DreINT0078033 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103658 | hivep1
Description
human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-512]
Coordinates
chr19:3449753-3461679:-
Coord C1 exon
chr19:3461626-3461679
Coord A exon
chr19:3455443-3461625
Coord C2 exon
chr19:3449753-3455442
Length
6183 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGC
5' ss Score
9.55
3' ss Seq
TTTTTTCCCCCTTGTTACAGACA
3' ss Score
10.1
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAAAATAGAAGAGGCACAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAAAGGTGCACACAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ACACAAATGAAAGTACTGGCAGAAACTCAGAAAGCATCAAAGGACTGAAGAGAAAAAAAGTTGTGGCGCAAAACCAGCTAAAGAAGATACCTAAATCTCCTGTTAAAAAACAATCCCAGACCAAGAAATCAATTTCTTCAAACATCTCATCCAAAGAAGCCACACCCTCCTCTTTTCCTAGCAGTCCATCACATGGATCGCCTAAACCTGAAGATGCTGAAGATGGACCGGAGGAGGTATCTGCATCTAGAACAGTGAAAGTGGAGCAGGAGGAGATATCGACCTCAGAGCCACAGGCTCTCAGCCACAAAGGTGCTGCAGCGGAACCTTGTGTTGCAGAGCCTGTGCAGACAGAGAGCTGGTGTGGCGACAGCTGCAACAAAAGCACACAATCTCCCTCTCACACAAGTGCTCCCCTTGAGGTACTGCTCAAGGCTATGGAGCCAGATTTTATTGACTTCACAGAAAGGAAGAACAGCAGTCCAATAGGACATCTTGGAAAATCTGCTTCAAATCCCGTCACCTATTCAGACTATGCCGTAGCTATGCCTGCTGTTAATTTCAACATCCAGTCACAAAACTCCTTCATGCAACCATTCAACGCAGCCAAACAGTACTACAGCAGTGTGGCATCTACAGGTCAGCACATAACACAGCCGTACATGTCTGGAAATCGTCAGCAAGAGAAACCAGGAGTCCAGAAAAGCTACAGTGTTGGTCCTTCGCTTACCTTGATGCACGCACCTGTTCCATCAGGATCAGGTGGTTTCCCACAGAGCCAGCCCCCTGTTGTTCAAACATGCCAGTCTTTGTCAGCCACAGTACCCAACTCAATTCAAGTCCCCGTTACACCAGGTTACAACCCTGTTCAAATGACAACGGTAGTCAACTTTGGTGCAAGTCAGGTATCTGATATCTCCGCAAAAGATCAAAAACCAAAAAAGCAAGGGAAGTATGTCTGTGAATATTGTAAAAGAGCTTGTGCCAAGCCAAGTGTGCTTCTAAAACACATACGTTCTCACACGGGAGAGAGACCTTATCCCTGTGTGACATGTGGCTTTTCGTTTAAGACCAAGAGCAACTTATACAAGCATAAGAAGTCTCATGCGCATGCTATCAAGCTAGGTCTGGTGAAAGACTCTGGAAGTGGTTCCCTCTCCCAAGAGTCTGACAAAGGCCTGGCCACACATTCAGATGTTGATGAAAGTGGGGACAGTGATGAAGAAAGTAGTGCAGCTGACTTGGATGCAGATTCTTCACAGAGCAGCCTAACAGCATTATCTGAGAGCAGTTTGCAGAGTGCCAGCATGATACAAGGAAGCCAAGCAGAATCTGAGCATTCACTGGTGTTTGAAAATCTTAAACCATCAGCTACTCAGAGAGGATGTGAGCCAAAGGTCACTGCCGCTCTCCCCAAAGTGGTAGTCCACCCTGTAAATGTTTCACCTCTGCGTGCGGACAGCCCTCGAGTTACAGATTCAGCACCTGAACAAGCCACAGCCCAGAGGCAGAGAGATTTCCAACCAACAAATCTAAGGTCAAATGTAACGGTTCTATCTTCGCTAAAAGAAGTGGATTGCACAAGTCCTCCACAAGATTCAGTCAGTGACGATGAAGATCAGCATTGTAAATCACCACTAGGAGGCAGCCATGCCCAGCTACAAAGGCAACAAGCAACTGATTACTCTCAACAGGCACAAGTCAAGTGCCTCCTTAGCCCTCGGAGTCTTGGGAGCACTGACTCTGGCTACTTTTCACGTTCTGAGAGTGCAGATCAAGCAATGAGTCCTCCAAGTCCTTTTGTTAAGATAACTCCACCAGGAGACACGGACATTACAAAAACCCCACACATTCCTCCTTGCCCAGTTGTGGCAGCTGTCATGCATGTAGCAACTATTGAAAAGCCTCGAGTTCCTTCAGGACAAATGCGTCCTCCATTGGAAACCAAAGCTCTATCTCTCGAGGAGCGCATTTCAAAACTGATTTCAGACAATGAGGCTGTTGTGGATGATAAACAACTAGACAGTGTCAAACCTAGACGGACTTCCCTTTCTCGGAGAGGTAGCATTGATTCCCCCAAATCCTACATATTTAAAGACTCTTTTCAGTTTGATCTCAAACCACCGGTAAGAAGATCTAGTTCTAACTCAGACATACCGAAATCTCCTTTCACTCCTACAGACAAATCCAAGCAAGTATTTCTCCTTTCTGTACCATCTCAGTATCCAGCCATGGAATGTTTACCAATAACAAGAAGTAATTCCATGCCTACCACACCTGGTCAGTCGGCTCTCTTCCCCAATGTAACAACTCAGCCACACCAACTAAGGATCTGTCAATCGTTCGATGACAAGATCAGCTCACTAAATGATGATGTATTCTCTTCTGCTCCCTCTACTCCCAACCCTGCTGTTCACCCTCGCACACTAGTGAGGCAGATTGCAGTTGAGGATTTGTCCACAAATGATGGTCATGTCCTTATTCAAGTTCATTCCATGGATGAGAGTCATCACGGACCAAGTATTACACATGAGCTGCGAAGTAAGTCTTTTGAGCATGCAACAGAAAGGAATCGAAAACCACAGCAAAACAAAGGGACAATGTATGAATGCGAGACTTGCCGTAACCGTTACAGGAAATTAGAAAATTTTGAAAATCACAAGAAGTTTTATTGTTCGGAACTGCATGGCCCAAAAAACAAGCCTATGCATGCTAGAGAGACTGAACATGAAGTGTTTGGACGTGGAATTCAGCAGCCTCTTTTAAACAGAAATGCAGTAATTACTGGCAATGTAGAGCAACCACTAATGTTAAGAAAAAGAAGAAAAATTAAAAGTGTTGGGGATGATGATGACCAATCTCCCACTGAGACCACACCCCCATGTTCAAGAAGTTTTGACTCCAGCCAGTCTTCTACAGGATCGATAGGGCGGACTAATTCTCACCATACCCAATCTTTAGGTAACTCTGCTATTTTAGGGCAAATACAAATCATTGCAAGGGCTGGAGAACTGCAAGAGTCAAGACTATCTCCAATACGAGAGGCTCAGATAAGCACACCATGTAAAGAACGAGGGGACCTCCAGAGACAAGGAAGTGGAACTTCAGTCATTCGACATACCAATTCCCTAAGCCGACCAAATTCTTTTGAAACATCTGAGTCTATTGACAGGTCATCTCCAGTTGATCCTGTGGAAAAGGAAACAAAGATTTCTGTAAAAAGCCATACAGAGACCGCAGTGAGTTCTTCGCAAAGTTACCATGACAGAATGTCTACACCCAAATGTCCCAGCCAAACTCATGAAAAGCAATCCTTTGCAATTGTAGGTGATGTACCTCCAGTCCAGCAATCTCGGCTTGTTCGCCAGAGCAACATTCAAGTCCCTGAAATATTAGTAACAGAGGAACCAGACAGAGATCATGAAACCCAAGTTGTTGAATCAACAGAAAAACCTGCAGAGACATTCAGCTGGCCTCAGAGGAGTGAGAGCTTGTCCAAACTGCCAACAGAAAAACTCCCCCCAAAGAAAAAGCGCATAAGACTTGCTCAAATGGAACACTCTTCAGGTGAATCCAGCTTTGAGTCAAGTCTCTCTCGTAGCCTCAGTAGAGACAGTAGCTTGTCAAGGTGCTCAAGTATTTCAGCCTCCTTTGACAGAGATGATCCACCAAGATCTGACAGCCCATCAAGAGCTGATAGTGTTGGGAAGCCACCAGAAACTCAAGGGGTTCCTGTAGCAAACAACACTCTTGGAGTGCCAGGCATAATGAGACGTTCTACTTCAGAACAAATCAGCTACACTCAGTCATCAGTGGAAATTTCTTGTGACTATCGTAGCAAATCATTTGACTGCAGCAGTATGTCACCCAGCAGGCCTTTGTCACCAATGCAGACTGCCCTTCCAAAAACTACACAGTGTCCTCCCTCTACCCTGGTACCTCTAATTGAAAGAAGAAGGGGGCCTCTGGTACGTCAAATGTCCTTGAAGATTGCACCAGAGCCTCAAATAGCAGTGAAACAGACTACCCCCATCCAAAGGGTCCCCTTCACCAATGAATGCTCTGGGTCCCAACCTAGATCAGTAAATCTGAACACATCCGCTCTTGCTCAGTGCTTTGCTGTGCACTCAGGAGAGGTCTCGCTACCAAAAAATGAGCAAGTGGTCCAAAGCATTAACCTTGGAGGGAAAACTGAACAACCACAAGTGCATGGCCTTCCACACCCATGGCATCAGACCTCAAGGGTTGTGGCAGGTCATGTGCAACCTCTTGTTCATATGGTAGGGGGTCAGACAGACATTAAAAAGAGTTCTGATGAGAAAAATAAAATCTTTATACCTAAATACCAAATGAACTGCCCAGTACTGAAAACAGGCCAGACATATTCTTTGGCAGGTGTGCAAGGCACACAAATCCCATTGCCAGTGATAACAATACCAATAGCTAATGAAATTAAAGGGTCACATTCAAATGATGGAATGCAAAATGTCTATGTTGCACAATCAAGTTATCAGGCTGTACTCAATAAGCCTTCGATTGTACAGCCTTCTAATGCACAAGTTGATACAGCTTCCCATAAAGTGCCAGTATCTGCACCTGTACCACAGATTCTAATCACCCATGAGCACACCCTAGCATCTGCTTCTGCAGTTTCTAAGGTCAGCTTCCCCATTGCACCTTCTGTGAACAGAGATTCGAAGATTGGACCAGAAATTCAAGCTCAAAAGCAACCAGGCTCTGTTGCTGTACAGATGAAAAACAACATGAAAACAACTGACCAAATCCAAAACACAGAGCAAAGCATCCTTTCCCTCGGATCACTGCATTGTATGCAAAAATTGGCATCTGCAAATTTATGCCCCCAAGAATCCACTGCTTCAAGCAAGCGTATGCTCTCACCTGCTAATAGCCTAGACATTGCTATGGAAAAGACTCAGAAGCGAGCTAAAGATGAGCATGGAGCTGCATGTCTTACTGATGGTAGATCTCTGAACTACTTG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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103658:ENSDART00000172520:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.683
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF065247=NOA36=WD(100=7.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=1.4),PF139121=zf-C2H2_6=WD(100=1.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]