HsaINT0082924 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000115221 | ITGB6
Description
integrin, beta 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:6161]
Coordinates
chr2:160982890-160994362:-
Coord C1 exon
chr2:160993945-160994362
Coord A exon
chr2:160983113-160993944
Coord C2 exon
chr2:160982890-160983112
Length
10832 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGC
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
TAGAGCATTTTGTGTTACAGGTA
3' ss Score
6.58
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTCCTTCAGCGTGACTGTGAATATCCCACACTGCGAGAGAAGAAGCAGGCACATTATCATAAAGCCTGTGGGGCTGGGGGATGCCCTGGAATTACTTGTCAGCCCAGAATGCAACTGCGACTGTCAGAAAGAAGTGGAAGTGAACAGCTCCAAATGTCACCACGGGAACGGCTCTTTCCAGTGTGGGGTGTGTGCCTGCCACCCTGGCCACATGGGGCCTCGCTGTGAGTGTGGCGAGGACATGCTGAGCACAGATTCCTGCAAGGAGGCCCCAGATCATCCCTCCTGCAGCGGAAGGGGTGACTGCTACTGTGGGCAGTGTATCTGCCACTTGTCTCCCTATGGAAACATTTATGGGCCTTATTGCCAGTGTGACAATTTCTCCTGCGTGAGACACAAAGGGCTGCTCTGCGGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAACGGCGACTGTGACTGTGGTGAATGTGTGTGCAGGAGCGGCTGGACTGGCGAGTACTGCAACTGCACCACCAGCACGGACTCCTGCGTCTCTGAAGATGGAGTGCTCTGCAGCGGGCGCGGGGACTGTGTTTGTGGCAAGTGTGTTTGCACAAACCCTGGAGCCTCAGGACCAACCTGTGAACGATGTCCTACCTGTGGTGACCCCTGTAACTCTAAACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115221-ITGB6:NM_000888:10
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0036213=Integrin_beta=PD(9.6=29.3),PF079748=EGF_2=WD(100=25.7),PF079748=EGF_2=PU(32.3=7.1)
A:
NA
C2:
PF079748=EGF_2=PD(64.5=26.7),PF079748=EGF_2=WD(100=42.7),PF079657=Integrin_B_tail=PU(4.8=5.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)