HsaINT0058455 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000067208 | EVI5
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:3501]
Coordinates
chr1:93170112-93202184:-
Coord C1 exon
chr1:93201955-93202184
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr1:93170112-93170301
Length
31653 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTGTTAGAAACGGATAGTAAGTCTTTAAGATCTGTAAATGGGTCAAGAAGAAACAGTGGCTCTTCTCTTGTGTCGAGTTCATCAGCCTCTAGCAACCTCAGTCACCTTGAAGAAGATTCTTGGATTCTTTGGGGAAGAATTGTTAATGAATGGGAAGATGTACGCAAAAAGAAGGAAAAGCAAGTTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000067208-EVI5:NM_005665:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.654 A=NA C2=0.395
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF102394=DUF2465=FE(76.8=100),PF065348=RGM_C=PU(61.5=72.7)
A:
NA
C2:
PF065348=RGM_C=PD(1.1=33.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)