GgaINT0094672 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000013124 | FHOD3
Description
NA
Coordinates
chr2:85710236-85724078:+
Coord C1 exon
chr2:85710236-85710397
Coord A exon
chr2:85710398-85723995
Coord C2 exon
chr2:85723996-85724078
Length
13598 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTGAGT
5' ss Score
7.83
3' ss Seq
TGGAATTTATGGTCATAAAGTGA
3' ss Score
-1.06
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGAGAAGGACACTAAAGAGCGGACTGACACCAGAAGAAGCCAAAGCATTGGGCCTCATCAGCACCTCTGAGATGCAGGTTTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000013124:ENSGALT00000037064:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.852
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]