HsaINT0083237 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000123104 | ITPR2
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6181]
Coordinates
chr12:26790157-26833198:-
Coord C1 exon
chr12:26832690-26833198
Coord A exon
chr12:26790228-26832689
Coord C2 exon
chr12:26790157-26790227
Length
42462 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGC
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
AAACATGCTTTTCCTTCTAGGTT
3' ss Score
9.76
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTCCAGCTCCCGCCGGGCGGCTGTGACGGCCGCAGCGGGTCGCAGAGCAGGGAGTGGACACGGAGTGGGGAGCGGAGAGGGAAGGAGGAGGAGGAGGAGCAAAGGTGTTGGAGAGAAAACTTCAGAAAGGAACAGGAAACCTGCCGGGGAGGCGGCGGCGGCTGCGGCTTCTCTGGGCGCCTGGGCTGCGCTCTTCGCGGGGTGTCCGCAGCTGCGGCTTGGCCCCGGTCTGGCTTCCCCGGCGCGCACGCACGGCTGAGCCGCGACGCTCAGTGGCTCGGGCCGTGCCCTCCGCCGCGGCTCTTGGCCGCTGTAGTCCCGCGATCCGATCCGCTTCTGCCGCGGCGGCTCCCTGGAGAGAGGGCGGCGAGGGCGCAGGGAAGAAGAGGGACGTCCACTGTGGAACATGAAGCAGCATGACTGAGAAAATGTCCAGCTTCCTCTACATAGGGGACATCGTGTCCCTGTACGCGGAGGGCTCGGTCAACGGCTTCATCAGCACCTTGGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTAGTGGATGACAGATGTGTGGTGCACCCAGAGGCCGGGGACCTTGCCAACCCTCCCAAGAAGTTCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF087096=Ins145_P3_rec=PU(15.5=87.1)
A:
NA
C2:
PF087096=Ins145_P3_rec=FE(13.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development