DreINT0068533 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061904 | fhod3b
Description
formin homology 2 domain containing 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081028-61]
Coordinates
chr16:18808196-18815505:-
Coord C1 exon
chr16:18815313-18815505
Coord A exon
chr16:18808377-18815312
Coord C2 exon
chr16:18808196-18808376
Length
6936 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
CGATGACTTTGTGTTGTCAGAGT
3' ss Score
4.34
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTCACTCATTCCTGCTATTTCTGGGCCACCCACCATACGCCATTAGAGAAGTGAGCGTCCACCGCTTCAGCAAGATTCTGAGTGAGTTTGCTCTTGAGTACCGAACCACCAGAGAGCGAGTGCTGCAGCAGAAACAGAAACGAGCCAATCATCGTGAGAGGAACAAGACCCGCGGCAAAATGATCACAGAG
Seq A exon
GTGAGTGTGAACAGCTAAACAGGGCTCATTTTAATCAAGTCTACACCAGATTTGACTGACTGGGTAAAAAAGTGTATACATCCTTGTTAAAATGTCAGGTTTCTGTTATGTAAAAAAAACATAATACAGTTTTTCTTAAACGCTGAAACACATTTCACAAACGTTTTCTCCCCAATATCTCCCCCAATATGTTCCCCAATATCTAAACACAGCACTCTTTTCTAAAGCAACACAAACACAACCACACCTTCTCACTTCAAAACTCAAAAAGATTATGTGTGTTTAATTGTTTAATACAATAAAATATATTTGCAGCGCTATTTTTTATTTTACATGTGGATTTCTATACTTCAATACTGGTAAACTCCACCAAAAAACATGAAGTATTTTTATTTAAATGTTATATTTGTGCTTTTTTTTACTTTGTATATTTGTATATAAAACAATCAAACTATAAAAAGAGCATTAATAATGATCAGCAGTGGTGGAAAGAGTTCTGTAAAATTCTACTCAAGTAAAAGTACCGTTACTTGCCCAAAAATGTAGTACAAGTAGGGTAAAAGTATTGTAATTAAGACTCAAAGTAGGAGTAAAAAGTAGCCCCTTTAAAAGTAGTGAGTATTACGCTGTAAAAAGCTGATGCGTTTACATGTAATTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACGTGTGTGTACGTACGTAACATTTTGTAGTGCTTTTAGTTATTGTAAAAGCCATTTCAGTCGTTGCATGTAAATATTTTGGACATCTTCTTGAACACTTTTTATGCTACGTTTGCTGCATGTCTTTAGATAGTTCAGTATGATGTAATTTTCTTTCTTTGTGCGATTTGGTTGGACAGTAATCACATAACTGATTTTTCTAATCCCCATAGACAGGAAAAAATAAGTGACTGCAGGTTGAAGGAAAGTTGTAGAGTAAAAGTACTAAAAATTTACTCAAAAGAAACTAAAAATAGACATTTCTAAAAATACTCAGTAAATTACTGAGAAAAATGACTCAATTACAGTAATTTGAATATTTTTAAATTTGCTCCGTCACACCACTGATGATTAGTAATTATTCATAATATTAAAATTCCAGAAAAAAAAATGCTCAACCTTATACTCATTTTCCCCTCTCTTGAGCTAAAATGCCTGATCAAGCCTTTTAGTTTCTGTTTCGTCATTCCTCCACTAGAGGGAGTGATTATTCCTCCAGATGTTTGCTGTTTGCCTACCTGAGAGCAGTAAGGTCTGATCCTTATCACGGGTATATTTCATGTCCCCCAAGCAACCCGTCTCTGGGTGTTTTAAAACACTACAATTACAAAAAAATAAAACCCATGGATTGTCGTGGGTTTTGCCTTTCTGGACTTGCCCTGGGTGTTTGTTTCTGCAGGAGGCCAGTGTTCCCGTCTCATGGGGGATGTTGTAGCCAGGAAAGCCCTCCATGGCATGTTATCCTTGGCGGGGGTCTTCCTTAGGCTAATTCAATCTCTGTGTGAAAATGCAAACCTTTGGATGTCCCTGGACGGGTCTATGTGGAAGATCTGGCTCTGGAGAGGTAGAGCTGAGGTAGAGGAGGAAGCTCAGTATCACAGGCTTTCTCGTGCTGCTGCAAAACTATAAGCCCAAGTGGGTTATAGACAGACGTGTAGCTTTATGTTTTGTAAATGTTTGCTCATGGTACTATGGTAAGGGTTGTTGTAGTTCATTAGAGTGCAAATGAAGTCTGAAAGGTCTTTCAAATGAGAGAGAAAAAAAAATAACTCCCTTCAATTAGTTATTTTGTAGTTGATGCATCATAACAACTAAAATGAATATTTTATGATTATGACTATTTTATGTTAATGAATTCAATAAATAACAACAAATAAACAACAACAAATAAATAAGGAAATAAACTTAATGATTTTATATGGATGTGTATAACAAGAAAATAAACAAAATATTAAATAAAACATTTAGAGAAACAATCCAAATATAAACATTTAGGGTATATATAAAAATAAATATATGGCCTTTATGCGTTTTTTCCAAGTGCTGTCAACTACATATATGCCAGTCAACGACAATGACTAGGCAAAAGGAAAAGAAAAAAACACTCAAACATCCATTGCAAAATAAAATGTTACATTATTAAAATAAAAGAATGATACTACGCTAGTGCGACCATTACACACTTCTCATCAGAGCTAGCTGAACTAAACTGAACTCCCATACATGCGTACTTACATCTAATAGGTAAAACAACCACAGAAATAGTCCACTTAAAGGGGACATTAATACACAATGCATATCAAACATTAAGTTACCGTTACAATATCACAATAATAAACCTAGAAAAAAACAGAGCAATCACTAACTTCCCAGACTGTTGTTGTGTTTGCTATAAGGAGGGACGAGGCTGAATCCAGCTTCTTTTTTGCAGCTTCTTATTGACTCTATCCACCTTAAAAACCATGAAGTTTCTGTTTTTTAGCTTTTTAATCACGCTCAAGAGAACACACTGAGCAAGGGCTTATTATGCAGTTCTGGCGCTATCTTGTAGATAGACAACTTCAACCGTCTTTGGCCGCCGACGAGCTCTTTTGAAATTCGAAATATTTTAAAATAGGCACTATTTTTACAAATAAACTGCATAGTTGCAATCTAAAAAACTACATTCTTGACAAAAAAGCCTCAAAAGTACATTTTGTTGTCTAACAACAGTAATATTTGTCAAACTGTAGCATCTCTGCTTGTTGCTTGCTGTATGTGGGCGGAGTAATACAAAGAGGTGAACGGTGGAGAGCCCTTTGTGTGATGTTACTGGCAAAATATTGCACGGCTATAAGCAAATCAAATTCAAGAACCAGACAGAACTGATATATATATACACACACACACACACACACACACACACACACACAACAGTTCTGTCTGGTTCTCGAATCTGATTGGCTGATAGCCCTGATATATTTAAGTATTATCAGCACTTGTACAGCATCTTTACACTTTGTGTATTACTCCGCCTACATACAGCCAGCAACAAGCAGATACTACAGATCTAAAGTGTCATTGGAATCTTTAAAAGATGCTTGCTCAGCTGTTTAACTGTCAGCTTATGATTTAAATCCAACGCGGAAGAAAGTAGTTCCTCATACAAAAGCGTTTTTGAGCCTCTCCATGTTTGATTTTGTTTTTATATACACAATTATGCCTGCGGCCTCGTGTCAACGCACGCCTCCCACCAGTGCCGATATACAGCCATATCGCACTGCTACTCTTGTGATATTGCTCATATATATATGAGACCTTATCCATATTTCTTTGCATGTTGAACACACGTTGACCACAACAGGAAAAAACAGCAATTGCATTAATTGTGTTAATTTTGCATTATTTTTTTATATAAAAAAGAAAATCAAACACGGAGAGTCTAAAAACCCTTTTGTATTAGCAACTACTATTTTCCACCACTTATTCACATCTGCAGCTGATGTCAGAACAGCAGAAGCCGTTATTAATTCACCAACATCACTTTAAAGCTAGTGTTTAAATGATTCTCTAGCGTAATGTCTGAAGTAATGACAAAACAGATAATTTTGCTCACACTTTAAGTTTATTAGGCTGAACGTGACATAAAATGCCATCTGTCTACAGCGATATGTTCTATAAAATCACAGTTTATTACAGTTTCAATAGTTCTCTGTTGCAATCAGTATATCACAATAATTAATCCAGAAAAAAGCTGCGCAATCACTACCAGACTGCTGTTGTGTTTGCAGTAAGGAAAATGCTAAACACACGCGGGCATTTCTGCGTTCTTTCTACTAAAAATACACACATTCCTGATATCGGAGTCCCACACTCACACTCAATACACTACAATTATATGGTGTAAATACAGCACTACAACATACAAAAAGAGAGAGATCAATTTAGAATATCACTTACCAGTTTAATAATGATTTGTTCAGCTGGGCCTGGTTTTTCAAAAGGTTTAATCCGATTAAAATTGATCTGGATTTAGTAATCCTTTATTTGCGATTCATGATCGAGTACTCCAGCTTACTTTTTGAGCCAGTTTTTCAAAGCAACATTGGATTGGATCAATCTGATCCAGATAGAAACTTTTCAGGATCACTAAATCTGGATAGCCAGTGCTCAAACAGAATAGGAAATCACAATGTAGAACTATAGAGATGTAAAAAGCAACGAGTAGAATAGCCAGTGTGGGGTCAATATAACTTTAAAAAATACTAAAAAAAAAAAACAAAAGACAAGAAAAACCCCACCCCATCCTCTTCCAGCAGTCCGCTCATCTGATGCCTAAAACACAAACACTGTCCATTGAGGATATTTATAACAAGTTTAAAATACAGAAGTATTGAAAAAAAAAAAGACTTAATGTCAAAAACTCCACAATAATTTTAGACTTCCTCATCTGATGTGGAGCTTGTCTGAGCATAGCCTTTAGGAGGTGATCTCAAGTCTGGCCTTGGTTATATATTTATTTATTTATTTATAGAACAGTTCTGTCTGGTTCTCAAATCTGATTGGTTAATAGCCATGCAATATTCTGCAATTTCAGAACTCCTACAGCCTCTTTACCCTTTGTGTATTACTCCACCTACATACAACCAGCAAAAAGCAGACACTATAGATCTAAAGTTCAAAAGATGCTTGCTCAACTGTTTAACTGTCAGCTTATAATTTGAATCCAATGTGGAAGAAAGTAGTTCCACATACAAAAGGGTTTTTGAAACTCTTTGTGTTTGATTTAGTTTTTATATACACAACTATGCCATCAAACTGTTGTATAAACACAATATCACACTCTTAGCAGTGCGATATGGCTGTATATTGGCACTGAATGGGCCTGCGGCCTCGTACCATTGCACGCCTCCCACCAGTTCCAATATACAGCCATATCGCACTG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Seq C2 exon
AGTGGGAAGTTTGCAGGAAGTCCTATGGAGGGTCAGGAGTGTCAACCGCAGGGTTTGGGCTACACAGAGGACGTGACTGAGCATGAGCAGATGACCGCAGTGCTTTGTACCAGCCTGCAGGGTGGCGATAGTCCATCATCTGTCCTTCCTGGCCTTCGCACACGGACCCGAGCCACTCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061904:ENSDART00000131438:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.369 A=NA C2=0.967
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0218118=FH2=PD(9.4=53.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]