DreINT0078085 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101482 | hk2
Description
hexokinase 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2017]
Coordinates
chr5:13450092-13457378:+
Coord C1 exon
chr5:13450092-13450325
Coord A exon
chr5:13450326-13457073
Coord C2 exon
chr5:13457074-13457378
Length
6748 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGT
5' ss Score
9.35
3' ss Seq
ACTGTGTTTTTTTTCCGCAGGTT
3' ss Score
13.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GGATGATGAGGGTATAGTGAGTGCAGAGCAGGTGTTGAGAGGGCTTGGACTGGACCCGACACCTGAAGACTGTGTAGCCACCCAGCGAGTGTGTCAGATTGTGTCCACGCGAGCTGCTCATCTCTGTGCTGCTTCACTAGCGGCTGTGCTACGGCAGATCCGTGATAACAAAGCCTCAGACAGATTGCGCACCTCTATCGGCGTGGATGGATCAGTCTACAAAAACCACCCAGA
Seq A exon
GTAAGTTCAATGTACCAGTGTGCACTTTTTTGTAGTGCCCAAAATTAGGCCTGAATGATATAATGCCATAGGAGCTGATATCAGAGGGAAAAGAAGGAATATTGTTTTTAGCGAATGATGTACAGCATGTGATGCCTCGGCAAATTCGATCTGCCTGGTTTCATGACAGTCACATTTGCACATATTGGATTTATATCTGATTTATTTCCATGCATGAAACTGATCTTGAAATATCCAGCTGCGTATTTTTCATGGAACTCATCCAGTCTGTGTCATATTGGAGAAAAGAAAATCTGAATTAGGTCTCATTTAACTGACAGTGCAAATGGAGCCTTTTGTGGCCATTTGACCAACCTGATGGTTCTTTCTGGATATTTTCAGAGTTTGGCAAGGCCATAAACACAGAGGGAGTTGAATTACTGAAGCTTTTAACGGCCACCCGCTGTGACATGAATATGTGCATACATTCCCTTTCATTCCAGCAATGCAAATGAAGGTTATGGCTGAGAAACGGCTGAGAAATTAGCTGAGAGTGCTTTGCTATGCAAAAATATGGACAGATGAGAGTTCAGCTCTATTGGGTCAGCACGTATGTCTAGTGATATAGCTTTCATTGTTAGAATAGTATTTTAACTTTCAGTAATATGGGTTTGAGTAAAATGGTAATCGTTTTATTTTTGTGAAGATCTGGTAACGTTTTAACAAATCTCAAATGAAAATGTTGCCATTTCAACTTTTTTTCCCAGAAAATTACTTTGTTCATTTATTTATTTTAATAAAAAAAATAAAAAAATAGTGTAAAAACAGCCCCAGACCATCACACTACCACCACTTCATTTTGTCAATGGTATGATGTTCATTTTCTAAAACACAGTGTTTACGCCACGCTTAATGGAACACACCTTGCAGAAAGTTCAACATTTGTTTTGTCTATCCCCAGAGTAATGTTTCTAATATCTTGGGGATCATCAAGAGGTCTTTTGGCAAAATGAGCCTTAATGTTCTTTTACCTCAGCAGTAGTTTTCGTCTTGTTATTCTATTTTTGCCCAGGTTTCTCCTTATGGTGGAGTCATGAACACCAGTGCTTTTCACACATAGTCTTTTCTTGGGCGGGCTGCCCAGGTATTTTAACAGCCACCCAAGTATATTTACTGACACATTTTTTAACTTTTATTATCATCCTTTTATACTTTTTTTTTTTTGTATCCGCACAATATAACCAAACATCCGCTAGCGATTAAGTAGTGCAAAATCTTCTCTTGTTTACCCGTTTCATTTTGTGTGAGGGAGATCTATCAACACTCCCACAGACAGTCTCTGCAGACCCACAGAGACCAGCTTTTTTGGACGTCTGGCTGGAGTTTTTAAAAATCTTCTAAAATGTTCAGGATTTAACTTTTTGCTTTTTTTTAAAAAAAAATTCTTTTATCATATGCGTTTTTGCATTACCTTTTTACTTAAGCCTACTTTCGATTGGCTTCAGCTGACAGTGGGCGCACAGCAGCGAGAGTAAAATTAAATAAATTATTCTTTAATCTAATTGACCCCAAAAAACTAGCCTATTATCTGCTGCTGGTCATTTTTAATTAATTATTACCTTTGGTAATAGTTAATTAACACTTTTTTTTATTTTAATCTTGTAAATATTATAATTTTTAGAGATTGTTTTTATTCCTTTTACTGTATTTATTGTTTTATTTGCTGTGTATTTTTATTATTTGATGATGTTAATATATTACATAGGCTATTTTACAAAATACATTTTGCATATACAAAATACATGTTTGCTTTGAACGTGAAAGAAAGAGAAGCAGATTTTACCTGTCAGTGGGTGCACATGGCTCCTGAATAGCATAAAAATAAGAGAAATAGTGGATTAACCCAATGAAATGAAATGTACAACAATGTCATAGATAAAATTGTCAATTATTATTATTATTTTCGCTGTATATAGTTAACTATTTATGTGATGTGGGTAAATGGTGTTTCAATCCGGCTACCGCTGTAAGTATTTTTAAAATTTGTTAGAAGGACTGAACACTGACCTTAACTGAGGCAAGTGAGACCTGGAGTTCTTTTGGCTTTTTGGCTGTCTTTTGGTTGTTGTGGGGTCTTTTGTGATTTTTAGTGACTTGTGCTCTTGCTGTAATTTTGGTTTAACTTTTTCATACTGAAAAATCTCAAGTTATTTTATTTCATTTATTTTAACATTTCTATGGATCTCGGCATGATGTCTAGCATTTGAGGATCTTTTGGTTTACTTCACTTTGTCAGGCAGGTCCTGTTTAAGTGATTTCTTGATTGTGAGCAGGTGTGACACAAATGTGTGGCTAGAGAAATTAATCTCACGTGTAATAAACCAAAGTTGAGTTATGTTATAAAAGGAGGAGCAAACTTTTTTTCACACAAGGCTATGTAGTTTTGGATTTTGTTTTCCCTTAATAATAAAAAGCGATAGTTTAAATAGTGATTTATATGTTCATATTTGAGTAATATTTAAATGTGAATTTGATCTGAAACATATTGAAACGTTCACACCACTTTATATTTGTGTAATTGCAACAGTTTAACTTTAGATGACAATTTGCAAAATTTTAATGTGCATATACATTCAATTTCGCGACATTTACATTAATTAACTTTGGATTTGGATTTTAGTCTGAAGTAATTATTTACAGTCCATTTTGTTTGACGCGAAAGCAATTTGCAGGTATCAGCATTAATTAGTTGCTCTATTTTAATCTATCACACACATTCTGAGTTCACAGCTTTCACCTCACACAGGTGCCAACGCAGAAACACATCATTGGTAGAAATGCAGCATGTTCTGCAATTTTCCTGTAGGTGTGAATGGCTCTCATAGAGATGAATGTACTTTGTTCTCCAGATGTGCCTGTGTGCACAAGTGCCACCTCATGCCAGTCATGTTCACAGAGATGAGAGACATCAGTGAGCGGGCTGTGAAGATCAATATGACTTCATTCAGGATCCCTGCTGTTCTTTGGCCTCTATCTAGAGGCAGATAATCTTGTTTGAAGCAAATCTGTTTCTAGAATGGTATCAATTTCACTTTGGCGTCATCTGAAGGCTGATTTAAAGTTGACATATTGGGTTTCTTTACAATGGAAAGTTAATAATAACTAGTGCAAAACAATGTTGGAGGTTGGTTTTGTTCTTATACACTGAGAAAGTATGGTTGCAGTGTAAAATAATTGCAACTGAATTCATGTGTGTTCCAAGTGTTACAGCAAAAAAAGAAAAAAACTTTTGCATTCAATTGCAGGAGTTCATAGTTTAGACCAATGGGTTTTCAGGGCTGCGGTGGGCTTAGTTTAATTGGGCAAGTTAGGGTAAATATGCAATTCATTGTATAACGATGGTTTGTTCTCTAGACCAAGGGTCTTCAAACTGAGGGGCGAGACATTGAGGCGTGCACTCAAGTAAATTACGATTTTTTGATGATTTTTATGCGTTCACTAGAGGGAATAATATGATTAATGTTTGCTCCACAGCTATCCATCAGGCACCTGTAGAATTACTGCATTCCAGAAAAATATAGCTATACAAAAATGGACTGGATGCTTTTTAAAACTAATGACAGTGAATGAATGAAAGTCAAACCGATGAGCCATCTGACAAAAAAAGTGCCCTTCTGAGTCAAATCAGCAGCATGCCCATCTGGATCTTTTACTTACTTTAAAGACAGTACTGACTACATTTACATGGACATCATTAATAGTTATTTGCCTTAATCTGAATAAGACAATAATATAATTACATGAAGTGCTTTTTGAATGTTGCATCACCAGGCTATTCACGCTTCCTGCAGTCTCATGTAATTTTGGGTTTTTCATCTTCAGTTCCTCGACTTCAACTGCAGTTCAGCAGTTTAACATTCAGTCAAGGGCATTTCCGTGCCCCTTAGACAAACTAAGGTTTTTGACGCAAATTCGAAGAACTGGTGGAAGAGTGTTTTTATTGATACCGTACGTCGAATACTCCACGTCTTGATTTACATTTCTGTTTAGTTCGGTTATAACTTTAGTTGGAATAAGGTAATCAAAAATTGCTGTTTACATTGTAGACTTTTAATCAGAGTCTTGTTGTAATCATGTAAAATTGTATTAAAGTATTGTTGCCCATGTAAATATACTCTGTTCAACTCAACCACACCGTCAGGGCTCTGTGAACTTGACTTTGCGAAGCAGCATTTTCTGTTTGTACGTACATCAAAAGTAGTCTAGACCAGTGGTCCCCAACCTTATCACCACTGACCGGTCAGCGCTTGACAATTTTACTGTGGACTGGAGATGGGGTGGTGGTTCCGTAGGTTGCTAGGCAGTCATCAACTGTTTTCTTAGAGGATGACAAGCTGATAAAACCTTGCTATCTGATACAAGTTTTATTTATGGAGAAAAGTATAAAGCACTGCATTATTTGGGTTTTCTGTGTTTGTCAAAGACAAAGTCTCTTTAAGGCAAGTCGTTTCACTCAATGGCCATATTTGAAACACTTCTCGGGCAATATGCTTGGGCATTCTGTCTGAATGGGGAAACATCAAATTCTTCAAAACTGCTTGCCAAGCTTACGATTACATTACATATTTGGAACCGCCAATAAAATTAAACAACTACTGTCTAAGTTTCTTTTCTAAGTGTTCGAATTAAATAAAATTGTCATTTTCAGGTTGCTCGAGCTTGCACACTCGAAAGGAAAAGTTATCACGACATCAACCTCATTGATGGCTGTTCTATACATTATTATCCTCTGAATAATGCCTCGTCTGATTGCGCTTGTCTTCTTAAATAATTCACAACCTGGTCTTGATGGTGAATCTCCTCAAGAAATGACAGCGAGTCTTTGTTTACAAGGTTGTGGGCGTTCAGGTAGTTGCTGTCATGTGATGTGCATTTAACAGGATGGACTGTACCTCGCGTTGGTTTCATACAGGTTACAAAAAAACTTTTTTTTTCAAGTGCAGTCGTTCATTTAAAAGCACAGATTTCAAGCTTTATGTGGAGATATTTTTTAAGCCCATGAAGCAAATATTCGCTGAGATTCCTGCGTGTTTGAGCACATGAAGTGTCGTAAAAGCACATGCCTAGTCTGAGCTTTTTCCCCAGAGAATCATCAGTTTATATCAATCGATGATTGGCTTCTGTACTAGTAGGTGGAGCTTCATTCGCTATATTATTGACCATTACACTTTTCCCCATTCAAAACAATACGAGTGACATGTCTTGTGTATTCTAAAGTCTGTTTGAGAATTAGTTTCCCGAAAGCTAAAGCTGATTGGTCAGTTCTCACTTCTAAAAGGACATTTGTGTACATATAAACAAACGATCATAAACTAAAGCTCTAATCTTTAGAGACGAGGTAGCTCTGACAATTTAAAAAAAATACTTTTAAACAGCCATAGTGGCTAGTGTGGGTATTTGTCTAACCTGCCGCAGCTGAAATCTACCCCGCATTTGTTAGGCTGGTGGGTGTTAATGTCAAGCCCTGCAAATTACTATTTTCAATTTCATAAGATTCCTTTTACAGTATCAATATTGTAATGTAATCCCAATACAGTTTTATGTTCAATCCATTTAAATTTGCTCTTTAGGAGCGTGCTCTCCCTCATGAGTCTGTGTGTCAAACACACAAGCACCTTGTGCGATCTGCTGTGTTTGACAGAAATAAATATTGTGGATGGTAATTCCTGAGATGTACATCACTTTCTGTGATCAGGAACGCTTCATCTTTAAATACATTTTGAATGATAAGCACATCCCGGTGTGTAGTAATAATAGCCTTCACTGTAAATGCCCTGAGAGCTTGGCTGCTGTTTGGAGTTTATTGTGAACAACTTGGAAACAAATTTCACTTGGAGGTTGGAGGTTATTAGTACACTTTACGGTTCAGCAAATCACTGTCTTAATACAGTTGTTTTTGGGTGAGATTTCTGATCACCAGTAATGGGCTGTATTTCTTAAAGTTAATGGCCACAGAAAACGGTACTGAAGCCATGAATAAATGTACAGCTGAGACAGACATGTCGCCGATTTAAAGGAATAAAACACAGTTCAAGCTATCATCAGAAGCATCATAACCAGTATTTGTTAATTCTTTAGCAAAATATCGACTTCATTTATTCTAATTTATGAGTTTGACCATATCAGACACAAATATGTTGGCGAGAGTAGCAGAAGTGCCGTTTCTGGTTCCCATAAATGCAGTATATAGTGTCTTTCCAAAAAGAAATAATATTTACCTGTAATGATAATACATGTTCAGTGGAGTTTGTTTGACATTTTGCTTTTGTTCTTTTTTCATTGAAGAGTTTCTGGCAGTCCAAAGCTTATATAAGATTTTCGCAAAAAGTCAGTCCTATCATGCAAAAAGCAAAAAAAAAACAATAACTACACCATCACGTGTTATTTCAAAATCCACTTGTTCGATCAAGGCCATTTTAACAAGATTTTTATTTATTTATTTTTTGCCATTTTTATCATTCTTTTTCAAGTTCATATAACTAGAATTGCCAAACCACACTGCATCCACTCTGAAAAAAACCTAAAAAACTTTATCTGTACTTGGAAACCTCTTCTCTTTTTAATGAGCTACTGTTATTTTCTCTTTTTTACCTTCAGCTCTTGTGCAACTTTCATATGTTCCTCTCCTTTTTCTTTTACCTCTTTCTTTATTCCGCTTTTGGACCCATTTGGTTCCATCTCTCACTCACACTGTGTTTTTTTTCCGCAG
Seq C2 exon
GTTTGCTCGGCGTCTGAATAAGATGGTGAGGTCTTTGGTTCCAGACTGTGACGTGCGTTTCTTGCGCTCTGAGGATGGCAGCGGTAAAGGGGCTGCCATGGTCACTGCAGTGGCATACCGCTTGGCGAAGCAGCATGCAGAACGTCAGCGTGTTCTGGACACACTGCGTCTCGGTCGAGATCAGCTCCTGGAGGTGAAGAAAAGGATGGAGGAGGAAATGAAACGAGGCCTGGCTAAAAAAACACACAACAACGCCACCGTCAAAATGCTGCCCACCTTCGTGCGCTCCACACCAGATGGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101482:ENSDART00000160690:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.175
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0372711=Hexokinase_2=FE(32.2=100)
A:
NA
C2:
PF0372711=Hexokinase_2=PD(16.5=38.8),PF0034916=Hexokinase_1=PU(29.1=58.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]