DreINT0083681 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011909 | itpr2
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050419-192]
Coordinates
chr18:15969098-15980721:+
Coord C1 exon
chr18:15969098-15969189
Coord A exon
chr18:15969190-15980650
Coord C2 exon
chr18:15980651-15980721
Length
11461 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
TGTTCTGTTTTGCCCCTTAGGTT
3' ss Score
11.87
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTCGGAACACAGGTCTAGTTTCCTTCACATTGGGGATATCGTGTCTCTGTATGCGGAGGGAACTGTCAATGGATTTATCAGCACTTTAGG
Seq A exon
GTGAGTTACTGTACCTTCCAGTGTTTAGTGCATTGCTCTTAAAGATTTGTAAACATGGCATTTGTAAATTTCCCTCAGATAAACTGGTGTGATTTTTATTGCAAGGCAAGGTGCCTAAAATGAGTGAGTAAGGCAAACTGAAGATGCATTAGAGTGTGAAAGGTGTTTAATCCCCCTCGTGTCAGATGTAGTTTGCTGAGTGGAAGTAGGAAGTGATTTGAGTACATACTGCAGGCCAGGAGTTCAGTGTGACAGCGTTGCTTCAAAAGTCATGCAAATCACTGAACAGGAATGCAAAGTTTGCCGTTACCTTATGCACTAACAGTGATGCAACTAATGTAATATGGCGAATATGGTGTTGGCTAAATAAAAAGGGTTTAAAACACATTAACTTAACAGTATCAAACTACACTAGTTTCGCAAACTACACAAGTTACGCAATTCACCTGACTTGAAAAATCCAAGCATTTTTTTTGTCAACATTTTGTGTCAATTGGCAAGGAAGTATTTTATTTTTTGCTAATGAAAAGTACTACATATGCAAATTCAAAACAAAAATAATATGTAAATCATTTTTTTTATTTTTATAAAAATGTGCTTTATTCTATTTAGTGGGCCAACCACCTCATGAGTGCTGCCATTTTGATATCATGTGACCTACCTTTTCTGAAAATCGGTTAAAAGTCTTCTAATAACAGTTGCTTAGTAATTTTTTGCTAACAGAAATGCACTGTTTTACAAGGTGCATGAAAAAATAATGCCCTCAATTACACTCTCTCGCTCACTATCTTTCGTTTAGTGCCTCATTTATCAGGATTCAACCACAGTGGAATGAACCACCATGTCACATTTAAGTAAAGTATAATTTCCTTTATGTTAATTGCTTGAATTCGAAGAACTCCAAATATGTTTTAGTCAACATTTTTTTTAAGAATTGTATGAGAAACTTCAAATTATATAGCATCAGTAATATGTTTGCTTAGTTTTTTTTTTTCTAATGAAAAGTTTCTACACATGAAAATAAAATGAGCATTTAGAGACCAATCTAATTGCTATTGTCATAAAGCGCGAATCATCTCAGACTGGTTTCTTGAACATGACAATGAGTTTACTGTACTCAAATGGCCTCCACAGTCACTAGATCTCAATCCAATAGAGCACTTTTGGGATGTGGTAGAACGGGAGTTTTGCATCATGGATGTGCAGCTGACAAATCTGCAGCAACTGGGCTGGTCCAACCCAACACTAGTAAAGTGTACCTAATAAAGTGGCCGGTGAGTGTATATGACCTGTTAAAAGACACTACAATGGATATAAAGACTTAGTATTTTTTTTTACTAACTTAAAAGGCTTATTACCTTGTAAAAAGTAACACCACATTAAAGTGAAATCGAATTGCTTTTATGCAAATTAAGTAAAAAAAAAAAAACTCCCAATGTGTCAATTTTAAGTTTTATATTAAATAGCAAGTCACCACCTATGAGTGTGCTACTCTTTTTGATATGACGTGACCTGCCATGTCATATATACTGAGTAACTGTTTGTTAAAATTACTCTTTATAGAGCCCTATAGTGCTCCTGACAAGTATAGAAAAATATGACAACAACGTACTGTATACTAAAAATGTACATTATACATACATACAGTTATCAGGGAACACCATAATTCAGAGTGATGATATAGATCAAAATGTGTGCAAAATGAATGGATGAACAAAAAGGTGGTCGATAACCACTTGAAAACATACTGAGTGCACCTTGTTAAAGCTTATTATAAAACTTATTAAAGCCAAATGAGATGTCATTTAACGGTTTCTGAAACGCTTCACATTTTTTCATGAGTTCATGTAGGAACACATCCGCTTGAGTCTTAAGAAATATTATGTAGAATAACCACACGCCCAGCTCAATTTCTGGTTGCGTTGAATCACTTTTACGTTGTTGTGTGATGACTCATCTAGCAATTAAGGTGTAGAACAAATGACACTTCAGTTCACCATCTGCTTTCTGGCATTCAAAGTGCTGCGGTCACAATATACACCACTGATCTTTGCTTAAGCCTTTTAGCATTAACTAGATTTTCTGCATTGCATCAGGAAGATTGCATAGATACACTACAATGGCAACTTCTCTCATTATAACAAATCATGGCAAGGAAGTTTTGTGGTTTTCTAGGTTCAATATTTGTTAAATTACATTTGTAACTATAGAAACAACTTCAGAGGTTTTGTAAGGGAGTATACATTCTGCAGGCTAGTTTACACCGAGTATTGCAAAGTGTGAAATGACGTCAAAGGGAGCTGTCAGACTGCGTGTCCTAGGGTTTTAGTGCATTGTTGACGCTCCAGTTTTTGTTCAGTCTTTTGTTACAATTGGAACATGTTTGTCCAGTTTCTATAATTGAAGACAGAAACATAGAAGTGTGTGGCTAATGGATATTTAACCAAAAATCTGTGATCTTTTGATTTGTTCCAAACATTTTGAATATTTTGTTCTGTTAAACACAAAAGAAGATACTTTGAAGAATGTTGAAACGAGTAACTATTAACGCCAATAATGGAATATACCAAAGAAACAGTAAAAGTAGTACAGTAAAGGGATGGTTCACCCAAATAATTACAGTATGTTTATATTCTGTTGAAGTTCAAGTTCCGGCTTTGCATTTCTGTGTTCATGTTTTTGCGTGTTGGCGTGGGTTTCTCCCTGGGTGCTCCGGTTTCTGAAAGACAAAAACATGCCGTATAAGTGAATTAAATAAACTAAATAGGCCATAGAGTATGTGTGTGAAATGTGAGAGTGTACTAGTACTAGGTTGCAGCTGAAAGGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGTATAAGTTGGCGGTTCCTTCCACTGTGGCGACCCCTGATGAATAAAAGAGTAAGCTGAACTGAAATAAATAAATCACTGAATATTCTGTTGAACACAAAAGTAGATTGGTATAAGATTGATATTGATGCATTTTGGAAACCAGTAACCATTGACATAAATTAATGAATACTATGGAAGTCAGTGGTTACTGATTTCCAACATTCATCAGTATACCTTTTTTGTGTTCAAAAGCACAAAAAATATACATTTTTGGGTGAACTATCTCTTTAATACTGTACACTACTTTTACTGTTTCTGTAGTATATTCTAAGCAGTATCAAATCAACTCAACTCAAATCAGGCCTTTATTTGTCACATACACTTTTGTATAGTGAAATTGAAGAAGAAACAAGTGGATTGATACATTGAATCGCCTGAGCACATTATAAATATTTATTTATATTCACAAAAAAATTTCACGTGCACAAAATAAAAATACATTTTCATAAAATACGTTTCACAAATGCAAAACACCATTTGCAAATGTAAAAGAGTGTACAAAAAGTTTTGAACGTTTAAAACTTGAGTTCATCCTGAATGAGAATGTGCAAATCCTCTTTCACGTACGACTCCCCCTGGATACGTGTGTGTGTATTTTTGAGACTTTCCTGCCAGAGTTAGGACTACTCGTACCTTTCAGCCAATAAGATGAGAGCTGTATTCAGTGAAACCAACTCTGCGCTTCTTTTGCGCAGACTGTTCCTCTCCAGCATGGCGAACGGAGAAAGCAGCAGTCACACTTTTTAAAATTTATTTATTTATTTGACCATATCCTCACTCTTTTTATCCATTATTTTGCCGCAGCTCCACTTTTCTTATTTATTGTCTCGCAGCCCTATGAGCAACATGCATCCTGCAGGGTAATCATATGTATCATTCCGGCCACACCAGCATTGCAGTGCCATTGTGGTCCAGTGGTCAGCACGATGGGTTACCATGCCCTTAGACCTGTGTTCGATCCTCACCTAAGATGATATCTTTTTTTTTCATTTTTATTGTTAAGACATATAAAACTATAAAAAAAAAATAAAAATAAAGATCCTCACCTGAGTAAATATCTTTTTTTTCAGTTTCATTTAGTTTCTAATTACACTATCACGTCTTTTTCAAGAAAACAGCTGCTTTAGTCTGATTTGCGACCCTACCCATATGCATTTTAATCATTATGTTTGAGATATGTGCTTGCAATCTGTCATTGACAGCATTATTGTACAATTTTATTTACTGGTAAAATCACACATTTGTCATTGTCAGATTCTATTTAGCAATATATAGGCTAGAGTAGTTATACTGACACTGTAAACATTTATTTTCATGCATAACTGTTAGCTATGAAAGAAAACGCTTATCAAATGCTAGTAATCATAACTCTAAAATGCGACATCATCATTTGAAGTGCACACTTTTGGTTTCATTTTGACTGCTAAGTGCTTGTTCATACTTCGTGCGCAGCTCCAAAACGATCACATTGTGCCACAAACTGAATATTATTTACAACTGTACCTGTTATTCACAGCATATGCAGGTTCTGTTCAATAAAGTAGACGCTCGTGCGTCTATCATTAAGTATTGCGTGCGCACCCTCTCTGTGATAACAGCTAACGGTCAACAGCTCATGTCAAGTGTGATTTCCCGGCCGCGAAAATTTCATTATATGAAGACAAAAATGACATTTTTAGGTAAATTATACCATATAAACACAGTATGTGACTCATTCAACATCATTTGGAGATGTCCATGTCACTGAGCAACGTATGTGAATTGTGAAACAATGAAAAGACTCGTGCTAAATGCACAAATTTTAGTCGATATCAGGACCATAAAAAAATTGTCCATAGTATGACTACAAAGCTACAAAATGGTTCTAAAAAGCAATGAAAAGTACTTTTTATTTCTACACATTGCCTATTGTTCTTACAATTTTGCAAACTTAGTGAAAGTAGGCAGTTTTCAGTATTCCGTAAAAAACTCTTGTACTGCTGAACATAGACAGAGCCTTTCTTCTGATACTAAACAAGGCGGTCTTGGATTTTTTCCCAGGCTGTCATGGGTTTGTGGAGATATAATAGAAGCTGAATGGAGTTTAATTAGAGCGGACTTGCCTTTGT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Seq C2 exon
GTTGGTGGATGATAGATGTGTAGTGCAACCTGAGACTGGGGATCTTACAAACCCACCGAAGAAATTCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011909:ENSDART00000061134:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.080
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF087096=Ins145_P3_rec=PU(11.9=87.1)
A:
NA
C2:
PF087096=Ins145_P3_rec=FE(10.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]