GgaINT0124999 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004052 | GPR107
Description
protein GPR107 precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001025857]
Coordinates
chr17:5846916-5854549:+
Coord C1 exon
chr17:5846916-5847040
Coord A exon
chr17:5847041-5853036
Coord C2 exon
chr17:5853037-5854549
Length
5996 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTAAGA
5' ss Score
3.68
3' ss Seq
GTTTCTTCTTTCTCTTCCAGGGT
3' ss Score
12.56
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGCTGAATGAAATGGCCACGCTGGTGTTCTTTGTCCTCACTGGGTACAAATTCCGTCCAGCATCGGATAACCCTTACCTGCAGCTTTCTCAAGATGATGAGGATGATTTGGAGATGGAAGCTGT
Seq A exon
GTAAGAACCTCCTTTTTACTACCACCTCCTTTTACTGTTGAATGTAAATGAGCATAATGTAAGGACACTTGGGCTTTGAAGTTCAATCTAAAGAGCTGCAAAAACTTGTTTTAAGTAACACGGCGCTGAGGAGATGGGGGTTTTTAGCAATGCTCCTCAGTGTTCCATTCCATGCTACAAACCATGAGGCGCCACAAATGCAGTAGGACTGAGTTAGTGAGGATAAACTTCAAAGTGGGACTCAACATAATCCCTGTCACTTCCATTGCAGTGATTTTCTGAGGACTTATTCAGAAACACTTTTCATTTTTTTATGTAATAAAAACTGCTCTAAGAAATACAGCATACTGGAAGCATTAAGTAGAGTTATAATTGCCACACCATTGCCTGAATAGGAACAGAACCAGCCTAATCTCATAGCAGTTATGCATTTCATGCATAATTGCAATTCACGTTCAGACTCAAGTCTGTTCTTGAGAGTTTCATTTCAGCTTTACAAGTATCCTTTACCTGATTTTGAGTAGAATCTCTCAACACGCCTCTTTTTACTGCAGGGGCAAAGAAGTCAGAATGTGTTTGCTGCCCCCATAATTAGGTCAGCAAGAAGTGGAGCTTACTGGGGAATTGCTACAAGAATGGGTTTGTGAGGTGGGATCTCCTGTCATGCAGGGACTTTTAATTCTCTGAAATGTCTCTAGTAACAGATCTTATTGCCAAATGCTTAGTTATTTTGTGTTGGGTCCATAAAAATCTGTCTTTGTTAAAAGCTGTATCCAACTATTTGGCAGTGACTGTAAAATTATTTAACACTTAAAGGTGTTTAAATGGTTTCAGTTCGGGTGGTGGTAAGCAAATGTTGACAGTAGGAAGTCTTGATCTGAACTGAAAGATGTGCAGGATTTCCTATTGTACAGAAATGAGCTCCCCCAAGATTGCCTGTTAAACTGAAATCGAACTTTACATTGTGTATTTAATGGTTTTTACTTGTTTGGTATTTTTTATAGTGCTAGTAATAAGCAACCTTGCACATACAGTGATTTCACTGCATTGGAGACGTTGCCCAGTTTCAGAGGGACTGCCAGGAACAAGCCTAAAGAAGTTTAGTGAACGAATGGAGTGATTTATATCTTGCAGTAGGGGTACAGATGTTACTTGAGGGTAGAATTCTCTATGAGCCTCTTCCTAGTAAGGTGTTTTGTGCTTTTACGTTTGGAGTTTCCACCGTTGTGCCTTGTGGGTTGTTCCCCTTAGCCTTGCTGGAATTGTTCTCATCTGATTCACTGTGAGTTTTATTCCATGTAGGCACTTGGCAGAGGATGATCTCTAAGTGTCTTGTGCTCTCCCCCCTGGATGCATCAGGGAGGTTAAGTTTACATGTGTTTGAAAAGCATGGTTTACACTCCTCCTGTAATAGGTGAAGCACTGCAATGCAAGTGTATTAAATTTCATGTTGATTTGATCTTGCTGGTCTTATTTTTGCTTTTATAAATATTAAATGTTGTTTCTATGGGGAAAAAACGTAAAGGTTTTATTTGAGCAAGTGACTAAGTGCCTGACTGCATCCTGAGTAACCACTGTATGAGTGTTTTGTCTTTCATTTGATAAATACTGACTTGTCTTCATGGTGTTCTGCCATGTCTCCTTTCCAGGCTTTATGGTGGTGGGTTTTTTCCTAACTTAATTTTTTAATCTTTTTTTTAAATACTTTCTGCAGAGGCATTTAGTTACTTGAGACTCCATATAGCCAACAGAGGGGAGAGCTCAAAGGTCACCATGCCTGATTTTTAGCCTTGCTCTTCTTCCAGCAAGAAGAAAGATGCTTTTAAGTGCAGTTCTTTAGTTTAATGCCAGTTTTCGTGCAATGCAAACTATAGAAAGCTCTGTCTAGCACGAACTGTAAATATTGCAAAGGACAGTGTTGCAATCTGCAGGGTTTAAAATAAAATAAAATCTGAGGACTAAGTGCCCGGGACAGATACAACGTGGGGCACAAATCTTCCCTCTGTAGTAATATTTGAAAATATTTTATAAGTAAAGAGCAGTGAAGGTGACTTGCAAAGGATTGCAAAGTTGATTTCTTTTTTTCCTCTAACTGGCATGCTCTACCTTGGGAGAAAGCATCCACAAATGTTACAGGGCTTTCCTTTCAATTATACCAGGCTCAATAGAAGCTGCCCTGGTGAAGAAGAGAGGATGACTAAACCTGAACTAAGGACCAGTCTGTTCTTTTTCAAGTAGGGTCAATAGCCATTCATCATCAACAAAGTGCCTTTCTGTGTATTCTGTGTTGGGCAGCCTCTCGAGCCTGTTCTGTCAGTATGTGGGCTTGTTGCTGACAGTTTGTTAGACTAAAGTACTCTGTCTGAAAAGGTGCAGCCGCACTTGGCAGAAGCAGTTGTCAGGCTTCCAGTCCTAATGCCATTTCTGGGACATGGACACAAAAAAAATTAACTGTACAGTCGATCAAGTGGGGTGAGGAAGGGGAGAGGAAGCAGTTCTGGGGTTTTTTTTACTCTTGCAGTAAGCTGCTCCGTTAGCTTGATAATCACTGCTTTAGGTGTTAGGTACCAAAGAGCTCTTCTGCAGTCTGAGTTGAGATCGTGTCCATAAATGTGTGTGGGGTTAAGATTTCCACTGAAGGAGGGATTGCAGCGATAACCATTGATGCCTAACTGTGTAAATCCATTTTGCTGAGTGCGTGGAGACTGACTTTGTATTTTCTTAACACCCCAAACAGCCTCAACATAGCGAACCATTGTGGTAATGCTGACCTACCTTTGCCTGTGCCCTGGGATCTGGAGTTTCTCCCTGTGTCATGAGACAGCCTGTTCTGTGCAGAGACTTCAAGTCTTGATGGGTTGCTTTGCTCTGCTTTCTCTCTGTTTGTGCTTCGTGGCAGACTGATTCATGATGTTCTTTGTTGGAAGTGATTTTCCTTCCCTCTGACAGCTGCACAAGTTCTCTCTGGAAAGATGGTTTAGTGGGAAGGGTTTGTTGCATTTTAGCAACAGCAAAGTGTGCAGTTGAGAAATGCTTCCTTGCAGTATTGCAGGTCAGAGCTGAAGTTCTGAGACTGCTCAGAGCATTAGAGTGAGAATTGCTGAGATCTTGACCACAGTGCTGTTCCCTTTAGTTCATGAGCTTTAGAACACGTTGTCTGAACTAATTTTGAGAGGGAGGAGAATTTCCCACTGTACATGAGCAGTCAGACAAAATCAGGCCTTAAGATCTGCATTGCTCACTTGTCCTAAGACAAGAACAGCACTTACCAGATGAGCAACCTACAACTGCTGAGGGATCCACCCAGCTCCCTAAATCTTACTTTCATTATGTCTCTGTTTGTCTCATTACTCCATGAACATAGGAAATGGGTCATTCCCTCTTGACTGTAACCTCTGATGTTTTGTCATCTTCTTGATACATAACTTTGTAATTGTGTTGAAGTACACAGCTAAAATCTAGACTGTGTGCCTGGTGGAATCTTACTTGTGAGTCAAGTGTTAGCACTGCTTTGGTGTCATGCATGAGCAAAACATCTATTTATGTATCCCAGTATGACTGCTGTTGAGTTGTTTTGGCAGTGGCTCATTTCTTGGTTTGTAGTCCATTGTAATCTTAAGCTCAGCCCTGAAGAATCAACACTTAGTTCCTTATGCTGTATTTATCGAGTCAGTTACTTCTGAAGAGTAAACTTCATAATTGTTTTCCTGCATTGTCCCATAATTTTCAGACCATTACTTCAGTTTGCCAGAACCTTTCAGCGTTCTAGTCCTGTTCTCAAATATGTGGCTCTTAGTGTCTTCTGCAGATTTAATAAGCAAGTTCTATTCCATTATGCAGGCAATTACTGACAATATTGAGTAGAAGTGAACCCAGGACAGACCTCTCTGGAACCACACTCAGTGTTCTTTCATTTTTGACAGGAAACCATTAAGTACATCTCAATGCATGTTTTTCCAATTAGTTATGCCTCCGTGTTGATAGTTTTATCTAGCTCATGTTTCCCAAGATTTTCTCCTATGTGACTGTGGGAAAGCTATTGTAATTGAGCAGAACTTGTGAGACCTATCTGTTCTCTGTTCTGAAAATGATGTGATCTCCTCCAGGCAAATGTTTACTAATTCCATCTTCTTTAAGCAACCTGTACATTTTCTCCTTTATTTTATTTTTTCTTTTTTTTTTTGGTAGGGAATAAAAGTGGTATTAGGTCTGTGCTCTTCTGGTCCTTCCTATTCCCTTAAACGCAAGCTTATCTAGACCCACTCTGAGGTATCTTATCCACTGATGGTCCCAGTTGTGTCACCATTAAGAATCACAGGATGTACTGCTTTTTGTTTAGGTAAATTATTCTTAGAGTACATAAACAAAAGCTGATATCTAATGTGGGACTAAGGGCGATATCGGAAGAGTGTTTTTGAAGATTACTTCTCCTCCAGGGTAATGCTGTGAAGATGCTGTTAGCTGTTTGATCAGATGTTCTTACGTGGTAAGCAGCAGGTGAAAGCACGTAAATTCTGACAGCAGCAGCGTCAAACAGGGTAGTTTTGTGTATGCCTCCAGGTGTCCCTTGTGAATGCACTGTGCTATTGGCACTGTTACTTCCAGCATCCACAACAACCTTTGCAGAACATCTGTAGGAAAAAAAATATGTGCGGAATGATAATCATACTGTGCAAAATAATGGAGCAAATGTTTGGTGAGTGTGAATAGCCTGTTTTGTGTGCTCAGGGAGGAAGACAGAGGGTTGAAGAGCTTGTTGGATAGCCAGGGTAGTTCTGAGAATAGTGGTGCTGTGTTCTAGCTGGATAAACAGATGAGTTTGATTGGTGTTCGAACAGTATTACATTGCTTTGTAGTTCACTAGTCATATTGCCGTGAAAAATACAGACTTAGAATGGCCTGGGTTGAAAAGGACCTCAAAGATCATCCAGTTCCAACCCCCTGCTATGTGCAGGGTCGCCAACCAGCAGCCCAGGCTGCCCAGAGCCACATCCAGCCTG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Seq C2 exon
