Special

HsaINT0058455 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3501]
Coordinates
chr1:92704555-92736627:-
Coord C1 exon
chr1:92736398-92736627
Coord A exon
chr1:92704745-92736397
Coord C2 exon
chr1:92704555-92704744
Length
31653 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
AGTTTTTAATTATATTTTAGATT
3' ss Score
7.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGCGACAGACAAAGTTGCAGAAAAGCTGAGCTCTACTCTCTCATGGGTGAAGAACACAGTATCGCATACAGTCAGTCAGATGGCCAGTCAGGTGGCAAGTCCATCTACTTCATTACATACCACATCCTCATCTACCACACTATCAACACCAGCCCTTTCACCATCTTCCCCATCACAGTTGAGTCCAGACGACTTAGAACTCCTGGCTAAACTGGAAGAACAGAATAG
Seq A exon
GTGAGTGAGGTTGCTTAGCTTTTTTCTCTCCAATTATACAAATCCAGCCATTCATATTTACTTACACTAGAATTTTTTTTTCTATTTTTTGGTTTCTTATTTATCAAAGTTATTTACAGAAGTGTTCATCTTTTTTGGGGGGAGATTGGTCTTAAAAGAGACTAACATTTTCTTCTGGCTCAAATAGCTTTAGAGATTTGTTTTCTTAATATAGCAAATTCCCTAAATCCTTCTTGAATTTTATCAATTTTTTAAAAAGTAAATGAAACTATAACTTTATAATTTTAAACTCTCTGAACAGTCTCCTTTGGTAAAAGCATAAAATAATTTAATCCAGTATAGATATCTGATTTGTGGTTTAGAGTGCAAAATCTTTTCATAAATTATTCATAGAAAGCAAAATATCCTTTTCTCCTAATGGTATTAAATAGAATAGTTTTCTGCTCTGCTAGGAATGCATATTCCGGACTCCGTTTGTTTCCTTACCATGTTATTGTCAGAGGCTCTTTAGGGCATCATCTCTTTTATATATTTATTTATATATATATAATATATATTATAATAGATTATATTATAATAATATATAATATACAAAATATATAATATACTTTATAATATGTTATATATAACATATATCATATTATATTTTAATATGATTATATTATATTATATTATATATAATATAATATTGTATATTTCAATCATATATATGTTATATATAATATATTTTGTTGAATTATATAATTATATATATATATGACATATATCATATATCATATAATTATATATAATACATAATATAATATATACATTATATACATATGGAAGAGCACCCTTTTGTGCTCAGTCAAGCTATATAATGCTACTGGCTTAAAATCATAACAAAAATAACTTTTAACAGGTTTTTTGATGTATTGTTGTAATCAACTATGCGTAAACTGTACAATTTGATACATTCTGACATATGTATACACCTGTGAAATTGTCGCCAAAATCAAGAAAATGAACATCTCCATTATCCCCGTCGCTGTCCCCAGGCAGCCACTGTAGTTTGCATTTTCTAGAATTTTGTAGAAATGGAATCATACAGTATGTAGTTTTTTTGGTATGGATTATTTCACTCAGCATAATTTTGAAAGTCATGTTATAGCACATATTGATAGTTGATTCCTTTTTATAGTATTCCATCATGTGGAAATAGCACAGTTTATTCACTCACCTGTTGCTATTAAATGCCATAAACATTTGTGTTTAAGCCTTTGCATGGATATATGCTTTCATTTCTCTTGGAATGGAATGACTGGATCATATGGTAGGTATATGTTTAACTGCCAAACTGTTTTTCAAAGGGCCTGTATTTTTGATATCCCGCCAGCAGTGTATGAAATTACCAGTTCTTCTACATCCTTGTCAACACTTGGTATGATCAGTCTTTTTAGTTTAAGCCATTTTATTAGGTATTAGTATCTCTGGTTTTAATTTGCATTTCTCTGTTGGTTTTGAGCATCTTTTTATGTGTTTATTTGTCATCTGTATATATTCTTTGATTTTTAAAAAAAAATTTGATTATTTGCTTTCTTATTACTATGTTTGGAGAGTTCTTTATATGTTTGGGGTAAAAGTCTTGTATCAAGCACATGACTTTCAAATTCTTCCCCCAGCTGGCAGCTTACCATTCTCTTAAAAGTGTCTTTCAAAAAGCAGAAGTTTTATCTTATTTTATTTATCTTTGAGCATTCCAAGTTTACTCCTTTAAGTAAATCTAAAGCCACTATACATGTCCATGACAATTAGAATAGAAAAGAGACAAAGGATAAATAGAAATATTTTCTGTTGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCGGAGATCATGCCACTGCACTGCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAGAAGAAAAAGAAATAGTTTCTGTTCTGCTTATAGTAGTATTTTCTGGGTGTCAATAGAAAACATCAGTCAAGAGCATTTATCTGAATTTGTTGGTAAAATGTAGTTACTTTCGGCAAGTGTTTTGCTTTGGTATTTATACACGGACCGTAATGAAGTTGAGCTATCCCATCTTTCTTCTCATTTGTAACACATTCATACAAACAAAAAAGATGAATCCTACTGGAAGTGGGTCTTTATCAGAAATATGCCCCAATGCAGTTAAGTGATACCAAGAAAATCATTCTCTCATCCTAGGCCTAACATTCTTCATGCAAAAATTAGGAGATTGAATGAATATGATCTGTAAGTTCCTACAATTAATGTATATACATCAATTTATACATCATGATGTAGGTAGACAGCGAGGCTATACTTTCCGGCCCCCATGATGCTAGGCGTGGCCATATAACTTGCTTAAAGCAAATATGGTACATGTGTCTTGTAAGAGAAAACTGAAGTTTCTTTCATCTCTTGCTTCCTCTGCCAAAAGAATGACAGTGTCCCAAAAGGGACTTTGCTTCACTTTTGATCCTGGAGTGAAGATGACTTGGAGCAGTGCTACAGCCAGTCAACAGCTGACAGTACTCAACAGGAAACGCACCTTTGTTGTTGTTAACTGCAGCATAACCTAATGAAAGCTAATTAATTATAATAATTTGCAAATAATTGAGGATCAGCACATAGTTAAAACACAAACACTCAAATTTAATAGAAAGCTGATAATGTAGACCGGGTGCTGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGTACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCGGATTGCCCAGTCTCAGGAGTTCGAGACCACCTTGGGCAACATGGTGAAACCTCATCTTTACTAAAATTAAAAAAAAAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCGCGTGCCTGTAGTTCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAAATTGCTTGAGCGTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTTAGCTGAGATCATGCCACTGCATTCCAGCTTGGGCTATGGAGTAAGAGTCCGTCTCATTTAAAAAAAAAAAAAAGATGATAATGTAAAATACGACATCAGTGGAAATAAGTTAAAAAGCAACTTTTAAGAATTAAAAAAAGAAATTGTAGTAAAAGAAATTGACTTAACCATGTATGTAGAATTTTCCTTGTGATTTCTGGCCCGAATCCTTGAATGACTATTCCAAGTAAGATTCAACATTTTTACAAAATTATCATTCATCATTAAGATACTCCAAGATTTTATTTCCACCATTTTATAAAGGACAATCCAATTTAGCAATCCAGGTTTCCAAAGTAAGTTCTAAGGATAAGGCTTCTCCTGAAGTAATGTGACACAACCTTAATTTCTTAGCTGTTAATTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTAAATAAAATGGAGACGAGGTCTCACTGTATTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGTCTCAAGTGATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAACATGTCAGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGGCCTGTTAGTGTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACATGTCTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCTGCTCACTGCAATGTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTTCTCCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAGGATTACAGGTGCCCGCCACCACGCCCAGCTAATATTTTGTATTTTTAGTAGTGACGGTGTTTCTCTATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTTGTGATCCGCCCTCCTCAGCCTCCCAAAGTGCCAGGATTACAGACGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTATTGTCAAAGCTTTAAGACTGGCCAGAGAAGTGGCAAAGTTTGTGACCTTTCTGATGCTTCATCCATGGAAAAGAACATTGGTTTGCCCTTCTCTTTGCTCCCCTTAGGTAAGAAAACTTGAAAGCAAATAGTTTCTCCCTGTGGCAGTGATATATCTCCATCAGCATATATCCTCAATTTCAATGCAATTCCTTTGCAGCTGTTTCACTATTTTTTGTCACCTTTCCCTTCTTTGCTTGCTGTCTCTCCTGTTTTGGAATCAATGTCTTTAACAAGTTACTGAGTGGCAGTCATGTAAGGCTTTGGGATTTCCAGTTTTTCACACTTGTGATCTGACTGATGATGGTGTCTCAGGCAAAAATTATTCTCACAGTAAGGACGTATAACTGCCACAAGTTTTTCAACACGGTCCTTGAATGAGCATGGGTAAAATTTATGTTTATGTCTTCAGTCTCTCATTGATTACAGTCATCTCAGGACAACCATGAGACTGCCGCCAGCTTTTGTATTCAAGGCAAAATATTCCTGAGTATCACACACAAATGAAAGAAAATCTGGCAGTGCTGCCCAGTGTTCAACTGTGCCATCTCTCTCGTGCCACTAAAGAACAGAAATTTTAAATTTTGATTAAGTTACAATTTCAAATTGTTCTTTTATGGATTGTGCTTTCGGTGATCCAAGATTATACCGTTTCTCTCCTATTTTTTTCCTGAACGTTTTATAGTTTTAAGTTTGACATTTAGCTCTGTGATACATTTGGAGTTCATTTTTTGAATATGGACATCTAATTATTCCTGTACCATTTATTGAAATGGCTGTTCTTTCTTTACTTAATTACTTTTGCATTTTTGTCAGATATCAGTTGTCTGTATGTGTATGAGTCTATTTCTGGGCTCTATTCTGTTCTGTTGGTCTACATGTCTATCTTAATACTAGCACTATACTGCCTTGATTATTGTAGGCTTATACTGAGTCTTGAAATCAGATAGTGTTAGGCCTCCACTGTTGTTCTTTTTTTGGCCTATTTTTGGTCCTTGGCATCCCCAAATGAATTTTACAATCAAGTTGTTAATTTCTACAAAAACGCCTGCTGAAATTTTGGTTGGGATTGCATTAAATCTCTAACAATATTGCCTTCCTCCCCATGAACACAATGTATTTCTCAATTATTATTTGTCAATGGTATTGTTTTTGTAAACTTCATTTTTAATTTTTCATT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Seq C2 exon
ATTGTTAGAAACGGATAGTAAGTCTTTAAGATCTGTAAATGGGTCAAGAAGAAACAGTGGCTCTTCTCTTGTGTCGAGTTCATCAGCCTCTAGCAACCTCAGTCACCTTGAAGAAGATTCTTGGATTCTTTGGGGAAGAATTGTTAATGAATGGGAAGATGTACGCAAAAAGAAGGAAAAGCAAGTTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000067208:ENST00000370331:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.625 A=NA C2=0.389
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development