HsaINT0083237 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000123104 | ITPR2
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:6181]
Coordinates
chr12:26943090-26986131:-
Coord C1 exon
chr12:26985623-26986131
Coord A exon
chr12:26943161-26985622
Coord C2 exon
chr12:26943090-26943160
Length
42462 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGC
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
AAACATGCTTTTCCTTCTAGGTT
3' ss Score
9.76
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTCCAGCTCCCGCCGGGCGGCTGTGACGGCCGCAGCGGGTCGCAGAGCAGGGAGTGGACACGGAGTGGGGAGCGGAGAGGGAAGGAGGAGGAGGAGGAGCAAAGGTGTTGGAGAGAAAACTTCAGAAAGGAACAGGAAACCTGCCGGGGAGGCGGCGGCGGCTGCGGCTTCTCTGGGCGCCTGGGCTGCGCTCTTCGCGGGGTGTCCGCAGCTGCGGCTTGGCCCCGGTCTGGCTTCCCCGGCGCGCACGCACGGCTGAGCCGCGACGCTCAGTGGCTCGGGCCGTGCCCTCCGCCGCGGCTCTTGGCCGCTGTAGTCCCGCGATCCGATCCGCTTCTGCCGCGGCGGCTCCCTGGAGAGAGGGCGGCGAGGGCGCAGGGAAGAAGAGGGACGTCCACTGTGGAACATGAAGCAGCATGACTGAGAAAATGTCCAGCTTCCTCTACATAGGGGACATCGTGTCCCTGTACGCGGAGGGCTCGGTCAACGGCTTCATCAGCACCTTGGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTAGTGGATGACAGATGTGTGGTGCACCCAGAGGCCGGGGACCTTGCCAACCCTCCCAAGAAGTTCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000123104-ITPR2:NM_002223:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.009
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF087096=Ins145_P3_rec=PU(15.5=87.1)
A:
NA
C2:
PF087096=Ins145_P3_rec=FE(13.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)