GgaINT0094670 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000013124 | FHOD3
Description
NA
Coordinates
chr2:85699790-85708041:+
Coord C1 exon
chr2:85699790-85699982
Coord A exon
chr2:85699983-85707869
Coord C2 exon
chr2:85707870-85708041
Length
7887 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
AATCTGCTTTCCTTCCACAGTCC
3' ss Score
10.34
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTCACTCATTTTTGTTATTTATGGGCCATCCTCCCTATGCGATACGTGAAGTCAACATCAATAAGTTCTGCAAAATTATTAGTGAATTTGCTCTGGAATACCGCACCACCAGGGAACGAGTCCTGCAGCAAAAACAGAAACGAGCTAACCACAGGGAAAGAAACAAGACCAGAGGAAAAATGATCACAGAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
TCCGGAAAGTTCTCCAGCACCTCACCCTCCTCCCCAGTCCAGCCCCAGGGCCTACAGTACGCCGAGGATGCCGCAGAGCACGAGAACATGAAGGCTGTGCTGAAGACCTCCTCTGTCAGTGGAGAGAGCACCACGACGCTGGGGGTTCGCACTCGCAGCCGGGTCAGCCGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000013124:ENSGALT00000037064:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.369 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0218118=FH2=PD(9.4=53.8),PF045238=Herpes_U30=FE(29.0=100)
A:
NA
C2:
PF045238=Herpes_U30=PD(14.5=55.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]