GGTGACAACTTCTGGAGTAATGGAGGGCATGAAGAAGGTCAAGAAAGTGGTGAATGGTTCAGCAGAGCCACGGGGCGAGTGGGAAAGCACAGCATGATGAACTGGACTAAGGCAGCACTTTCGCAGAAACTTTTTTAATTTATTAATATTACTTTCAGTGGAAAGGGAGCATTTAGCACTTCCCAACACTGAAACCGCAGAGTGGGGTGTGTCAAGGGGGAACAAAGCAGTGCAGAAATCTAACTATTCCTCTGATCATAAAAAAGGCATCTCTTGGTACCTGCAAGGAGTGTGAAGCTTTCCTATGGGTTTTGGGGCAGCTTATTCTTTTTTCCCCTTTCTGGATCAGTTTGGTATTCTGAATTATTTGCAGTTGCATTCTTCAGAATGTGCAAGTCTAATGTGAAGAGAGACCTTTAGTGTGTATGTAAAGTATATATTTTATATAACGTGCATATATATTTATATATACACACATGCTAAGTAACACGTATGCTGGGAAATGCAAAGTGTCACAGAAGGTGGGGAGAAGAAGATGAGATGTAAGTATTTTTTTTATATAGACTTTCCTTTTGGCTTGGGCAAAATATTGCAAAGCAAATGAGTTGAAACAACTGCAGTTATTTAAGGCTAAGTGGGCTATTGGATCAGGTGACTTCCTCCAGTCCTCACATCAGTTGGAACGTTGATAAGTGTCTTGTCTACTTTGTGCAGGCTTTTACTTGAATATGTCAGGTTTTCAAATGTATTGCTACGTAGGAAGCAAGCGACTGTTTTCCATTAAAAGCACTAACCTGTAGCACAATAAGTGTTAATGTAGATTCTCCACTGCTAATAGGACTGCTCTTGATTTGCACCCACCTGACGAGAAATACATGAGGTGTAGGACTGTTGCCTACTTCTTAGGGGTCTGCCATGCTATCTTAAACCTGGAATTTCAAGCCATGACCCAGAATACTTTGTTCTACATTCTAAAATACTTTCAAGATTTTTCAGAAGATAATCCCTGGTACAGTGTAAGAGTACCAGAATCTCCAATGGGAATCAAACCCACAAATGTACTGCAGCATAAATCTCTGGTTCTTCATTGTCCTGAGTTGCTTTGCCTCTCTGGATGGCTACGTATACCTCCCTGGCTGTGTAGAACAGTGGCATTGCTGTTTGAGAAGAGCTGAACTGGTCAGAATGGTATTGCTGTCAAAACCAGGCAACTGCAACTCCCAGTCTAAGTGGTTTTTATTTTTGTTTTCCAAAAAGGAGTGAATTATGGCTGGAATACACAAGTCTTAACTATCAACTGCAAACCTGCAGTGTGATCTTTAGAGTCATGTTACAAATGCTGTGTGTGTTTCATCGCTAGCGTTCTGGTGTTGCTAGAAAGGCACATTGGTGCCTGTAGCTGTAGTAGTGAGGCATAGCAATTGGTTGTTAGTTTGTAGGAGGATAGAAGTGGTTCACTGATGTAACAAGGATGAGTTCTATGAAAAATAAATGAAGTATAACTCATTGACCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004052:ENSGALT00000006449:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.125
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF068148=Lung_7-TM_R=PD(8.2=57.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]