DreINT0083336 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000002494 | itgb6
Description
integrin, beta 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-100812-2]
Coordinates
chr11:11021996-11026216:+
Coord C1 exon
chr11:11021996-11022147
Coord A exon
chr11:11022148-11025993
Coord C2 exon
chr11:11025994-11026216
Length
3846 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCAGT
5' ss Score
7.7
3' ss Seq
CTTTGCTGATGTGTGTTTAGGTC
3' ss Score
9.33
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTAATGAAGGTGCAGAGGTTTGCAGCGGGCAGGGCGAGTGTTTCTGTGGACAGTGCGTGTGTCTGCCGTCCAGTTTCGGCCGTGTGTACGGGCCGTACTGTGAATGTGACAACTTCTCCTGCCTGCGCTTCAGAGGAGAGCTCTGCGGAG
Seq A exon
GTCAGTACATGCTTTTACACTGTCAGAAGAAAAGAAAGCGCTGACAGTGGGAGAGATATTTGATCTGCTGTCACACTGTGGAATGTTAATGAAAGAATAACACGCAGATAATTGGCAAAACAGTTGCTGTGCTCGGGAGGAAACGGGCGGAAGGCTTTAATGTGGGCCATCTCATGTTTGTGTTTATTTATATATCCATTCTAGTGTGCGGTGTAATTTATATATACTGTATATATGTACACACTGTTGGATAGTAGCTGATTACATGTCATTCGGATTATGTCATCAGATTACAGGTTTAAAGGGATAGTTCACCCCAAAATAAAAATGTCCACACTATTTACTCACTCTCAAGTGGTTCCAAATCAAGAGTGAATTTCTTTCCTTAAAAAAAAAAAGATCCTGAAGAATGTTGGATAGTAGGGGCATGGTAGTCTATAGTAGGAACAACTATACTATGGAAGTCAATGGATGCTGCTTTTCAGCATTGTTTAAAATATATTATTTTGTGTTTGAAGAAAGAAACTCAAACAGGTTTCAAACAAGGGTGAGAAAATGTTTCATTTTAGCCCTTAAAGGATAGTCTTAGACTAAGTTGCATGTTTGAGCAGTCCTAGCTGAAAATAACATGCAGTGACATCTCAAAATACCTCAGTGTTCTTGATTAGTCTCAAGAGGCACACCAGTAATGCGTTTTTACAAACCATTTTTATATGAACTGCTTGAATACTATAATGTAATAAAGGTGTAGTCTCGTCTTAACCCACCTTATGACTTACAGGTGAAAAATGACCCATGCACCAATTTAACAGCAGAAAAACAACTGGTAACACTTTTCAAATTAATGGTCCATTAGTTAATGTATTTATTAACATAAGGAAACTATTAGTAATACCTGTTCTACCAGAAAGACTCTAGGAAGCAGATAAACATTTGAACATTTATTGTGAATTGTTTGCATGAATGAGTTCGTTACGGTCCTTTCATAAAGTTCTTTGGCGTAAGCCCCGTCTATAGTGCAGAACTCTGGATGAGCTGGCAGATCCTGCCTGAAGATGAAGGCAGGGCGAAGCCAACCCCCTGAGTGGAGACGAGGCCAACCTGGTGGTGGTGGTGGTGATGGGGAGGATGGAGGGAAACTTCTGCAACGTCACCTGAATACAGCGAAACAGATTGTTTAGATGAGCTTTTATACATTGCTTGGTTGTTATAGGCTGACGAGATAATTATTATGAATGACATGACATCTCAATCTTCCTGGTAGAACCTTCGCTAAAGCTTTCATTTATGATATCTATTCCTCTGTTAACGATAGTTAATGTTATTTAATTTAAATGGTGTTAGTTCATGTTAGTTCATGTTAACTCATGGTGCATTAACTAATGTTAACTAGTGATGTGCTGATTGAAACAAAAAAATCTATATCTCCGAAACCAGCTTTGCATGTTCTAGAATCGATTATCTTATGGAAATATTGATATTTTAGTATTTTGGAGCAAATATGTAGTTTATTGGAATAAAAATACAGCAGAAAGTAACCACAATTACCCTAGTTTCTTGGAATATAACCAACTTAGTCGGAACTACTACTTCTTCCGCCTGCCAAGTCATGTGCGAAATACGGCACTGTACAACTGCTGATCACACTAGCTATCCACTCAGTCTGCTGGCCTGGCACAAGTTGTTTAGAAGAGGAGGAAAGGAGAGGCACAGGTGCTGCTAGGGTGGGACAGACATCGCTCTCAGAGTCCTTAGGTGCAGCAGGCAGGCGTTATCCAGGTACAAAGGGAGAAAATGTGGCTGTATTTTGTGACAAAAATACATAAAATACATGATAGAATGACAAAAAAAGGTTCAAAATCTTCAGGGGGACCGGATTAACATGTGTTTTAATATATACAAGCTGCTCAGATGCTGTCAATAAATATGTTAGCTGGCTCTTTTTTTTTTTTTTGTATGAAATCATCATTAAACCAGAGTAACCCGTAATATGTCTTGTATTGAGTATAAAGTGACACTTTTAAGTACACTACTTGTTACTTTAATTTCCCTAACAGTAATTTTTGAGTAAAGAATCGGTATCGGATCGGCCTTTTATTTTACTTGGTATCAGATCGGATGGGAAACCAGTGGTATCACACATCACTAATGTTAACAGGCACAATTTTGGATTTTAATTATGCATTAGTTAATGTTAAACTATAATTAATTAATTAATTGCAAGAATATTTATGCTTGGTTACTGTTAGTAAATATATTAGCTAACATTAACTAATAAACCATTATTCTAAAGTGTTACCAAATAACCCCAAACAATAAGTTTTTGAAAAAATGTTGTGACTTTTTATAAAAATTGATTATCTAAACATGAATAATTTTCTATTTTAATGAAGGCTTCATGGTACAATGATTGTCCTTTGATTCAACCTGCCAGCTATAGAATTGTTTACACCACAAAAACTACTGGCACATACAGTACATACACACACACACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGCACATACACACACACACACACACACACACACACACACATACACACCTCCTAAACACAAAAATAAGAATCTGCTGCTTTAACTTTTATGAAGGTGGTTTTGATAAAAACCTTTTATACCTATTCAAGTACCTTTAGCATTAGAAAAAAGAGGATGTTTCTTCATTCAAAATAGATTTGAGAGCTAAAATTAAGTTTTGATGCTTTGTTTTATAGATTTAGTACTTCTAAAACAATAGGAGGGATAGGTGCAAAGCTGCCTCCGTGGTTAGCACTGTCACCTCACAGCAAGAATGTCATTGGTTTCCAGCGAAGTCCCAGCTGGCCCAGTTGGCATACATGCATGCATACATACACACACACATACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAACTTTTTACATTTCTTTAACATCAAACTACATTTGTGGGTCAAGGTCCCTCAATGCAAATAACAAGCATAAATAACTAATAATAATTACAATAAAAACATGAATCACAAAATATGGAAAATTGTTCATTTACAGATATTTTTACAGTGTACTCAAACACATACAGTAGGAAATCCAGTATATACAGTTGAAGCCAGAATTATTAGCCCACCTGTTTATTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAGCAGAGAGAAGATTTTCTCAACACATTTCTAAACATAATGGTTTTAATAATAATGATAATTATCTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGTCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTTGATATTTTTCAAGACACTTGAAGCTTATACAGGTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGACAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAACAATGGTTTGTTCCGTCGAATATTGGGAAAAAAAATATAGCTTAAATGTGCTAATAATTTTGACCCTAAAATGGTGTTTTAAAAAATTTAAAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAACAAATAAGACTTTTTCCAGAATAAACAATATTATCAGACATACTGGGAAAATTTTTTGCTCTGTTAAACATCATTTAGGAAATATTTTAAAAAAGAAAAAAAAATCACAGGGTGGCTAATATTTCTGACTTAAACTATGTATTTTACATAGTATGTATTTATTTTTTATTAAAAAAGATTTACTGTCATTTTAGAGATTGATTACTCAATATAAAACAGACTTTTTTCTTAAATCTGATTAACTTCATGTACTATACCTCTTTGCCTTTCCTTTGCTGATGTGTGTTTAG
Seq C2 exon
GTCATGGGGAGTGTGACTGTGGTGAGTGTGTGTGTGACAGCGGCTGGATGGGTGAGTTCTGTAACTGCAGCACCAGTAACCGGTCGTGTGTGTCCTCGGATGGGTCAGTCTGCAGTGGACGGGGCAGGTGTGTGTGTGGGAAGTGTGAATGCAGTGTTCCTGGAGCCTCGGGCAAACACTGTGAAAGATGCCCAACGTGTGGAGACATCTGCAGCATACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000002494:ENSDART00000065933:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF079748=EGF_2=PD(94.4=65.4),PF079748=EGF_2=PU(32.3=19.2)
A:
NA
C2:
PF079748=EGF_2=PD(64.5=26.7),PF079748=EGF_2=WD(100=42.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]