HsaINT0071942 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121957 | GPSM2
Description
G-protein signaling modulator 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:29501]
Coordinates
chr1:109427897-109439707:+
Coord C1 exon
chr1:109427897-109428200
Coord A exon
chr1:109428201-109439485
Coord C2 exon
chr1:109439486-109439707
Length
11285 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TGTCCTGTATAATTTTGTAGAAT
3' ss Score
8.01
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATGTTGCTGAAGTGCTGCTGAAAGGGCCAGAGATGCAAGGATTTGGGATACATTTTGAACCTTTAAGCTGTCTGACATTGACCTCCTTTCATTATTAATAAAGAAGAATCAGGAGCTTAGGATGTATTAACACCAACTCATTAATATACTAACCGGACAATGTTCTACAAACAATTCTACATTGTAAAGGACTGGATTGGCACAAAATAAAATAATTTTATTTTATTCAGCTTATAATATGACTCGATGGAGGAAAATTTGATAAGCATGAGAGAAGACCATTCTTTTCATGTTCGTTACAG
Seq A exon
GTAAGACTATTGCTGTCTTAATGGATGACTTTTAATCCTTATTTTAAAGTGTTTTTAACTCTGATGACCATTTCAAGTTTCAGTTGAAAATACTCAAATATACCAGCCATAGTATTGTCTGTAGACAATATTTTCTTTTTGTTGTAAGTTTTCCTTTCTGTAAGAAAATGATAGTAGAGACCAATTATGTACTATGGTTTGTTTAATGTTCTCTGGAAGAGTTTATGAATAATTTCTTTATAATTTGTAACTTTTTATGTAATGCAAATATGTAAATGAAATATGTTTGAAAATCTTTGGGGCTAAAAGGTGGATTTTTTAAAAATGTGGTCAGCTGAAGGACCAAACCTTTGCATTGTAATTTAATGTGATCTTTTAGACATGAACTTTTTATTTTTGATTTATTTTTATTTTTTGTAGTGTATTGTTTTGATTCCCTTCTCATTTCCTTTTTTTGTATATTTTTTATTTTATTAATTTTACTTTTTCTATATTATCAGAGATGGGAGTCTCACTATATTGCCCAGGCAAGTCTCAAACTCCTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCAGCCTCCAGAGTAGCAGGAACTACAGGTGTGTGCCACTGCACCTGGCTTTTTATTTTATCTTTAAAGGAAATTTTATTTCACAACCATTATTACTGTTTTAAATATGTACCTAATCCACATTAATATAAATACATTATTATTAAAATACAAACAAGCGCTGTTCAAAAGAAATGTCATTTTTAAGCTTAATGTCTAGTGACATTTTGTGTTGTTTTGCTGATTTAATACTTAAGACCACATTTTTACATGAAGTAGTGGTTTGGTAATCCCTAATTTACTCCAGAAAGCAAGTCAGGCTGAGGAAAGGCACCCACATGCATTCTCTCACAAGCTTCACGGTCCCTAGGGAAATGGCCTGGCTCCTCTAGGACTTACAGTGTTCCCTTGGATGCCCAAATGGATTGTCTACATTCCTGGTAGAAGGTTGCAGATTGTAAGGACCAGTGTTCCCACCTTTGTTCTGCATCCACAAGTGTCTTTCACAAATACAACACACTCCCTTTGGCTACACCTTATATATAATAGGTTATGCACATGTATGTGTGTTGGTGGGGGTGGATGCTTCCCACTGATCTAGATCAGGATCCAAATCAGACATACACATCAGGAAAGGAGGGAAGATAGCCAGGAAGTGATAGCTGGGCAGAATGAAGGTACAGAATGGGCAGGTCTTCCTGATTTTTCAGAAGAGCCCAGGAAATCTGAAAATCTGAAGAGTGTGTGTGTGTGTGTTTTTGTGTTTTTGTTTTTTTTTTTTTGGAGACAGTCTCACTCTGACGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGAGTTTGGCTCACTGTAACCTCCGCCTCCCATGTTAAAGCGATTCTCTTGTCTCAGCTTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGGCGTGTGTCACCACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGATACAGGGTTTTGCCATATTGACCAGGCTGGTCTTGAGCTCCTGGCCTCAAGTGATATGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCATGAGCCACCAAGCCCGGCCGGAAATCTAAATCTTTATTGTGCTGTCTCCAAATTCTGAAATGTTGGCAGCTAATGCAAATTTTTTTTTAAAAATGTGGGTTGAACATTTTAAGGAGGAGAAAGAGGCCTGTAACAGACACAACTCTCTAAAAAACCACACAGGCAGGTGGGGGAGGTAGAGCTCAAGGTTTTGAGAAAGCTGCTCTCCAGGACGTAACATACACTTACCCTGGGACTCCGAGGCGCTAACCCTCCTGCACCTCGAGGCCCAGAGCACCAAGTGCGATGTCCCCATCTCCTGGCCTTGCCCACCTCATTGCCCTCCATATCTCCTCATCACACCTTCGATTCCCCAAACCCCATAGGTTTCTCTGCCTCCCAGACTTTGCCCCTTATTCCTTGGATGGCCTAGAATGCCATTACCTGCCATCCTCCCAGGCACTGCCTGTTGCAAGCCAGGCTCCCATTCTCATTCCTCACTCCTAGAGGGTTGCATACAGACCTTCCTATTGCACCCTTCTAGATGGGCTGCTTAGGTCAGTGTCACCCACAGACACCATGCACCCAGTGACAGTCTGTGAGAGCATGCAGCCTACCCCCATCCGTGTGTGGAGCTCAGCCTTCATAAATGAGCATCTTGAAGGAATGGGTATTAAATAAAGTCGGAATAGGTGGGTACTTTGTAAACATGATAACCAATAGCCAGTTTAATATTTAGTGTTAAATATTAATGACATCTCTAATGCAATTAGGAACAAAACAAGGCTATCTGCACTATGATTATTAATATTCTGCAAGTTCTGGTAATTGCACTAAACGATAAAATAAATGCAAACTTAAATATTATCATCATTTAATAAGGTGATTAGGGAATATGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTGAAATGGAGTATCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCTCAGGTTCAAGCAGTGCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGTGTGCCACCATGCCCAGCTAACTTTTATATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGGGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACTTGGCCTTTTTTTCCCCGTTGAGACAGAGTCTTGTTCTGTTTCCCAGACTGGAGTGCAGTGGCATGATCACAGCTCACTGCAGCCTCAACCTCTCAGGCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCTTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCTATGCCTGGCTAATTTTTAAAATCTTTTTGTGAAGATGCGATCTCACTCTGTTGCCTAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGGCTCAAGCAGTCCACCTACCTCAGCCTCCTCAAGTGCTGGGATTACAGGAATGAGCTGCCGTGCCCAGCTGGTAATAGATTCTTTATCAAAACTGTTACAAGTTAATTATTAGATGAACATCAGAATATAGTAGCAATTAATAGAATTCAAAATCTCAGGAGGGTGTACCAAATTTTAGATGTCTTAACATATTTAGGAAATGGGAGATTTATCATCCTGTAAATAGTTCACGTTAGGAAGGTTCATGCCAAGGAAGTTAACATAGGTAAGATGAGGACATTTCTATTAAAAAAGAGTTTCAAGTAAAATAAAATGGAAGACATTTAAGATAATTAAGATGAGCTTTTAATATACGAAATGCTGCCATCCTACCCTTTACATAAATTTCCAGAAACCTGGGAATTATATACTTTTTTCTTTTCTCATTCTGTATCCAGCATGAAGTATTGCTGGTTTCATCTCCTAAATGTTTCTCAGATTCATCTACTCATGTGCATCCTCCCAGTTGTTTGAAAGGCTTGTTCCCCGGTGCTGTAAAGAAATAGCACTTGAACATAAATTTAATTTATTTAGTAAGGCCATTTTTACTTGCTGCAGAAGGGGTACACTCATCAGCAGTTTTGCCTCGAGAGTACACTGAACAAAGGAGACAGGGTCATTTATAACCTGATGTATCCACCCTACTGCTGTGTCTGGTTTCCATTAACTGGAACGGGACCTCACATTCTGTATTTGTCCCGATTGGCTAGCAACTTAGAACTTTTTAAAAGAGGCAAAGGTAGAGGGGAACAAAGGAAGGAGGAAGTAACTTGTGGAATGTTGAGAAAGATAAAAACACTTTTAAATAAGGAAGAGGAACAGGCTATGACCTAATGCTTGCTTGGACCAGTGTAAGCATGCTAGGGCAAATACTTAGGCTAAATTGTGGGAGCTAAGAACATAAGGTACATTGATTTCCTTATTACCGCTAGCAGATATTTAAGAATGTTAACACAGTTCTTTGAATAAATTTTGCGTCTAAGGAATAAATACTATTTATTCCTAATTAGATGGGGAGGAAAGTCTTTGAAGAGGAACCTTTACTTTACTTTTTACACCGCCATAGCTATAATTGAGATCCTCAGGATCTTCTTTCCAGACTGCCTCCATTCTTCACCTCTTGGAACCCGTCGTTTTGACTTGTCACTAGTGGGCTCAATCTCAAAACACAGAGCTAACCGTGCAACCTCTCTGCTTAATACCTAGGGTGGCTCCTAGTCACCCGGCCAAGCTGAACATAGAACACAAGATCTTCATTATCTGGCTTCTGCCTATTCCTGGGACCTTACTTCCTGCCATTCTTCACCTTGCACTTTGAGCTCTGGTTTCCTGCATGTCATGCTGTTTTATATTTCAGTGTCTTTGCTCATGCTATGCCCTATGTTGAACTCCCTTCCCACTTTCTTTGTTTAGCTAATTCTACTCTAAGATACAGCTCGGAGATTATCTCCTCCTGGAAACCATTTCTAAGCTCCATAGTTAGGCTCTGTGGCCTCCGTGTGCTCATATTACAATCTGTGCATTTTTCTTTCTTAGCACCAACTGTATTAAAATTAAGTTAATCTGTTTTTATGGTGCTCCCTTCCTCCTCACCTCTCCCTTTGAGCATTAGCTCCTCAGCTGTGGTCACTCCTCAGCAGCCATGATAATTAGCATGTTGTCTGGCACATATTGAACTTCAATGGAATATGAACGTAATAAGATGTTTATCTGTCTTGCTAAATGTTTTGAATAGTATTGTGCTTTCTAATATGGTAAGAACAGTAGATAAGTAGGAATGGCTTGTACCTCTGCCTGTTGGAAGATCTTAGAATTGTCCTTTTTCTGTGATACAGTCTAGATCAAACATGGTTGCACTTTGCTATAGGACTTCACCAAGGGAAACTTAAAAATCTGTACTGTCTGTAATAGGACTATACCAAACAAATCTCTGGCTTTATCAGTGCTCTAAGACCAGCATTCTGTATAT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Seq C2 exon
AATGGAAGCTTCTTGCCTAGAGCTGGCCTTGGAAGGGGAACGTCTATGTAAATCAGGAGACTGCCGCGCTGGCGTGTCATTCTTTGAAGCTGCAGTTCAAGTTGGAACTGAAGACCTAAAAACACTTAGCGCTATTTACAGCCAGTTGGGCAATGCTTATTTCTATTTGCATGATTATGCCAAAGCATTAGAATATCACCATCATGATTTAACCCTTGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121957-GPSM2:NM_013296:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0206410=MAS20=PU(21.9=84.2)
A:
NA
C2:
PF134141=TPR_11=WD(100=96.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)