DreINT0065068 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000070839 | evi5b
Description
ecotropic viral integration site 5b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041111-244]
Coordinates
chr6:29055980-29071821:-
Coord C1 exon
chr6:29071595-29071821
Coord A exon
chr6:29056170-29071594
Coord C2 exon
chr6:29055980-29056169
Length
15425 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACGA
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TATGATTTTTTTATATCCAGGTT
3' ss Score
8.4
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGTTGGAGACGGACAGTAAATCTTTACGCTCTGTGAATGGATCTCGAAGGAACAGTGGCTCTTCACTGGTGTCTAGTTCATCCGCCTCCTCCAACTTGTCGCATTTGGAGGAGGATTCGTGGATCCTGTGGGGACGCATTGTCAACGAGTGGGAAGATGTGCGGAAAAAGAAGGAAAAACAGCTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000070839:ENSDART00000124947:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.627 A=NA C2=0.344
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]