DreINT0069627 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044809 | fpgs
Description
folylpolyglutamate synthase [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2781]
Coordinates
chr21:6008797-6012234:+
Coord C1 exon
chr21:6008797-6009373
Coord A exon
chr21:6009374-6012105
Coord C2 exon
chr21:6012106-6012234
Length
2732 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAG
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TCATTATGAATGTGTTTCAGGAT
3' ss Score
9.26
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAGCTCTCGAAGACACCTGACACGTGAGAAGCGTTTCAGCAGCTCTGCATGGCAAATCAGAGAAATCCAGTGTTTTAACATGCACCTCTGCAGCGCCACATGTTTCTGCGAGATTATTGACACGCAGCCTGGTTAAAACAGGATAAACATCTGCTGTAGCTTGACTCGACAGCGAACTGGAATTGTAACGTTGATTCAACTATTCGCTCTGCAGCCTATCTTGACTTTGCATCTTCCGCGTCACAAAACCATCATTTATTTCTGCTCTACTTCACGCAAACTGCTGTCATCCACACTGGCGATGATAAACAACAAACAGTATAGTGAAATCTGTATGGCGAGCAGGAAGGAGGCGTGGCATGACGCGAGAGTTCACTATTGACAGGAAAACTCCCCAAATTTGGTGCTGCTTCCTGCACTCTCCGGGCCACCATGCTGCTGTTCCGCGTGCTGGAGAATTTACGCGCGTGGACTGAAGTCTCGGCGCGTAACCGACACTGGACCAGCATTGTCGGGCTGTCAGTGAGATTTTCCAGCACTAAAGCTGCTCCGCGGTACCGAAGAATGGACTATCAG
Seq A exon
GTACAGTGCTCGAATATCTTCATCCATATGTTTGTCTGTGTGCTTATCTATGGGAATTATTGATTATAGTTAGTGAGTTTGTGCACTTTTGTTTGGACTTTGAAAGTTTTTTTTTGGTTCGGTTGAAATAGTACTGTTAATCCAGCGCACGCGGCTGATTCACCGTTGACAATTGTTACATCAGCCGTTGAGTTTAAAACCAAAGAGCGCGATTATTTGGTGTACCGTTAATCTACGCGTGGTTACAGTGAAGTCTCTTTGCTTATAATGTTACAGTGTTAAAATAGCAATAACTAACTTATATATGTATTTACCTTCATGTTGTTAGCACTTTTTTTTAAAATAGGAACTATTTGCTTTTAGTCCACATCCCTGTATTTTCAAGTAACTGTTGAGTAACTGTTACAGCTGTTGACGGTAAATATTTTTGGTGTAACGTTAATCAGCACGTTTATCGCGAACTTCATAAAAGTAACGGCAATGTTTATGTACACTAATAAAACATTTATAATTGACAAAGAAATATATATTTATTTTAATGTTGTTAGCACTTTTAAAAAAATAGGTACTATTTGCTTTTTGTCTATTTTCCTGTATTATCAAGTAACTATTACAGCTGTTATCGGTAAATAGTTTTTGGTGTAGCTTAATCTGATTAATCTGAGCGTGTTTATTGCGAATTCCATAAAACGTTAATGTACACTCATAAAACTTTATAATTACCAAAGTAATATATATATTTATTTTCATGTTGTTTGCACTTATAAAATAGTTACTATGTAACTATTGCAGCTGTTAATGGTAATTTCTTAATCTGTACATGCTTATCACAAACTTCATAAAAGTAACGTTAATGTACGTGGATAAAACATTTTTAGTTAACAAAGTAATACATGTATTTAATGTTATGCTGTTAGCACTGTTAAAAATAGGTACTATTTGCTTTTCATTCATTTTTCTGTATTTCAAATTAATTGTGCTTGTTTATCGCCAACTTTGGTGTAATGTAATTCTGCGTGTGTTTATTTTGAATTTCATAAAATTTCGACCACATCCCTGTATTTTTTAAATAGCTGTTAAAGCTAAATATTTTTTGGTGTAACATTAATTTGTGTGTGTTTATCGCCAACTGCAGTAAAGTAACATTAATTTACACTGATAAAAATGTATATATGACAAAGTAATATATTTATTTTCATATTGCTTGCAATTATTAAATAGATACTGTATGCTTACGTTGAGGTAAGGATGGTTTTATATTGGGACTTTCCCCTTAATCATATCATTTAAAACAAGTATGCTTTGCCAATTCAAAATAGTAAAATCCTATTAGCAGCCAATGACTATCAAAGGCCAACATTGTTCACAGTCAATTAAATAGTGCTAATGTTGTTTTGATTTGAAGTCATACTTGCGTGTGATTTCTGACTGAATATTCAAAGTACCATGGTATTAAGTTGTCACTGAATGAATGTGCGAATACAAAACCAACTTTATCTCCATTATGCTTACGGTTGCTTTCCCTGTATTTACAATTAAGGATTAAAGCTGTTAACGGTAATGTTTACCTGTAGGAGTTAAGTTTTTGTATTGAACTCCATAATAGTCATTATTAGTTTACATAATATTAAAGTGTTAGTACTATAAACATTTAGTAGCTATTTTAGGCTATCGTTGTCAAAACCACGTCATGTTCTGCATGATCTCATTCAGGCCATGTGCTTAGTGTTCAGGCAGCCATAACTCAGGATTAAATACATGTGGCTGTGGAAAAAGATTCTGTTTTATTCATGATTGAGTGAGCGAGATGTGCTATTTATATTTATTATTACTAAATGCTTAGTACACAGCAGTTTCATCAGTCAGCGTTAAAGAGATAGTTTACCCAAAAATGAATATTTGCTCTTTGTTTACTCACCGTCAGGCCACTCAGATGTCGTAATTTATGTTCTTCACAGAGACTCTTGTTAATTAATAAGTCTCAGTTGCTCGTATCAATCATTTATTCATTCATTTTCATTCGGTTTAGTTCCTTTATTTATTAGTGGTCGCCACAGTGAAATGAACCGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTACACAGTAGATGCCCTTCCCAACCCAGTACTGGGAAACATCCATACACATTCATTCCCATACACTACGGTCAATTTAGTTTATTCAATTCACCTGTAGCGCATGTGTTTGGACTGTGGGGGAAACCAGAGCACCAGGAGGAAACCAATGCCAACACGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAAGGCAACTAACACAGCCGGGACTCAAACTAAAGAAATTCTTGCTGTTTGTCAAAAGTGCTAACCTCTGAGCCACCGTGTCACCCTGCTTGTATAAATCATCTGATCGTTTTCACCAACCAAAACATTGAGCGGTGACCGATAATATGTAGTCGTCACTTGTAATTTGATTGCACTACAACAGCCAGAAATTCTGGCTAAACATTGACTAAATATTATGAAACAGTTCTGAAGTTCAGTGTTACTTGAAAAGCTTTAGTTTGTACAGACTACAGCCTCAGATGGACATTTTCTGTTTTCTGTTTTTGAATATCAGCTCAAAAATAACTTCCAGCAGAGTTATAGATCAGGATTGGATCTAAACGTTACATGAGGCATTCAGAAGCTCCATGTGCTGGTGTTTGAGATGCTGAGATGGCATGAAGTTGTTGAGATCCTGTGTCATTATGAATGTGTTTCAG
Seq C2 exon
GATGCGGTTTGCACCCTCAACACCCTCCAGACGAATGCCAGCGCTCTGGAGCAGGTGAAGCGAGAGCGGGGACATCCTCAGCTCCAGCTGCAGGCCATGAGGGGCTTTCTTCAGCGAGCAGGACTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000044809:ENSDART00000141607:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.023
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]