTAGGGTCACAGCCTAGGCAGTGGGGAAGGTGGACGGGCCTGGAGCCCTTGGACTCTTGCCATGAAGTCTTCCAGTTATTTTTCCTTTGCCACAATATCTGCCAAAGAAATTATTTTCACATAAGCAGTAATGTACATCATCATATTTTTTTCAAGAAAAACATTTAACCTTCACGTAACCACAGTCTGTTTTAATGTATGGTGTAGCTTTAGTGGCACTTTCTTAGGGGATGCCTACAAAACTCTCTAGAGAAGTCTTCTTCTCACTCTTACTAGAATAATTTCTTTAAAACTTTTGTACACTTTTTACTTTGAAGTTGATACTAATAATTTTTGTGCTTTATGGAGCAGCTTTACTGCTAGGTGCAGGTGTTTTAGTATTTCTTTTTCTAATTTTGGAGATTTCCTTCCAATTAGATTTCTGCCACTCTGTTTGGCAGTGCTTTTATGAATATTTAAATTTGTCTCTGATGTTTTACTTGAATCAATAGAATGGCCATTGAAAAAAATTCACATTTTCTATTATAGTTTATATATTAATAACTTGAGCACGTTATCTATTTAATATTTTCACCACTGTGTGGTTGTATATTTTCTTCACATTTAAGCTCTTTTGACAGGCCTTTTTCAGAAAAAATTTTAATAGGGATAATGGTTGTTTTAAGAATACTGAAAACAAAGATTAAGATTTTAAATGTTTTTTCAACAGGGAGTGTAAAGAAATAGTCTAAGAAATATTCGAACAGATAATGTCTTACCAATTTGATACACATTTATAAAAAACTTTATCATGTGGCAAACAGCTTCTTCTCTGATTGTATAAATAATATATGCTTAGTGTTAAATATATAAAAAATATTATACCAAATTTAAGGACAAAGTTAAAAATCACCTGATACCCCTGAATCCTGAGATGGCCGCCCTCAGCATTTCACTGAGCACTGTTGTCCTCATGCCTGGATGCAGATGCACGCACACATGTGTACTTTCCATGAGAGTGGTCCTAGAAAAGGTCTCCTCCTTTCTGCCGCTCCTTATTTTCTACATGTCCCAGCTCTTCTCCCCAACCCTGTTCCCTGCTCATGGAAGTGATGTTAATAAACTGGTTTCTGCCCTTGTGAAGTTTATACTAGGTGTATTCTTTATCTTTTGAATACAGGTCTTTTATCATAAATATGATTTGCCAATATTTTCTCTCAGGCTGTGATTTGTCTTTGTGTTTCTTTAAAGTATCTTTTGAAGAGCAGAAGTTTTTAATCCTGATGAAGTCTAAGTTATCATTTTTTTAAATTGATAGTGCTTTTGTTCTTGTGTTTAAGATATCTTTGCCTAACCCAAGATTACAAAGATTCTCTCTTGTGTTTTCTTGTACAAGTTTTGTAGTTTTAGGTTTTTTAGTGCCATTTTAGTGCCCTTAAGTTTGTGATCTTTTTTTTTAGTTAATTTTAGTGTAAGTACAAGGTATGAATCAAAAGTTTACTTTTTTGCATGGAGGTAGTCAGCTGTTCCTGGGCCATTCCTTAAGCCTATGCTTTCTCCAGAGAATTCCCTTTGCACTTTTTTCTAAAAGCAGTTGCACATAAATGCGCGCATCTATTTCTGGACTCTCTGTTCTGTTCTATTGATCTATTCGTCTGTCTTTATGGCAAAACAGTGTTCTCTTGATGATCATACCTTAATAATAAGTGTTAAAATCAGTAGTGTTAGTCCTTCAACTTTGTTTCTTATCTGTGTTCTGTTGTATCTAATGTGTCTTTTTTCCTTCTTGCACCTTTAAGATTTTTCTCTTTATCACTGTTCTGTGGGCTCGATTATATCCTCTCTGAAATTCCTATATTGAAGCCCTAACCCCGGTGGGATGCTATTTGGAGTTTGGTCCTTTGGGAGGTAATTAGGTTTAGATGAGATCATGAGGGTGGGGCCCTCACGGTGGGATCGGTGCCCTTATAAGAAGAGGCATTGGCCAGGCGTGGTTGTTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAAGCAGGCGGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGTCAGGTGTGATGACACATGCCCATAGTCCTAGGTATTCTGGAGACTGAGGCATGAGAATCGCTTGAACCGGTAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAATATTGCCCCACTGCACTCCAGCCTGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAGGAAGAAAAAAAAAAGAGGCACTAGAGCTTGCTGGCCCCCGCCCTGCCCCATCAACCTATGAGTACAATGGTTAGAAGGCAGATGTCTGTAAGCCAGGAAGAGAGCCCTCACCGGACACCAACCATGAGGCACCTTGATCTTGGACATACAGTCTCCAGTAAGAAAAATTTGTGTTGTTTAAGCCACTTAGTTTATGCTGTTTTGTTATGGCAACTGAGCAGACTAAGATGCTGGTGTTGAGTGATTTGATTATGATGCACGTGGGCTGGTTTTGTTTCTTGTGCTTGGGGTTTGTTGAGTATTTTTGGATCTGTTGATATACCCTATCAGGTTGATATTATCTATATTTTTAGTTCTAGGTTGTTTTTAATCTATACTTATTTTCCTTTTTTTCTAAGACAGCAATAATGTTTAGGGGAATCACAGTAACTTCCAAATCCATCACAAGGGTCTCAGTTTGTTTCTTGCTCTCTTTTCGTGAGTGCCTTTTTCCATGAGTGTTTTCAGTTAAGTCCTTGTGTGGAAATGCTTTTCGAACCTTGTATGTCTGATAATATTTTTATTAAATATTCATATTTAAATGATAATTTGGCTGGATATAAAATTCTAGGTTTAACACTTTTTGTCTTCAAAACTATTGCTTTTTTGTGCCTGGTGTTACTACTGAGTATTGTCAGTCTGTTTCTTGATCTTTCAAGGTGATTTACCTTTTTCTCTGGAAGCTTTTAGAATTGTTCTGTGTCTTTGATATCCATGAATTTCCTTTATCATATGTCTAGGTGTGAATTCTTCACCTTTCCTGAGTAGGAAAAGGTTTAACCTGGCCCTACAAGCCATTTAAATGTGAGATTTTTAAATGTTTTCAGACATTTGTTGGGGAAAATTGAAGCGTCTACAAAACTGGCCATCATTGTATTATAGCTCCCCTGGACCCATAGTCGAGCTCCAGAAATTCTGGGCCATCCATGCCCTGCCTTGGATTAATCTATACTCTACCTGCTTCCTCCCTTCCCATATGGTTTCATAGCAAATCTCGGATATGTTATTTCATTTAGATGTCATAATATTCTCGATCTCTGTCATTTTGATGTCGTAATAGTCTTGGTTTCTGTATCTGAAAAGATTGTATTTCTAAAAGATAATGCCATTTTCACAAAGTAATTAACAATAAATACTTCCTTAATAGCAAATATTCAGCCAATGTTCATATGGCTTTTGCTCGTATGGCTTCTAAGGAACAAGTTTATTTGGACCCAGGATTCAAATAAGAGCTACACATTGCAGTTGGTTGGTAAGTGTTTTCAGCCTCTATGAACCTTAGTTTGTAGGAGAAGCTGAGCTGTGTTTGTCTGATGGTTCCTCTTGGTGTCTCTGACATGCTTTTTAGGTCACTAGGTTTGATGAAAGTCAGGTTACAACGTTCAGCTGTTTACAAGACTGTCATGGGTGGCCCTGTGTTCCTCCACCAAGAGGCCTGTTGGGCCTGACTCTTGGCTGTTCACTGTGGTGCTTGAAAACCAGTGATTTTTCTCAGTTCTTAGATTGATTTCCTTTGGGCTGCAAAATGGTGAAATTTAGATTCTGACATTCCTTCTTCACTCAAAGGCCAGAATATTTCCGTAAAGAGAAACTTCTGTTATTTACAACTTGGTACAGGAAAGAAAGTCAAGATGAATATTTAATTCTTTCCATTTATTTACTAGTTTTCAGAACAATAGGTTGAGTCACTGGCCTCCTCCAATGGCAACCAATTGATTGCGTTTCCTCTTTTCCTTTTTCTTCTTTTCTTCTGTCAGTATCATATTTGATGTTTCAGTCCATTTTAGTATTTATTCTTACCGATATTCAGATTGTCCCATTCTTCGCCATTGGGAATCTCTTCAAATTGGCTCGAGTTGTTTGACCATTTCCTGGTTGGCTGTTAGGATAAGAAGTTCTAGGTTCATCCTGGGCATTTCTCCCCTGCTCCAGAATCTGCCATTTCTAAGGGTTTTTTTTAAGTGAGGATGGTGTTTCAAGACCACAGTCTGGGCACTAGGATGCTGATTGCTATTGGGCTGATTGTTGTTTGTAGACATTTTCACTGTACAGAGGTAAGACAGACTTTTAAAAGACAGGATACCACATTTGTTTGTAGTGACATAATCTATTCAGATTCAGAACTGCAGGGTCTGTACTTCATCTCTCTCTCTCCCTCCCTCCCTTCCCTCCATCCCTCCCTCTTTCTCTTTCGCTTTTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTCTTTCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTCGGCTCACCACAATCTCTGCCTCCCGGGTTCAAACGATTTTCCTGCCTCAGCCTCTCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCATGCCCGGCTAATTTTGTGTTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCCATGTTGACCAGGCTGGTCTGGAACTCCCGACCTCAGGGGATCCGCTCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCCATCCTCTCTCTCTCTTTCTTTTCTTCCTTCCTTCCCTTTCTTTCCTTCTTTTTCTCTTTTTCTTTCTTGGGTTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGGCAGTGGTACAGGCATAGCTTACTGCACCTTGGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCAGCTTCAGCTTCCTGAGTAGCTGGGACCACAGGCGCATGCCACTGCACCTGCCTAATTAAACAAAAAAAATTGGGCCAGGTGCGGTGGCTTACACCTATAATCCCAGCACTTACAGAGGCCAAGGCGGGCGGATCACCATGTCAGGAGTTCAAGACCAGCTTGGCCAACATAGTGAAACCCCATCTGTACTAAAAATATAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGGGGGTGCCTGTAATCCCAGCTCCTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGTCTGAACCCGGGAGGCGGAGATTGCAGTGAGCTGAGATCACGCCATTGCATTCTAGCCTGGCGACAGATCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAATTTTTTTTTCAGAAATGTGGTCTTGCTGTGGTGCACAGGCTGGTCCTGGCCTCAAACGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTAGAGCGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGTCCAGCCTACCTCTTTCATCTACATTTGTATCTCCTCTCCCTCATGAGTGTCCAAGCTCTAGCTATGGTAGAATCAGACTATTAAGTGCTTTTCATTTGCCATATCCCACAGGACTCACGAAGAATCTATATGACAATGCCTTCACTGCTATCAACAATATGAGAGAGTTTAAAAGTTTTTGTTCAGTTATTTTTGTCCTTATTAGATATTTCTGGAAGTAGAGGTTGACCAGTCTAACTTCAGTGTTTTAAAGTCAGCTGCAATAGTTTAAACCAGGGGTGTCCAATCTTTTGGCTACCTTGGGCCACGTTGGAAGAAGAATAATTATCCTGGGCCACACATAAAATACACTAACACTAACGATAGCTGATAAGCTAAAAAAAATTGCAAAAAAATCTCATAATGTTTTAAGAAATTTTACGAATTTGTATTAGGCTGCATTCAAAGCCCTCCTGAGCCATATGAGGCCCATGGGCCACGGGTTGAACAAGCATGGTTTAAACCAACAACTAGATACACATTTAGGCTCATTTGTTTCACTTTATTTTCAATTTTGGGGATTTCTCTTTTATTCAGTTTTGATTTATAACTAAGGAAATATTTACAAGATTCCAAAGTTAGATCTACAAACAAAGAAATATTTAAAGAAATCTAGGACCAACATGTGAGGATAGACAGAGAGAGCTTCTATTCCTTTTACCCCCACTGAAAACAAACAAAAACATGAAACTTAATTTGTTACTTTATAAACAGTCTTGTAAAAAGTATTTTTACTGCTGTCCTTCCTGTGTAG
Seq C2 exon
ATGTCCACACTGAAGCCGTGCAAGCAGCTTTGGCCAAATACAAAGAGAGGAAGATGCCTATGCCTTCGAAGAGACGTTCTGTCCTTGTGCATTCGTCTGTGGAAACCTACACCCCTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000160305:ENST00000400274:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.911 A=NA C2=0.976
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064646=DMAP_binding=FE(34.8=100),PF051207=GvpG=PD(11.5=14.6)
A:
NA
C2:
PF064646=DMAP_binding=PD(24.3=68.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains