DreINT0074383 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103200 | gpr107
Description
G protein-coupled receptor 107 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061103-130]
Coordinates
chr5:31860300-31870647:-
Coord C1 exon
chr5:31870526-31870647
Coord A exon
chr5:31861300-31870525
Coord C2 exon
chr5:31860300-31861299
Length
9226 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTAAGA
5' ss Score
3.68
3' ss Seq
GCTCGTCTCTTTGATTTCAGGGC
3' ss Score
8.76
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGATGAATGAGCTGGCCACTCTGACCTTCTTCTTCTTAACTGGACACAAGTTCCGGCCAGCCTCCTACAACCCTTACCTGCTGTTGTCTGTGGAGGATGAAGACATGGAGATGGACGATGT
Seq A exon
GTAAGAAATTATTCTCATTTACAAAGCTGCTTGTGTCAAAGCCCATATTCATTTCATGTGGCAAGTGTTCTTATGTTGTTTACTTGTGTATTATTTTAGTATATTATCATAATCAAAAATACAGTAGTTTGTAGTGTAGTTTTAGAGTGTATTGCTCTGTTACTCTTCTAGTTATATACCTATAGGTAATTACGTGATTTTAGGCTTAATTTTCACTTGACAATTTTCTGGAGATTGTCAAGAAAAACTTGCAATATGAGGCAAATCAATATTTTTTCATGCTTGTATTTCATGATTAATTTTAACAAAAGGTCAATTCACACACCTATTTATACTATAAATGTATTATTTTTAAATTATGTTGATGATTTAAATGATTTTTTTTTTAAATGAAAGAGCCTTCATTATATTTTCTAATAAAACTTTAACGAATACATTTAAAATGTACAGTTAAAATTTGCATAATTATTAAATAGCTTCACAAACAGACTTTTCAACCAAATAGTGTCTTTATATTTGTTTTACAATAATTTAAACTATAATAACCCCTAGTACATGGACAGAAGTTTATAGCTCTGATATAAATGCTGATGTCTACAGTGACTTCATCAAAGAAGATTGTACACAATTACGTTGTTTTACAAGTAAGTGGCAACAAGTAACTGCTAAAAAATGTCACTAAGTTATTGATTAAAAACAAAAAACAAAACTTTCATTCAAAAATGCTGCTTTATCCAATTCATAATGTTGCATAATTTAAATCATTAATCAAATAATTTATTGATTCATAATCAATTTTCAGAGGAAGGAGTCATTTAATCAACCACCTTTTCCTCCCATATTCTTGTTTTTTTGTATTAAAGCACTGACTTGCTGTATTATGAGCTATTGCCGACATTTTGGTCAGTATTCATGAATTGAAACTGCCAGGAAATCAGAAAACATTCACAGGAAATCAGTTCCATTGGAGTTGAAACATAAAGTGGCTGTGACAATACATAAGTTTGAATAGAAATGAAAAGAGTTCAGTGTGTCTGCACCTTGAGATGTTTTCAAAGTACTTCAGTCTTTTATCTCATAAGATCAAGGGCAGTTTGGTTTCTCCTGTTATGACTCACTCACAGCACAGAGAGCTGGTGATGTCAGATGATGACACTCAAGATGAAATAAGACCGTCTCTCACTTTAGAACGATGCTGCTTCCTCTCATTTTCCATCTTTTATAATAATGGAAGCATCTTTTGTGTGTGCATTTGCTCTTCTACACACCGTGACCCTCTTGTGCTTCATTACCAGCTGTGACCTGGTCACAATGATCCAGCCACCTGGCATGGCCCTAGAAGAAGCCCAAAGGGGTGCTTTCTGATTGGAAGACCTGGAAACTCTTCCTCATTACATACCCATACCGAGAGCACCTGTCATGCCCTGTTTATTTACACACACAAGCACACACACCAAAATACACTCTCCTTTCCATGCTGCTCAATTTCTGCGGATTTTAAGGCAATTTCTCTCTTTAGACGGCCTCATCAGGTCAAGTGATGTTTTGTGTTTTAATATCTCTCCCTTCATATCTTTTCATCTGCACAGGCTGTCATTTTTCTACCATCCTTGCAATTTTTCTCACTAAGATCTCCGTGGATTGCGTTTCTCTCCACTCCCTGATGTCCAAGTCTTGTTCTGTTTCTTGACAACCCCATCCTCCCCTCCTTCCCCCAAGTCCCCATCTCCCATTCACCCCGCATTCAGTGTCCCCTCAGGCAGCATGTGCTCTATACACCCAATCCCCCCCTCCATCCCGGCACTTCCCAAAATAGCCCAGTGACTCCAAATGTCCTTGTTCCTTGCTTGCACTTTCCCCGTTTTCTTCTCCTCCTCCTCCCACGTTATCTCTCCTGTTTGCCTTGTGCAGGACACCGTGCTTTACTCGAGCTGAATGGACAGAGTGAATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCCTATTTTCCCAAAACTTTTTTGGGGGGTGACTTGGGGCGCGGCCTGATTCAGCTGCCCTCATTGAGTCTCGCAAAGAACACCAAAAAGATGGATGATGGTTACCAAAAAAAAATAGAGAACATTATTTGCTTGCTTGAGCATCCGGAGTTTAGGTCCAAGCCTTTATTATTATTATTGTCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATGTACATCTCTGGTGTGTTTTAATAAGAGAGCAACAGTTGGGTCATATTCATTTAAAGAATTATACTGACCTGACCTCAGAGGTTAATATGAAGTCACCAGTTACTTTATTGGTACAGCTTGCTAGTTCCAGATTGCACTCCCCTTCCCTTAATTCTGTGGCATGTGTTCAACAAAGTGCTGGAGATTTACCTCAGTGTTTTTTTCTTTTTTTTGTCCACACTGGCATGATAGGATCACATGGTTGCTGCGGATTTGTTGGCTTCATTTTTATGATGCAGATCTTGTATTCCAGCACATTCCAATAGTGCTCTATTAGATTGAGGTCTCGTGACTGTAGAGGCCATTTGAGTGTAGTAAGCTGATGGTCATGTCCGAGAAATCATTTAGAAATGATTTGAGCTTTGTGATATGGCACATTATTATGCTAGTTGTAGCCAAAACAAGATGAATACACTGTGTTCATGAAGGGAAAGACATGGTCAAAACTGTACTTTGTACCAACTGAGCATCATTAAGACGCCACAGGATACCTAAGGGGTCTAAAGTGTGCCAAAAAAATCTCTCTCAGACCACTGAACCACCAGCAGCCTGAACTGTTAACACAAGGCAGGATGGATAAATGCCCTTCTTTCTGTTTACATCGAAATCTGAGCCTTCCACTTGAATTTTGCAGCTTAATTCTATACCTATCAGAGCAGGCATCTTTTTTCTAATCATCAGTATGTGTGCTCTTCTGCTGCTCCTAGAGCTCATCGGCTCATCGTTTGATGTATTCAGACATCCTCTTCTGCAGTCCTCAGTCATAGCGGGTGGTTATTTCAAATACTGTTGCTTTTTTATCAACTTTCCATGAATTACCTTTTACTGGATTTTATTACTGCAACAACAGCCTTGCCACTTTACAAGTCTTTTAAATTAGTGGGTTTTTAATCCTGATTCTGGTGCCCTACTGATCTGCACTTTTTTCTAACGGTCCCATATGTTACACACTCATCTGAGTTCAAGGTGCCGTTGCCTAATGAGCTTGTGATGTGAATGTGTATTAAATGTGGGAGACAAAATGTGCAATGTGGTCACCAGGGTTTAAAATAACTGACTAAAATTGTCTATTTTTCATGTTCTGATGTTTCATTTAAACTTTGTTAGATTGTTTTGACTGTCTGTTTGTTTAAATGCATGATATTGCTGCAGATTATTATTATTACATCACATTATTGTGTTTGCCAGAAGCCCAACGGACATTTTCAGTAAAGTGACCACTGAGTCTCTACACACTTAAAAATAAAGATTCTCAAAGCCCCTGCTGTACACAAATAAAAAAAAATCAAACAACACCTAAAATTATATAATTTCAAACTAAATTCAGCCAAATACTTAGTCTGTGATTATTGTTCTGTTCTGGAATTCAACATTTTTCGATACAGGTGTTATTTCCATAGGATTCAGACAGGGAAACAACATCCAACACCACTAAGTTATTCACATTAATACACTAGAGCAGGGATGTCAAACTCAATTTCTAGTGAGCCACAGCCCTGCACAGTTTAGTTCCAACCCTAATTAAACACACCTGAACAAACTAATTAAGTCCTTCAGGCTTATTTGAAACCTACAGGTAAATGTGTTGGAGCAGGGTTGGAACTAAACTGTGCAGGGCTGCGGCCCTCCAGGAATTGAGTTTGACATCCCTGCACTAGAGGGTTGAGTTATAGAGCTGCTGCAGATATATCCGTACCTGTACGATTACTACAATTAGTCTTGGAGAGGTCACACACTGGACAAGAAGTGTCACAATGTTACACCATGTCCTTTGAGGTTCTAAACACCGTTCCTTTTAGTGTCTGTCAATGTCAAATAGAAAATGTAAAGACATGCAGAGGTGCTTCTCAGGCGACAGACTGGAAAATAGCTCTGTTTACCTTATAATCGATGATGTGTTTAGGAGCAGCATGACAGACTGACAAACCCTGTCTACTGCATCATGATACAGATACAATATCAGTATACCTTCACTCAACTTTTTCAAACTTCTTTATGCCCTTAAAGGGTCACGAAACACCAAAACACATTTTTTGAGCTGTTGACAGTCGTATATGTGTCCCACACTGCTAAAAACACCATTAGGACACCTATATTTCACTAAAAAGTGTAAATTGGTTGTTTTTGCGTTATTTCAAGCAAATTCGTACTTCCTGTTTGAAACGAATTTTTGAAGCTGCGTCACGGTCATGACATAATAGCGTTGTATTCCAGCGTGCAGACTGGGCGTCTGTGCCAGAGTGAGTCTTATTACCTCTTACAGTGTGTTGCATTAATGCATGAGTAAGGCTTGGTTCAAACCAATCAGCGCGCTCTATTGTGCAACTTCATTAATATTCATTAGTGTCACCGTGTTTACGCCACAGAGACGCCACATTGTGTTGGCAAAACAAGCGTGAAGTGTTGCTTTTATAGTTTGCTGCCATTAAGTTTCGTTTTTATTTTCTCTCTGTGAGAGCTCAGCTGGATCACGTGTGGATTAACAGTGTAAGCGATGCTCGACAACAATAACTTACGTGTCTAAGGAGGAACATTGTTTACCTGACAGCTGTTCTCATCTGCAAAAGCTGAAATCCGGATTCGCTTGTAACGTTAGTCTCCTCTTCATAAAGACGCGGCTCTAGTTGCTGGTGATTGTCCTGTCTCTACAGATTTGGTAAGTGAGCGACCAGTGCTCTTTGTTTATTCAGTGTGTTCGTATCGAATTAAGTTAACTATTGCACTGAGTGCA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Seq C2 exon
GGCAATGACCTCAACAGCCATAGGAGAGGGTCTTAAGAAAGTGAAGAAAGTGTCGAACGGACCATCAGAAGAGAGGGAGAGCATGGCATGATGGGAGATGAACTTCTCCACTGGTTCTGTGTGCCTCTGGACTTTGTGGCCAGCTACTGACATGTGGGAAATTCTTCAAGAGGAGCTCGACGGCTTTCCCAGAATTTCCAGTGGACCTTCTCTCATGATCACATGTAAACACACCACGTTCCATATCCACATGTATGCGTTTGTCTCTGTAAATGTTGCACAGAAGGTGTGGAGATTTCACCCAACGTCACTCCATGATTCCATTTGCCACTGTAGTTGTAACTGAAATGCTTGTTGCAGTGCTCTTTCATTTTACCTTGGTGTGTGTGAGGGACTGTGTGAGCGTGCGTGCATGTGTGAGTGCTTGTTTTATTTGCATTTTAAAATTTATTTATGATCTTTTTACGCATTGCTTGATTTTAGACACGCTGTGGCACTTTAACAGGTACACACTCCCGTCAAGTGAAAGCCTACGCGAGGTCACTATAGGATGTGTAGAAAACTGCTGTGCCCGTGACGTCTCTCTCAGCTGTTATTTAAATGATGATTTCCTGCTCTGAGTTCTCCGAACAAATCATTTCTGTGTAAATATGCAAGCCCTTAACAACACACATAACCCAGATTAATGTTACAAAGAATAACGTGTACAGTTCTAAAGCTTAGTCGGGATTTGATGACAGCTGCTTTGTATTTTCTCAGTATTTGTGGGTTATTAGTTTGGATGACGATGGACTTTCATAAAATGGATCCAGGGTGTCCAGAATCGTGCGTTTCAATTGTATCAAACATGGATTTCAATGATTTCAGGGATCTTGTTATTTATGATCGTCGCTAATGCAATGGAGGATTTTATTTTGATGTTTAATATTTTGCTTATTTTCGGATATCTTTGAGCAAGCTTTATGAAAATGTGTTTCAGTATTAAATTGTGCAATGGTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103200:ENSDART00000168870:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.200
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF068148=Lung_7-TM_R=PD(8.1=58.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]