DreINT0057766 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000071560 | dlx4b
Description
distal-less homeobox 4b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-50]
Coordinates
chr12:5684659-5692022:-
Coord C1 exon
chr12:5691829-5692022
Coord A exon
chr12:5685142-5691828
Coord C2 exon
chr12:5684659-5685141
Length
6687 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
GCTCATTTTTGTGTGTTTAGGTG
3' ss Score
8.58
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCACGAAAAGCCAGCGGTCATTGAGAATGGTGAGATTCGCCTTAATGGCAAGGGGAAGAAGATCCGCAAACCGCGAACCATTTACTCCAGTGTTCAGCTCCAGGCTCTGCACCAGCGCTTCCAGCAGACCCAGTACCTCGCGCTGCCCGAACGTGCAGATCTGGCCGCCAAACTGGGACTGACGCAAACACAG
Seq A exon
GTAAATATCCATCATATTCTCTTCTGTTTGTGACAATGCAACTCGTTGTTCGTGAGGCCTAGCACTTAGTTAATATGGCAGGACGAGTGGTAGTTTTTATATCGAGGAGTGCAGATGTGAAACAAGATTGTGAGTTATATTATGTGTACAGTTTCATCTGTTGATGAACCTCATTAATGTGACGTCGGTTTTATGGCATTTGTTATATGTTCGTGGACAGCTGGAAGAAGCTGGAATTTTGACATAGAAATGTGCATTTTAGATTTTTATGTACGCAAAAACGATGTAAACACGCAGGTCTCATTAAAAATGTTGGGAATTGGTCGTTTTAAAAAACAAAATATCAAAATAAGTCGCATTTAAAGAAATATAGCAGAACGCTGAAACTTAGCCAGCTAGCAAAACATATGTAGGAACGTTTTCATTAAATTATGATAATTATATTTCAAAGCGTTTTTTGATGCAATTAAGAAGCTAGCATTCAGCTTTATAATTTTATTAATACTAGGCAGTGCTACTTTAAGATGTTCTCTGAATATTCTACAACATATATTTTGGGAAATCAAACGAACATCAAACTAAAACGTTTCTAGAAAGTTCCATGAAGAGACATATAGCCCAATATTGGCGTCTGCATTAAATTTACCTAAACGATTTATAAATCCATAAAAGGCATTTCAGATACAAGTCAAGTGTAACAAATATAATTTTTTTTTCTCAAATCATGGATAGAATGATTTTAGAAGATAGAATCTTCTCAATCGAATAAACATATGTTCATGTAAATATGAAACAACATGTTTATCCTTATACAAAATAGTAGATTAAATTATCCTAATGCTTTATTTTATTTAAAATAATTGACTTTTTTACTGACATAGTAAGCCATAGTTGTTTAAAGTATAGTAACAAAGATGGATAAAGTGTTAAGATTATTAAAATTGCAAGTGTTTGGGCAATGTTCCTTAAAAAAAAGTTTGGGGTCAGTATGATTTTAAAATTTTTTAAGGCTGCATTTATTTAATCAAAAATACAGTACAGATTGTAAAATTGTGAAATGTTATTGCACTATAAAATTGAGACTGAACTGTTTTGAACTGTTCAAAAGTAGTTTATAATTTAATTTAATAATGTATTCCAGTGATTGTAAAAATGTACTTTCAGCTTCATTACTCCAGTCTTCAGAGTCACATGATCTTTCAAAAATTACTCTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATGGTAATAGTAAAAAAAAAGCAATAACGACTGGAGTAATAATTTCATTGGAAACTACATAGAATAAGAAAGCAAAATGTATTTATTAAAATGTATTATTTAATAAATATTTAACAATTTAACAATTTTTTTACATTTAATAATGCCCCCTCAATAAACAGTATGTATATATATTTTTTTAATAACATGAAAAAGAAACTGACCTCAAACTTTAGACCGTAAGTGTACATGACAGTCGTTCCTTTTTTGTCAGATAGAAATTGTAAATAGATAAGCTGTATTACACTTCTCTTGCTTTGAATCTTGAAAGCCCTTTTAGTCTTGACCCATAAATAATAGCTTGAGAAAATTATGAAAGATTATTGTACAGGAAATTCTTCAATACACCCTTCCAGTTCCCTGTTGATAGCTTTTATTAACACAACAGTATTCATGAATTTTTAGCAGGCTCAAATGCACACCAAAAAAAAATGTTCAAGGCCACTGCAAATCTCTATGAAAGTAATTATACTGAGGTGAGGCTTTAGCTAGGTATCACACTGGATGAACGCTCAATGACTCAGTCATTACTGGTTTCTGAGCATTTATGTACTTTGTGTCATGTAGGCTGATTTGTTTCTGAATTGTTCAAGCTAAGTGAGGATTTCACTTAATCCAACCTTTACTTTCATTTTTACGTTAGCCCACTAGCTTTTGTGTTCTTAGTCTTTACAGTATGAGACAGTTTTCTTTTTCCCTAATGCTTATGGAGTTATCCCAAGTATTATTTATTCTTGATTGCTTAATCCTCGTGCTTAATAACACGTATCCAAGTGCTCGCTCATGATGGATTTAACAAAATATGGGTGTTTCTGGGCCAGTGGATAAGACAAATGAGTCTGTGCAGGGTTGTTTATATTTTAGCTATACTATCCTCCAATTTTTTTATTTTTTTATTATTATTATTATTATTTTTTGATGTGCTCAGCATCTTTCCTATGCATTCCAGTTAGGAAAACAAATAGATTAATAAGTCACCTATGCTTGTTTTGTTGATGTCACACCCATTAATGAGTTCCTGTAGGGTGGTGTTATGGACATTGATTTATTTTTATAAATCCTTCCTGCTGACACGCACACACTGTATTGGATGGTAAAATATCAAGGCATGCATCAAACTTGTGTGCGTCTGGAGAAAAACGTAAGCCTGGGTGCAGCCATATCGCCCATGGCATACATAGCGTAAGCCTGTTTTACATTCACAGTTTCTTTCCCGCCCTCTTTTTATATGCGTTAAACACTTGCCGCCCTTAGTGTGACAGGTTGCTCCTCAATTTTGGCCATGGAGAATGAGTTCAGTCTGTCCTGCCCCTTTAAGAGGTTTCCTGTCTCATTACGCCTCAAAGCGCATCAAAGTGTTCCTGTCAGCAGTCGAAAAAACTCCTCCACGTTTGCAGTTCAGATGGAAATTGCATTGCTTAGAATTAAAACTGATACAAGCGAAAATCCATTGTTTCAAATGGTTGCCAGTTTCCATTTGATCCATAAACGTGATTGAAGGCACATAAACAAGTGCCACACAGCGTATGCGTTTGGCTTTTCCAAGTCCCTCCTCACACATATAATAACATCGGTCTGGAATCCATCACCTCACCATAAAAGCTGTTTGGCAAACCCAATTCTTTTGGAAAGAAAAAAAGAAAATCTTTTTTTACGTGTGTTTATTAAATCTGTTGACAGCCAAACTAATAGCATTGTGTAAAAGGCAAGGCCGCTGCATAGATTTTGATAGTCTGAGGTTATGGAAACTGCATTAGGTGGGCTCTCTTGACTGCTGCTTTTGTGTGTGTAGGCTGGATTCTTATAAAGGCACAGCTTTTGTGTCTTTAAGGTGTTTCTAAATTGAGTGCAGATTGTGGGACTGCGTAATTATGGACACGTCTGAAGCATTTGTGTATTTACCATGGAATAAATACATTTGAAATGTCAAAACAGACATCAGATAGACTTTCAGACCATTAAATTGGGCATTGTGTCATTAATCCAGGATTAATTTGCCTGCATTTCAGGAACAAAAAGTCAGTTTTATAATATTGGCAATGGCATGAAAAGTGCATAAAATTATATATTAATCAGGCGGGTGATATACAGTATATATGGGAAAGATGGAAGGAACTTTAATTTACATTATTAACATTACTTACTTACATTGACATTACAAGCTAATTCACATTAATCACTATTTTTTGTACATAGAAAGTATGTTAAATACAGGTGAAGTGATATTCTGAAGTGCATATATTAAAATATGTAACCCTAAGGGTGAATTTTTGAAACTGAGATTTATACATCATCTGAAAGCTGAAGAAATAAGGATTGTTTGTCAGATGGGGCAATATTTCAAAATCTAGAGTTTTGGCATTTTAAAAAATCAAGATATTGAGAAAATCATCTTTAAATTGGTCCAAATCAGGGGTGCACAAACTGTTTTTGTAAGAAGGGCCAAAAACCAAATAGTTTCGAGAGCCATGGCCCGAAGGTAAATATACCAAACTATATTTAATTAAAGTTGCCATGGGTCATTTCCTGATTTATTTAGTAATCTTTCGAAATTAATAGAAAAAAATACTTAAAATCATATTAGCTAATGCAGCATAACTTTTTTAAAATGATAACTTATTACAATAAAAACATAAACAATCACATTTATAACACAGTGGAGTTCAATGCTGAGTACACCAGTCAAGCAGAATCTGCCTTTGACTTTATTTGCTCCTCGAAGTCTCTGCATTGCCTGGTGACAGGACGTACGTTTAAACCAAATCTGATTCATTTATACAATTTAATTAAAACAATTAATTTCAGTTTGCTTTTAACGATAAAACAAACAAAGGGTTGCATTAATTTTGAACTGACAATGCCAAAAGGATTCCTATCATTCTCCTTCTCTTCTCAGATGAGATGGTGGGCCAAACCAAAGGTTGCCATGCATGGGCCAACTTTGGCCCGCAGGCCCTAGTTTGGGCATCTCTAATCTAAATAAACTAATAAAAAAATAATTCTCAGCATATTTACTGCTGTATACTAATCAATTGTCTTCATGGAACATGATCTTTACTTAATATTCTAATGATTTTCGACATAAATTAAAAATGTTGACTCTTACAATGTATTTTAGGCTGTTCCCACAAAGTATACCTATGAAAATTTAGATTTTGTGGTGCAGGGTCATATATATATGCTAACTACATGACCATGCTAAATTTTAGTATATTTTGAATGATCAAAAAACATATAGCTAACAAATAGATCAAACTAAATATAGGTCTGTCATGATATCTATATTTTGTTGTTGGATATATTGCACCAACATATATTGCGATAAACGATATTATTGTTGTTGTAATTTATACCACCTATTATATAATGCCAGAATGACAATATAATAGCATCATAATGCAAGTGCACTCTTCCAAAGAACACATCATATTTCATTCTGAAGAATATTTATTATTTAATTGTAGTGATTTTAACAATTTAATAATTAGGCATTGGAATCAGAAAGTAAAAACGCATATCCTTAATAAATAATCATAAATGTTAACAAAAAAGTGCAAGGTAACAAGTAACAGAGACTATTATATCTGCTACCAGATCTATTTTCAGTTGTCAGACCCACATGAAAATATACTATAGTAATTTATAGAAAATGCTATAGTGTTTTTTAACCATACTGGCACTGACACCTCC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Seq C2 exon
GTGAAAATTTGGTTTCAAAACAAGCGCTCCAAATATAAGAAGATAATGAAGCATGGGTCGAGTGGACCTGAAGGAGAACTGCTTCACACATCCTCCTCGTCGCCATGTTCTCCAGGTTTGTCTCAGCTCTGGGAGGTTTCAATGGCCAACAAAGTGCCACCGATGCATCCCAGCAGTTATATGAACAATTACGGCCACTGGTATCCTCCACACCACCAGGATCCCGTGCCCAGACCTCAGATGATGTGATTGAATTCGGAAAAAATCAGAGCCAGAGAGACTCCATTCCGTGTCGACACCTGCCGTGAAGGTGCTTTCCTTTACAATGTTCTTGACTTGTGTTTTTATTGCTAAGTGTGTTTGAAAAGACTGTGTTTACTCTCTATGCAAGCAGGTGCTCCCGAACTCCCATATTACACTTCAGTAGCTTTTCAACCTTTTCCAGATCTTTTACAATGTGCTTGAAATAAAGGATTTATGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000071560:ENSDART00000105887:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.385 A=NA C2=0.524
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004624=Homeobox=PU(73.7=64.6)
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=PD(22.8=15.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]