DreINT0068517 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063682 | fhod3a
Description
formin homology 2 domain containing 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-633]
Coordinates
chr19:764953-769179:+
Coord C1 exon
chr19:764953-765111
Coord A exon
chr19:765112-766253
Coord C2 exon
chr19:766254-769179
Length
1142 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CACGTCAGT
5' ss Score
5.37
3' ss Seq
TGCTGTTCTCCATGTCTCAGTGA
3' ss Score
6.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCGCAGTGCGTGGGCTCCAGTGAATGAAGAGTCTCAGATAAACACCGAGGACGCAGCGGATGAGATCATGGAGAGAATCGTACGATCAGCCACTCAGAGTCCCCGAGAGCGAGCGCAGCCGCGAGAACGACGACGCTCACGCGCAAACAGAAAATCAC
Seq A exon
GTCAGTAAAATCACACACACTAACCTACATCAGCAGATCAACACAGAACAATTCAACAGCTTACTGAAACAGCGCTGTGTGTCATACATGATCCCTCAGGCTTTTATCTAGAATAATCATCGAGATCTCTGAGCTCCACCAGTGAGGAACAGAGAGCGTAAAGGTTCTGGAAAGAGCCCTAAGCTAAGAGGAAAATAAAAAATGACCCTAAAGTCCTTAATCTGCGTATTCAGAGCAGTTTGACAAATAGCCAACAGAGTCGAAACCGTCAATAATAGGTTAAAAAGGAAGATATTAAACAATAGGAAAAATGATGGACATTTATACAGAGATTAATACAAAAATAAAACTCTGAATCTCAAGATTAAAGTGTTCAAGAATTAACATTTTAGGAAAAACAACTTCAAGAGTTCACCCTTAGCTGATGATTGATTATGAAGCGTGTTTGGCATGCTTTCCCGGGAGAGAGACCTGAGCTCATAAGATCCTCAAGCCCGGGGTTCCCTCCTGTTTGCAGGTCAAAAGGGGAGTTTGAGCTCAGGTAGATGTGGAGAACTCCCCTGCTGTAGTAGCTAATGAACAGATAGTGATCGCTCTTAACAGATAACTACTGACTAGCAGCATGTCTATGGTGCTGGATTAGTCAATTAACCTAAGCTGCATGTTTTTTGACGGTGGGAGGAAACCGGGGAACCCGGGGGAAACACATGTGAGCACGGGAAGACGTGTAAACTCGCACAGAAACATCGGCTGGCTTGGTAAGGACTAGAACCAGTGACGTTCCTGCTGTGAGGCAACAGTGCTAACCACTGGGCCACCGTGCCACCCATCTAGGAAAGGATGAGGAGTAGGGGTGGAGGGGGGGATTCTTCAAAATGAAGATGGCTGTGGTCTGATTGGTGAATGATAAATTGGGTAATGAATGACCAGCTGTGTTCAATCATAAGCACGTGATCCTCTTAATATTAGTTTATGAATAGACTTCACTTAATAAAATGGTAAAAATAATTATTTTATTCTTAAGATGCAGGTTTTTTGAGAACTTTTTTCCAATATAAATGTCAAGATTGTCCTAATCAATGAGCAGTGAGTTTAGTGACTGCAGCTGAATCTCCACTGTTTTGCTGTTCTCCATGTCTCAG
Seq C2 exon
TGAGGAGGACTCTGAAAGGCGGCTTGACCCCAGAAGAAGCACAAGCTCTGGGATTCGACACGTCAGACATGCCGGTGTAACAGGACGTCCCGACTGAACACACACTGATGCATTTGCCTTCAGCAGAACCGATCTCAGGACGCCCAGAACCCACACACAGTCAAACTACAGTGTGTTTAAAGCTGCAGAAAATCCGCTCATGGGTCATTTATAGAGCAAAGCTCCGCCTCCAGAATGTGTGTTCCATTCTAAGCCACACCCACTCATTGCATCACACCTCAGCAGCCAATCCCAGGCCTTCTCTGCAGTGTGATTTGTTCAATGAAATGTTTTGAATCTCTAAGTCAGGGTTTGGCCCTTCATTCATTATGAAATGATGAATTATTGAAACGTGGCTTCACTAGAATCACTTTATTAAGTCAGTCAGATTTAAATGGATTATTTATTGTAAAATGTTCAAGAGAACTTTATAAGAGCACTAAAGAGGGTTTATTTTTGAGGTTCCAGAACTGAGAAACAGCTTTTAAATGCCGACTGTGATGTTTCTATCAGTTTTAATGACGAGGGTCTGTGAGTTTTGACCCATTTCATGACGAAAGGCAAGTAAATAAATGCTTTAAAAGCTTGTTCACACACAAAACAATCAAGCAATTCTGACTATCTCATAATTCTAAGTTTATATCTTTTAATTCTGAGTTTATTTCCCTCAGAACTGTGAGATAAATATTCATAATTAGCCCTTTAATTAAAGTCCAGAACTGGAAGTTGCTGCGGACTTTAATTTCAGTGTTTACAACTGAATATTGAGCAGAGGGCGGGGTTTATTTTTGAACTCCGCCTCTTATCTTTCACTTCCAGCAAGCTAATGGTTGGAGGGGGCGTGGCTTAGCATAATTCGCCCAATCAGAGTCATCAAAGAAGGACTGCTGTTCCAGAGCATCACCAAAACAAAGGTTTCTCATTCAGAAGATGATATGACACAGATTATTGTTCACCTAATATTGATTAATAATGTGCGCTACTAAAATCAACACTGTACATTTGGATTTAATGCAGACTTTAGGCTGTTTGAGTGTGTTATAGTGGCTTTTAATGTGCCTTTGACACAGAAGGAACTATGAAAACAAAGAGACTGACTGTAGCTCACTCATGTTCTGTATGCTCTTACTCTTCAGTCAGTGTCCAGCATGTTCGGGGAGTTTGGTGTTGGTTCATGAAACCATGTGGTGTTGCACCTTATAATGATATAGGATTTATATGACTAAAGATTGAGATCTACATCAGATGCATTCTCCCAGCTAACAAGGTGTACCAGATTTTTTTTTTAACGAGATGTAAAATAGTATTAGTGTTCTCCAGCTCTCTGAAACTGACCCTTTCAGGCTTTGATCCAAACTGTGCTATTTTGGTTACAATCACTTTAAATTCAAATGAGATTGTGCTCTTTTCAGAAGAGGGCGGAGCTACAGATGCCTGTGTGTCTGCATAGTGGCTGATTCAAAACAGGTTCTCAGTGCTGGTCAGGTCACATCTGTAATCCTCTTAGTCTATGCTGACATCATCTTCAGCAGCTCAAACACTCTGATGGCTAATGGACAGACGGCTGCTTCTCACTCAGGGCTGCTGGAGATGCTAATGAGGAAAAGATGGGTAATAGTGGGCGGGGCTTTCCCCCTTTGATGACACGCACAAAGAGAGAATGTCAATCACAGTGTTTCTGCATCAAGTCTGATTAGAACAAACACAATTCATTCATGTTGAGCATTAGAGGCTGCTGGAGATACTCACACACTGCTGACACACACACTGGGGTTAAACTATGAATAAAAGTCATTTCTGCATAACAGCTCACCTTTAATTGTAAAGAGTGACCTTAATAACATTATTATAACTAAAAATCAACATCAATACATTGTCTAACAAGATGTACACAAAAACATGTTAACGCTTATGTGAATGTTTGCGAAATGTTTTTAGAACATTAATATAATGTAAACAGAATGTTCCAATAATGTTTTAAGTATAACACACTGACAACATTAATATAACATCTGAATCTCTATTAATATTTGAATAACGTTATCCTCTAAATCTTTTTTCATTCATTCAATGATTTTCCTTCAGCTTATTGCCTTATTTATCAGGGGTCACCACAGCGGAATGACCCGCTAACTATTCCAGCATATGTTTTACACAGCGGATGCCCTTTCAACTGCAACCCAGTACTGGGAAACACCCATACACACACACACTAATACACTACGGCCAATTTAGTTGATCAGTTCCCCTATAGCGCATGTGTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACACCAACACGGAGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAACACACACTGACCCAGCTGAGGCTCGAACCAGAGATAATGTGATGCCACAGTGCTAACCACTGAACCATTGTGCTGGCCTATATCTTTTTGAACATCCAAAAAATAGCAATATAACCTAAAGGGAACGTTGAGGGAATGTTTTTACAACGTAAACTTGTTAGCTGGGAATCTCCAAAAATGACTCTAAATGTACAAAGAGGTGAAAGTATTTTTTGATGATGAAGAGACTGTAAAAATGCCCTTTTGTTTGTGATGTTCGTCTGATTGTAGTTGTGTTTTCCTGTATGTGTTTATTTAAGACAACTGAAGCCATAATGAAGGACACGCACAGAGGAAGAAGTGTTCGACTCTCGTCTAGTTGAGTTTACAGTGTTTGTTTAGTTTGAATGCCTTTATTTCAGAAGACAGATCACCAGCTCACCTGTTTTTACTTCATTAGCTGTAGGAAATGCTGTATCTGAAGTTATTTTGCAGAACTGAAAGACGTTTTCCACTTTGATCCACATTTGTTGACGCACCCAGCAATAAAAGCCTTTCTGAAATCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063682:ENSDART00000146050:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TCGTACGATCAGCCACTCAGA
R:
TGATGCAATGAGTGGGTGTGG
Band lengths:
355-1497
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]