DreINT0058794 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000009281 | dnm1b
Description
dynamin 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-100920-3]
Coordinates
chr5:63046853-63049071:+
Coord C1 exon
chr5:63046853-63047094
Coord A exon
chr5:63047095-63048873
Coord C2 exon
chr5:63048874-63049071
Length
1779 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTT
5' ss Score
8.17
3' ss Seq
TCATTTTGTTTTGTCATCAGATC
3' ss Score
8.7
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTAAGGACTTCATCCATGCTGAGCTGCTAGCTAACCTGTACTCATGTGGAGACCAGAACACTCTGATGGAGGAGTCTGCAGAGCAGGCTCAGCACAGGGAGGAGATGCTGCGCATGTACCACGCTCTAAAAGAGGCCCTGAACATCATCGGGGACATCAGCACCAGCACCGTCTCCACTGCCATGCCTCCACCGGTCGATGACTCCTGGCTGCAGGTACAAGGAGGACCTTCAGGGCGCAG
Seq A exon
GTACTTTTTTTTAACATCTTTGTTTTTTATGTCGATTATATGTACTCACTAATATATTTAAGTTGTACAGGCTTGTATTTTACCATGCAAAGGCAAAAGACAGTGGAGCTCTATCATACACCCAGGGCAATGCGGTGACAGGCATGACACGAGTGTTTTTTGCTAGTTTCAGCCTGGGCAAGTATGCATTTGCACCCATTTGTGCTGGTATAAAAAACAAGGTGTGTTAAAGTGCATTGTTGGTGCCTTGCTGTTGTGAGGCAACTGAAATAAAACACACTAATGTCCAACTAAATGCTGGTCTAAAGTCAATTTGTTTTTAAGAGCAAATTAGTGATATGCATCCATGTAAATCCAAAAAGCTTATATATATATACACACATACATATAAAAAAAAATATATATATATTTATATATGAATATATATATAAATGTTGCTTTTTACACACACGGATGCCCAGCAGCACAAAATATCTTTAAATATGAAATAATAAAGCATTAAAAATGTTTTTTAATTGATTATTAAATGATTATTGTCAATATATAAAGTCATGGGAATGCCATGCTATAGTTCAGTTTTTTTAACTCCACTTTGTTTTTTTTGTTCATTTATTAGTTTTTCTGGAAATGAAAACTAAATTTAGAAATAGTTCATAGGGCCTAACAAATGACATTATGAGACGAATTATGGAATGGATGTATCTTGAGTGGATGGATGCATAGATACTGTATGTAAATTTGGTGGATGGTTTAGCTTAATAGATAAATGGATGGATGTATAGATAATTTTAATAGACGGATGGATGGATAGTTTGAATTTATGGATGGATGGATATATAAATGGGTAAATGATTTGGCTCCAAATATGAATGGATGAATGGATTAATAGTTTGGATATTTTGAATTAATGGATATATATGTAAATGGGTGGATGGTATGGGTCAAAAGATAAAAGAATGGATGGGTGGATGGATGGATGGCTGGATGGTTTGGTTTAATAGATAAATGGATGGATGGATAATTTTAATAGATGGATGGATGGATGGTTTGAATTTAGGGATGGATGGATGGATGGAAGCATGGATAGTTTGGATGGATAGTTTTGATTGACAGATGGATGGTGGATAGATGGATTGATGGACAGTATGGATGGATAGTTTGAATTTATGGATGGATGGATATGTAAATGGGTGGATGATTTGGCTCGAAATATGAATGGATGAGTGGAATAATAGTTTGGATAGTTTGAATTAATGGATAGATATGTAAATGGGTGGATGGTATGGGTCAAAAGATTAATGAATGAATGGGTGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATATGTAAATGGCTGGATGGTTTGGTTCTATAGATAAATGGATGGATGGATGGATAATTTTAATAGACGGATGGATGGATAATTTGAATTTAGGGATGAATGCCCCAGCAATGAAGCACATAAACACATAGACATAGACATAACATTGCAACAGGGGATGTGGATATATTCTGATGAAGGCGGCAGCCATCTGGTTCTGCAGCCAGGTGGCGCTGGTCACAGACCCACCTTCCCACTGTAGTGTATGAAAGAAATTACACAATGGATGGATGGATGGATGGATAGATAGATAGATAGACAGACAGAAAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGAAAGACAGACAGACAGACAGACAGTTTGTCAACATAACAATCATTTTGTTTTGTCATCAG
Seq C2 exon
ATCTCCAATGTCTAGCCCCACTCCTCAACGCCGGGCCCCACCGGGACCCCCTCGTCCAGGTGGACGCACTGCTCCAGGACCCCCTACTATTGGTGCTCCTCCTGTGCCATCCAGACCCGGAGCCTCTCCAGACCCCTTCGGTGCCCCTCCACCACAGGTCCCCTCTCGTCCCAACCGTGCACCACCCGGTGTCCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000009281:ENSDART00000134261:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.645 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0221213=GED=PD(56.5=64.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ACTTCATCCATGCTGAGCTGC
R:
GCACAGGAGGAGCACCAATAG
Band lengths:
342-2121
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]