GgaINT1014828 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012739 | HIVEP1
Description
human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:4920]
Coordinates
chr2:62817637-62840599:-
Coord C1 exon
chr2:62840546-62840599
Coord A exon
chr2:62823573-62840545
Coord C2 exon
chr2:62817637-62823572
Length
16973 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATA
5' ss Score
7.96
3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATCACAGATTCTGGTACCAGAGGAAACCCAGATACAATTAAGGGTGTGAAAAGAAAAAAGATTGTGACTGAAAACCATCTAAAAAAAATACCAAAATCGCCTTTGAGAAACCCTACGGAAGCCAAGGTTAAACAAAATATAGACCCTTCACCGCTGAAAGTTCTTCAGGATGCCTCAGAACATGCCACAGCACAGGATCACCTGCCTGTGCAAAATGGAAATCAGTGTACCAAACAAAATGGGGGAGTGCTTAGTAGTGAGATAAGCACTGAAACAACCAAATCTGAGATACCAATGCGGACAAAGCTTTCATCAACACATCAGTCCTTAGACTTGAGTAAGAAGACGGTAGAGGATTCTGATGTGAACCAGTTAAGCTTGCCAGAGAAGAAGTCTCTCTCCAAGTCCTTACCAAGTAAAACAAAGACTGACAGTAATGAATGTATTACTTTTGTTGATGGTAGTACATCATCCCCATGTACACGTACTGCTTTTGATGTCTTATTAAAAGCTATGGAGCCTGAACTGAACACCTTAGCACAAGAGTGTCCCCCTTATGGGATGCAGGTAGAGAAACTGAGACCAAATAAAACTGTAAGCACCTCTGCTAGTCTCGTGTCCAATACAGTGAGCGTTCAGAATCAGTCCGCTTTGTCACAGAATGAGTTTGCAGCTGGACCTCGCTATTTCCCATGTACATTAAACAACGTACATGTAGCAACAGCAGCCAAGAGTGGACAAGCACAGGTCCAGACCATTTCTCCTTCGCAGGATCTTGTTGCTAAAACAAGTCAACAGAATCACCAGGTTGTTGTGTGTCCAAGTTTCACTGGATCTGTGGTGCAACAGCAGAGCCAAGAAAACCCCAAGCTCCAGCAGATATACAGCATAGCAGTAACTTCGTCTGGCATTCACACCTCATCTTCCACAGTAACTCAGGTTTTTCCTCAAAACCAGTTAGTAACAAGTTCATCTTCACCTTTGTCAATTAACACATCTAGTTCAACACATTTGTCTACAGGTCCGATGTATAATTCAGCCCAGATAGCATCAGTTGTAAACCATGGCGTGGAACAAATATGTAACCTCCTGAAAGACCAGAAGCCTAAAAAGCTAGGGAAGTATGTCTGTGAGTATTGCAATCGGGCCTGTGCCAAGCCCAGCGTTCTCCAAAAGCACATCCGATCCCATACTGGAGAACGACCTTATCCTTGTGTGACATGTGGATTTTCATTTAAAACCAAAAGCAATCTGTACAAGCACAAAAAATCTCATGCACATGCTATCAAACTTGGACTTGTCCTGCAGCCGGATTCTGGTGGTCTCTTCTTATCTCATGACTCAGACAAAGCACTTAGCATTAATTCAGATGTGGAAGAAAGTGGTGAAAGTGAAGATGAAGGCACTGCTGATGAAAGACAAGACGATCAGGAACTGGAACCTGCACAAATAGTGAAAGTCATTTCAAGTGCAGAAACATTACAGAAAGAAAGCCCTATCCCACTAAGCAATCCAGACTGTATACTGGGTGATACTTCGTTACATGATACAGAGCCGCAAGTAAGGGCAGCTTTACCAAAAGTAGTAGTTCACCCTGTAAGTGTTTCTCCGTTAAGGGCTGATAGCCCCAAAGTAAAAGACCCAGCACCTGAGCTTGCAGCAGCACAGAGAAAAGGAGATTTTAAGGCAACAAATCTTCAATCAAATTTAACACATACAGTGTCACTCAAAGACAGTGACATAAAGCAACATCAGAAAACAGAAATGGGCTCATTAGAGGAGCAGCTGGGATCTGCAGTTGGAGCAGTGCATGCTCAGCTTCAGAGACAGCAGGCAACGGATTGTTCCCAAGAGCAGCAGGGAAAATGTCTTTTGAGCCCTAGAAGTTTAGGTAGCACTGATTCTGGTTATTTCTCTCGTTCTGAAAGTGCTGATCAAACAATGAGCCCACCAGCTCCTTTCGTAAGAGGACTGCTGACCTCTGAGAAGGATTCAAATAAGAGTTTGCCTTCTGTGCCACGTACAAGTGGAGTGGTAGCATCAGTGGTGCAAACCGTTTGTGCTGAGAAAAATCTAATTCTTTCTGGCCAAATGCGACCACCCATGGCAACAAAAACCCTCGAGGAGCGTATCTCGAAGTTGATTTCTGATAATGAAGCTGTTGTGGATGACAAACAATTAGATAGTGTGAAACCAAGAAGAACATCTCTTTCAAGAAGAGGAAGCATAGATTCACCAAAATCCTACATATTTAAGGATTCTTTCCAGTTTGATTTAAAGCCCATGGGAAGAAGAACTAGTTCAAGCTCTGATATACCAAAGTCCCCTTTCACACCCACTGAAAAATCAAAGCAAGTGTTTCTTCTTTCCGTACCATCTCTTGACTGTTTGCCTATTACACGGAGTAATTCCATGCCTACTACCAGTTACTCAGCAGTACCTCCAAATGTAATACCACCCTCTCATCCACTTCGAGGAAGTCAGTCATTTGATGATAAAATTGGCTCTTTATACGATGATGTTTTTGTGTCTGGACCTGCTACCCCACTGAACCAGGGTGGACATACTCGGACTCTTGTTAGACAGGCGGCAATAGAAGATTCTTCTACTGGTGAAAACCAAGTTCTTGGACCAGCGCGATCTGTAGAAGAAAGTTATCTGGGATGTAATTTATCAAATGATTCTTTATTGCAGAGAAGCAAGTCCCTGGCACAGGCATCAAGTTTAGAAAAAACAAAGAAGACCCCTCAGGTACGAGGAACAATGTTTGAGTGTGAAACCTGCAGAAACAGGTATAGAAAACTGGAAAATTTTGAAAACCACAAGAAATTTTACTGTTCAGAGTTGCATGGACCTAAAACTAAAGCAGCAATCCGAGAGCCTGAGCATAAAACTGTTCCAAATAGTACACAACCTCAAATTCTGCACTACAGAGTTACTACTTCAACTGGTGTCTGGGAACAGACACCCCAAATAAGGAAAAGAAGGAAAATGAAAAGTGTCGGAGATGATGATGATCCACAGCAGAACGACACGAGTATGCCATCAAAGAATGCTGAAAGCCAAAGTAAGCCAACAAATTCTTCCAGTCTGTCAAAACACAGTGCAACAGTACTAGGTTCGCAACAACCAAGCAACCTTTTACTTCAAAGTTCACAAATTCAGCTTGTGGCTCAAGGCACAGATCTGACTGCCGAGACAAAGATGTCTCCGCTTGCTGAAAAGCAGACAAGTTCAGTTATGCAAGAAAAGGTGGAATTGAAAAGACAAGGGACTGGCATTTCAGTAATACAGCACACCAATTCACTGAGCAGAAATAGCTCGTTTGAGAAATCTGAATCCTTTGAAAGAGTGTCACCAGTTTCATCTCAAGAGCCCAACAAGGTTGCAAAACATCTCTCTTTGAACACACTTGCAGTCCAGGAGGATAGACACTCGCATCTGAATGCTTCCCAGCATCATCAGCCACTGTCATCAGAAGCAGCTAGAGGGGAAATGCAGGGAAGCCAAATAGTTTCTAATGAGAGAAGCATCCCGGTGCAGCCATCAAGACTTGTTCGCCAGCATAACATCCAGGTTCCTGAAATACTGGTCACAGAAGAACCAGACAGGGACCAAGAAAACCAGTGCAGCGATCAAGAAAAGACAGAAAGATTTAATTGGCCACAGCGCAGTGAAACACTGTCCAAGTTGCCAACAGAAAAACTCCCACCAAAGAAGAAAAGAATTCGCTTGGCTGAAATGGAGCATTCATCTGCTGAATCCAGTGTTGACTCCACGCTTTCAAGAAGTCTAAGTCGAGAAAGCAGTTTGTCTCATGCCTCCAGTTTTTCAGCTTCACTTGATAAAGATGAAATTTCAAAGGTGGACAATCCTTCCAAAGCAGAGCTTGTTAGTAAGTCAGCAGAATTCCTCATGATTCCAGCTGGCTCTCACGTTCTGGGTGTGCCTGGCCCTCATTATAGGGAAATGAGGCGCGCTGCATCAGAGCAGATCAGCTGCACGCAGCCCTCAATGGAGGTAGACTACAGGAGTAAGTCTTTTGATTGTGGAAGCATATCTCCATCAAAACCTGCTTCACTTGCAGAGGTAGCTGCTCCAAAACTGTCATCTGGAAATGGAGTTACTGGACATGTGCCTCTGCTAGAAAGAAGGAGGGGGCCATTTGTAAGACAAATATCTTTAAATATTGCTCCAGAAAGTCATCCAGTTAAATCAACGTCTTCATTTCAGACAGCCCATGCTGCTGATGTGCCATTTCACAGGCTACAGACCTCCAGCAAATCGTTGGTGAAGTTTCCTTCAAGTACTCAGCATTTGCAAACGCACTCAAGGCCTCACTCAGCAATTCAAAATTGTAATCCGGGTAATACGTCTTTGGTTCAGCAGCCTCTGGACCATGTTTTGAATAATCAAGGACAAACACCTTCAATGCATCAGCTTTCCCAGACCTCTACCAAAAAATCAGCCCAAGGGGAACAAGTGAACACGAACACACTTTCTTGTCATCTTGATGAGAAAAGAGATTGCTTTGCTCCAAAATATCAACTCCAAGTTAAAACATTACATATAGGTCAGCCATACTCTTCAAAATTGCTAAAAAATAATCTATCAAGTCAGTCTGTCTCAAGTCACGTTGGGGCGGACCAGAACATGCCTTCTTTTGAGCTGCAGGCTAAACTGTCCGACAGTATGTCTAACCCATACTCTGTGCCTCCTCTAAAACAAATTATTCCTAACAACTGCAACGGTCAGTTACATCAGATTCCTCCTTTTGTAGTTCCCGTCCGTATTCACAGTAGTATGCCATCATATGGCTTTGCAACTGTTACACCCCTTCCTCACATTTTGGTGACTCAGGATCAGGTAAGCCAGTCTGCTTCCAAAACAAATGCTGTGATGGTGCCAACGCTTGAAAGCAAAGCTCAGCTGCCAAAATCTCATAAAGATCATAAGAGGACTTTGCCAAATTCATTTGAATTTGAAAATCCACTACCAGAAAGTGGAACCAGAAACTTACCTTTGTCAAGCTCTTTGAATATTATTCAGAAAGTGCCGGTTAGTGGACTTTTCCCTCAACAGGAAGCTACAGCTTCAAGTAAAAGAATGCTTTCCCCAGCCAACAGTTTAGATATTGCCATGGAAAAACAGCAAAAACGTGTTAAAGATGAGAGTGGAGCTGCATGCATGACAGAAGGTAGGCCACTGCATCCACTGAATGTTCGATCTAATGACCCTACTGGTAAGCAAAAGAAACCTGTTTTGGTGAGACAGGTTTGCACCACAGAGCCTCTCGAAAATCACCTCTTAGATCCTGATGGTGTTGCACAGCATGAAAAAAGCAGCAAAGCCAGTACTTCAGACCTGCTGTTGCCTAACCGTCATTCATCTGAAACTGGTGTTTCAGAAACTCTGAAGGAATCATCAGAATCAGAAGACCTTAAGTCTTCAGCATCACCAGTGTTTGTAGTTAGAAAACCATCTGAACCATCTCCAGTGAGTAGTCAGAATTCTATTCCAAAGGCAGTAAACTGCAGTCAAGAAAGAAGGTCCCCAGGTAATAGTCATGAAAGTGAGCTAATCAGTAGCCAGGGCCAAGCAAAGCTACTGACTACACTAGCTGTGATGAATGCAGGAGAAATGCAGAGGTTGTCATTTCCAAGCCTCAAGACCTCAACAAGTTTTACCTGGTGTTATCTCTTGAAGAGGAAACCATTACACCTGCTGCAAAATGATCAGAAGATTTCAGCCTATTCTACGTGGACCATTAGTCCCAGCAATCCCAATCCTCTAGGCTTGTCAACAAAGGTGGCTCTTTCTCTCCTCAACTCGAAACAGAAAGTGGAAAAACCGCTATACACTCAAGCAAGAACTACTCATCCCAGGTCGGATATACTGGTCTATTCAAGCAAGTGGAAGAACAGCTTAACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012739:ENSGALT00000020790:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.648
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=1.3),PF139121=zf-C2H2_6=WD(100=1.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]