DreINT0058304 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062630 | dnah9l
Description
dynein, axonemal, heavy polypeptide 9 like [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050506-1]
Coordinates
chr6:10424118-10427087:-
Coord C1 exon
chr6:10426962-10427087
Coord A exon
chr6:10424226-10426961
Coord C2 exon
chr6:10424118-10424225
Length
2736 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGT
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
TTTGTGTGTTTGGTCTTAAGGTG
3' ss Score
8.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGAGTGTTGGCTGAATGCTCTGGAGAAGGCCATGTGCTCTACTGTTCGGCAGGAGATCTCTGAAGCTGTGGCCGCATATGAAGACAAGCCAAGAGATCAGTGGCTGTTTGACTACCCAGCACAG
Seq A exon
GTGTGTGAGCATGAGTTTGACTTCATATATGGGCCATTCTTCAACCACAGGCACTTTTAGCTCTGTGAAGTTAAGTAAAAAAACCTTGTTTAAAATACAACATAGCCTCATAAGTTTATACAATTTGTCTAGTTTTAAGATCTGTAAGAGGACAAACTTAGATAAGAAGAGAAACATTGTTTCTATCGTGAACTAAACAAATGTCAATTCCACCACATCTCAATGTACAGCTTACTTCAAAATGAAATAAATGATAGCAGTCAAACATTGTCTAAGATCATTTTTGTATCTAGTTTAACCAGTCTTTCCACAATATATATAATAATTATATATTTGTCAATGAAATAAATTAGTCCCTTAGGACCAAATGCTGAATTGTACACCTGACACACTCTAAAATTCATATTAGTTTGGTTTAGAGCTTATTAGAAAATAAATAAACTGAATTTGTGAATCAAATAGAGCATGAACTTATACATTGTAAAAACATTTTTAATGTGTGATGAGAACTTTTGAAATATTTTAAAAATGTGTGAGGTGATGGAAATGACAGTGGTGGAAATCACATTTCAACAGTTTATTGTGAAAAAATGAAAAATAGCTTCACTGAGTAGCTTTGAATTGATACTAGCTGTTCATGTATACAAAACACTCTTATTTACCCTCATTTTGTTTGGTTTTTAAAACATCTTTGATGGTTCAACATGTTTGGAAATGACTTAGAATAAATGTATTTCCGTATCAAGCAATATTTACCTTGATTTTCCTTCAAGTGTTGTTGATAAAAATTTTAATTCCCTCCATCTTGAACATGTTCTCAGATGGCACTATTCATTTTCATAGAAACCACCTAAATAATCTTTCACACAAACTTTTTAAAGCGACATTACAGTGTTGTGGTGGAAATGACTCTTTGCGACAGCTATATTTTGTATAAAAAGTAATATTGCTAATAGTCTCACATTAATAACTATAACATATTTAAATTATTTCACTAGTGCTTGATTAAGATATATTAATAAAAGTTAGATAAATAATATTTTAACATGTTAGTTTCATTGTTGAAGTTTAAAATTCTGGATGTGCGACAAGATGAAAACAGTGATTTCGACACTAAAATTGACACATTGAAGAATATGAAAAATATATAATAGAAAGATAGTATTTTTTAAAGTAGATTTTATTGTTAGTTTGACAAAGAAAGATGAATTTGAACAAAATTATATATTTTTGGATATATGATCTAAGGACAAAAGTGCCCATAGTTGAAGAATTACCCATATATAGAGAGTTTTTACTAATATGCTATGAGGTACAGTTATATTGTTTTTTAATTTCAGAGTTTTAGGAGTGTTATTCAACACCAGTTTTATATTGAAATAAATATAATTGTAAACATGATACTAAAATACTATATTTTAGCATGAAACTCTCAGTTTCCCCAGTGTTCCAAGCTGATTATTAATGAACTGATTATTTAAGTGTACAAAAACATGCATTAGATTTAGTTCTGTTCCAAATAAATACAACATAAGCATTTTCTTTTAAGCAAATCAAAAACACGTGTGGATAAATTTATTTGTTAAAAAATAAACATAAAAAATATTAATAAAGTAATAAATGAACGTGACACACTTTAACTATGAGGTGAAGAATGAAAAAAGAAAAGTAAATGTAGTGTAGTGTAATAAAAACATAAAAAAAACTGTAAGAATACCACTAAATTTATTTGACATTTGTTCTTTTTAAGAAGTGCTCCACTGAGGAGAGTAAATAAAAATAATAGTTGATCTTAAAAAAAAAAAATTAAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAAAAGTTTTCTTATTTTTTAAGTAACGTTCCATAAAAGTTGTGTAAATTTTGGTTTGCCACAGAAGAATGAAGCCACCATGTCGCCCATATGTTAAAACACAATTTTATTAAAATAATGTGTCTGGAACATTTTTTTAAGGCTGATAGAGAAACATTCTAAGAACAAAGTTCTTGGAACTTCTTTAGGATGTTAGTTGTTATTTATCAATGTTTTCATAATGTTGATATAAAAACATTCTTAGAACATTGTGCTAATGTTCAATATATTAATTAACAATGTATTAATTTAATATATAATGTTAATACAACGTCTGAACAAACTAAAAGTTTTGAACATTTGAAGAACATAAAAATAACGTAATTGGAATAAGGAATTTACTTTCAAACCTAAAATTGTTAGCTGGGAAGCTATTGATATCTATAGCAGAATAAAATAATATGGATGTCAGTGGCTACTGGTTACAGGTTCCAATATTTTTCAAAATATCTTAAGCGTTCAGCAGAAAAAAGAAACTCATACAGGTTTTAGAACCCGTGAAGGGTAAAGTGGAGTAAATGATGTCAGAATTTTCAGTTTTGCACAAACTATCACTTTAAGTCTTGCATTTCTTTTTCGAAACCACTAAAGGAACCTTTAATGGAACCATAAAACCATAGTCATTACAAATATTTTTCTGATTATTAAAAACTTTTTTCTGATTAAATGAAAACACCCATATAAAGAAGAGTTTTTAAAATCACTAATTTAAAAGTTGAATAAATAAAAAACAATTAAACTATAGACTCATTTCAGATTAATTTGTGTGTTTGGTCTTAAG
Seq C2 exon
GTGGCGTTGACTGGAAGCCAAATATGGTGGGCGACAGATGTGGGCATTGCTTTTGAGAGGGTGGAGGAAGGTTTTGAGACTGCCCTGAAAGACTACAACCGAAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062630:ENSDART00000150908:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083938=DHC_N2=PD(6.5=64.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]