DreINT0068535 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060393 | fibcd1
Description
fibrinogen C domain containing 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070424-245]
Coordinates
chr5:33542440-33585344:-
Coord C1 exon
chr5:33584891-33585344
Coord A exon
chr5:33542920-33584890
Coord C2 exon
chr5:33542440-33542919
Length
41971 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGT
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
GTGTTTTTCTCTGTCTGCAGAGG
3' ss Score
11.23
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060393:ENSDART00000146321:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.188
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]