DreINT0057764 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011956 | dlx4a
Description
distal-less homeobox 4a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-980526-73]
Coordinates
chr3:34542158-34551913:+
Coord C1 exon
chr3:34542158-34542351
Coord A exon
chr3:34542352-34551391
Coord C2 exon
chr3:34551392-34551913
Length
9040 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
AATGATTTTGCATATTGCAGGTC
3' ss Score
7.76
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011956:ENSDART00000133457:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.338 A=NA C2=0.488
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004624=Homeobox=PU(73.7=64.6)
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=PD(22.8=15.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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R:
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INCLUSION PATTERN[edit]