Special

MmuINT0059531 @ mm9

Intron Retention

Gene
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:104736]
Coordinates
chr5:108250724-108271319:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
20176 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTAATAGAGACAGACAGTAAGTCTTTAAGATCAGTGAATGGGTCAAGAAGAAACAGTGGTTCCTCTCTTGTATCAAGTTCATCAGCCTCCAGCAACCTCAGCCACCTGGAGGAAGACTCTTGGATTCTCTGGGGAAGAATTGTGAATGAATGGGATGATGTACGCAAGAAGAAAGAAAAGCAAGTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000011831-Evi5:NM_007964:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

No protein impact description available

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.759 A=NA C2=0.421
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF139861=DUF4224=PU(34.8=12.5)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]