DreINT0074568 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000017311 | gpsm2
Description
G-protein signaling modulator 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1169]
Coordinates
chr2:45649612-45657225:-
Coord C1 exon
chr2:45657182-45657225
Coord A exon
chr2:45649834-45657181
Coord C2 exon
chr2:45649612-45649833
Length
7348 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTGGT
5' ss Score
6.36
3' ss Seq
ATTTTTACTGCCCCCTGCAGGAT
3' ss Score
9.87
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCGTACGTTACTGAAGTCAGTGTTAACGTTGCCCATTTTGAG
Seq A exon
GTTGGTGGTGTTTTCATGTCGTTATACATTCTTTACGAACTGAATACATATTGTTCTTGCTTAATCCAGGGCTTTCTTTTACTGTTTGATTTGGGAGCGAAAAATGGGTGTAACGTTAAGTCGTTTTGTGAATAAGGTTTGGCTTGGTGACTTTGGCTGAACGTTACAGTAGTTTTTCCAGAAATTTAGGTTTTGTGTTTACATACAGTATAATTTTTGCTTGTAAACATTCGTCAATGGCAGCATTCTTACTCGAATTGTTCTGTGACTAACATGCATGTCCTCTTGGAACAGTCTACTGGGAAACTATGTTGAATTTGGCAAATATTTATTACGAAGTGCTTGCAATACTTCTGTGTATAAGGGATCTTAAAGGGTAACCAGCTGGGAACTGCTGTGAAGTCACAGTCATGTATTTGTGATCATGATGATGAAGTCATACACTTCCTGTGTGTCATGGAAGGTACAGCTTGTGTATGTCTTCTTGTTAAACTCTATTCATGTCTCATCTTGTCAAGCTAAAGCTTTGAGATGCACCGAGAGCCAAACAGAGATGTTTCTTGACCTCAGAATTATGACACACAAAGTTTTGTAAGTGACGTTGTATTGCTTTAGGGACTATTGTTGTTTATCATATAATTTGTCTGGATGATTAAAATGTGAGTTGCCTTAAAGTAGGGCCTGTGGGCCAAAGTTGGCGCATGGTAACCTTTGATTTGGCCCGATATCCTATTTGAGAAGAGAGGGAGAATGTTGGGGATAGTTTTGAGATTGTCCATTTAAATTTAATGCAAAATGATGTTGTTGTTGTTGTTGTTAAAATGTGCCTGAAATCAAATGTTTCTATTAAATGGTTTAAAATCATCAGATTTAGTTGTACATACTGTCACCCGACAATGCAAAGACTTTGGTAAAACAAATCAAGTCAAAGGCAGATTCTGCTTGACTAGTGTGTTCAGCATTAAACATTGCTGTGTTATAAATGTAATTGTGTTTTTATTGCAGTAAGTTATTTAAAAAGTTATACTGCACATAGTTGATACAATTTAAAACAATGCTTTCTATTTATTTTGAAATGTTATAAAATAATTTAGGAAATTACCTATGGCAACTTTAATATAGTTTGGTATATTTACCTTTGGCCCACGGCTCTCAATAATTTTTGGTTTTTGGCCTTCATATGAAAAAGTTGACTTATCGTTCACAATGCTTCACAGAATTAGACTGGAGCTAAATGTTTGTTCTTAAACCCTCTGATATTTTTTTGTAGATTTATGGTTAATGTAGTTTCTCTTCATGATTGTAAATAAACCTGATTATTTTACTATATACCACAAACCATCAACAACCAAGTAGCTGACAGCAGTTTTTACTTTAATGGATCACAGGTTATGACTTTAAAAAAAAATCAGTTTTCCAATGTAGAAAATTAACATTTTACTTTTGGATCATGACTATTCCTGACCTACTTTTGTACTCAGTTTCCTCAGAAATGAACTATTATGTTGAGGTAAAGTCAGGGCTGCCTGATATATATTATCGTTGGGAGCCGAAATCAAAACTGACTTGATTATTGCACAATCCTAGGTAAAGTAATATAATGTATTAAAATGTATTTTAATCTGAACTAAATAATTTATTTTGTAAATGCATGTTCTTCTGGTCATTGTCAAATATCATATCTTCATCTTTTGGTGAAAATTAGAGACGTCTTTCTGTTGATGTATTCCAAACTTCTTTCACTGCCAACTACAAGCTTGCGTTTATTTTTAAATTCAAAGGCCTCTTCTCAAAAACCACTCAACAACCAGGTGATAAGACCAAATAGTACTCTCGAATGTGAATATGGAATAAAAATATGTTGCTGCTTTCATTTGATACCAAATTTTTTATTGCTTATACCATGCACAAAATATGATAGACCTCAACAACAAAACTGAAACATCAATATTCTAAATAATGCAAAATTGTGTCTTTCTATAAACAGTTGCAGTAGAGTAAATGGTTCTTTGAACATGGCTCTATGGTTCCCCAAGCTGATTATCTTATTTTTAGATTAGCTCTGCAATGACAAATCAGCTTTCCAAATGTCACAAGGGTGCAATATGTTTGAAAATGACTGACAGTCTCTATTACATTGTGAAATCTATTTTTTTATTCCCTTGTTATGACTCTTTTGCATCTTTGGGGCTTTATAAGAGAAGGGTGAACAAAACTTCTTTCATGTCACCAGCTTGATTGCGTTTTCTTTTACGCTTTGGCATGCATTGCAGATAATCAACTGTGTTTATGGGCTGATCCCAATTGCTTCCTTGGTTCTTGTTGGGCCCCCTTGATTTGGCTTTCCCTTACACCGACAAACACACATACACACTCTTAATATCTGCCTCCCATGCATATATCTGCAGTTCAGTGGGTGTTGCCATGGCATTACGCTCAGAATGAGGCTTCACACTCGGCATCTTGTGTTCTCTTCACAGAGAGCTCCGGAAGAGTATCCTGGACAAAACGCACATCACACACAAACACACACTTCCCAGCCCCACTGCTGTGGTGAATATTAGCTGAGAGAAACCCCAACTGTTGTGCACTGGATTCCACCATCGGAAAACCACTTTGTAAGGGCAAAAACTTTCAATATTTTGTTCTCTCTGGGACGCACAACTTTTCCCTAATGGATTACTTTCTGGACTTGGCTCGGATCAGCTCTTCATAATGCTCTTCGATGGCTGTGAGCAGTGCAGTGGTTAGCATGCAGAATGAAAACCGAACGTTTGTCCACTACAGGTAGGCACGCAACACTTGATTTGTTTTCCATTAGCGTAATACACTTTTTAGGGGTTTTGAGGTTGTTCAGTATTAAAACATTGACGAAGACACCAAAAGTGGACATTGTATGTGTCACTTAACCATGGTGTTTTGATTTTGCACATAGTTAGTTCTCTTAATACTTGAAAATAAATCTAAAATTGGGTTTGTAAATGAAACTGCTAATTGTTTGTAAAAGCTTTATGTCCTAACCAGGTTTAACTAAATTTGATAGAAATCATGTGCGAAACCTAGCAGTAAAATAAATACAAATGTTGTATTTTTATCAGTTGTAAAAGTTTTTTAGGTGGTTAAATGTGGAATTAGATTGTGTTGTTTGTGAGAGAAGCACCAGGTGTGTGTTCATTTAATCAATGTTTATTAATGGTTTTAGTCTTTTAAGAAGATTGCCTGTTCTGCACCTCATGATTTTTTTTACTTTATTACTAACTTTATAAAGCAATAAAGCCAGTTTGAGTCCAGGTCAGCTCCAAGACTAACACAGTGGTGTACACCACAAGGCTCCATTAGGGATGCACAATATTGGGGGAAGGGCTGACATTGCGATCTTTTTGTTTTTCTGCGATTTATATATTGCGATATAATTTCAAAAAATAACTTTTGAAAAATTCACAATTTTACAATGATCATGATGATTTTGTGAGGGAGTGCATCTGCATAAATTATACACAATTATACAAAAACACACAAAGTAATATTATTTAAAGCACAAATGAAAACGATAGAACAAAGATAAAAATGATCTTAACAAAACTATGGTTTAGTCTGACAGTATTGAGATATAGAAATTCAATAATCAAATGTAAAATAACAGCGTCTTATTTTTATAAATATAAAATTTATATATTTTTCTTTAATGTTATATAATTTATAGACTTTTTCTTCTATTTTTAAACCTAATCTAGTTGTTAAAGCAGAAAACGTAATAATCTCTTGTGTCCAAATGGTTTGAATGTACCTAAAATCTCTTGAAATCCTGTGATGTGGCTAGGGCTGTTCTAATTGTCATTTTATTATTATCATTTTAATATTATTATTATTTTTTTTTTTTATAGATTTTGCGATTTGATTTACGATTTATTCCAAGCTTCAAATTTATTTTAATTTAATTCAAGCTTCAGCTGAATAATCTAATCTTTGGCAACAATTCTGTCGAAAGCCCTTAAAAATTACCTGGTTTTGTTCGGTGTCTGTGACTTTGAAACCAAAATATGTCCATGTTACAAATGCTGTTTTTCTTTTATTAATTAATTTATTAATGCTTCTGAAGCAGCAGACACCGTAATCCCACTTGTCAGCACTTTCCTGTTTGTTTTATTTTTTTATTGTTGGGATATTTCAGGTGCGCAAGCAATTCTTATTGGGCAGAACGAAAGGGTCCTCACTTTTTTGTCTAGTTATAAAGCCCCAGTCAAATCACACAAATATGGCACAGTTTCCTTGACGTAGGCAGTTGTTAACGACAAATGGATGTCATGACACAAGATTTAATCGTTTCTTTTCGTGTAATGTTCATGATAGTTCATGACCATCGACATGTCTGTGATGCCTCACGAAACCATTGACAACAGAACGTCTAGCATGTTTAATTTTTGGAAGCATATAGTGGACTGATTTTGAAGCACTTCACCTCAGATGATATTCTTTATTTTTGTTTAAATATACACATTTCATATTGCAGTCTGTTGCGATTAACTAATCGCAACGTTTCAAATTGTGATTGCGATTAGTTTTCGATTAATCGCATGGGCCTCTAGGTGACTATTGCTGATTCGCACACTGCATTATCTAAAACGATATATCGTGCAGCCATTCCTTCCATCTCATGAATTGTTCTTTAGTGTACTACAAAAATCTATGTTGCCACTGTGCTTGAAGAAAATAAACGTCTGTATCATATTAAAGGCAAATAAATTGTCTAATTTAACATGTCTGGGGAAAAAAGGTCAAAATATAGATGAAATAATGTTATCGTTATTCAACATATATTTATATAAAAAGATACTTGTTAAACCATTGTTCTGTCATAAAGTGGATTTTGGTATATAAACTAAACTTGCAGTATATTACATTTTGGAGTGGGTCTTCTGTAAATCATGGTCATATTGTTTGACAGTCATTTTTTTGCTTTATGCGAAAACGTATGAATGAACCAGATAAACATATGTATA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Seq C2 exon
GATGGAGGCGTCCTGTTTGGATCTGGCTCTGGAGGCAGAGCGTCTGTGTAAGGTGGGAGATTACAGCGCCGGTGTTTCGTACTTCGAGGCTGCCATACAGGTTGGCACAGAAGACCTACAGGTTCTAAGCGCCGTCTACAGTCAGCTGGGGAATGCCTACTTCCACCTGCACGACTACAGCAAAGCTCTGGAGTTCCACCACCATGATCTTACACTCACTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000017311:ENSDART00000024034:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0206410=MAS20=PD(76.9=80.0),PF134241=TPR_12=PU(62.5=46.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]