MmuINT0084478 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000030287 | Itpr2
Description
inositol 1,4,5-triphosphate receptor 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:99418]
Coordinates
chr6:146476687-146502178:-
Coord C1 exon
chr6:146501787-146502178
Coord A exon
chr6:146476758-146501786
Coord C2 exon
chr6:146476687-146476757
Length
25029 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGC
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
TAAACATTCTTTCCCTCCAGGTT
3' ss Score
11.63
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGAGTCCCCCAAGGGGACCTAGAGGCTCCGCTCAGGCCGGGAGCGAACTGTGGGGACGCAGAGGGCTCGCGGGCCAGGGAGGAGGAGCGAAGGTGTAGGACAGAACTTCGCCAGGAACAGGAAACCTACTGCTGGGCAGGGGCGGCGACGGCGGCGCGGGGCCATCGCAGTGTCCCCAGCGGTGGCCTCGCTGCCGCTCCTCGAGCAGAGCTGCTTGGACCCCTCTGACCCAGCGGGCCTGAGCTCACCCTTGCGTGCAGCGGAGACAGCAGGGACAGCCACAGGAGCGTGAAGCAGCATGTCTGACAAAATGTCCAGCTTCCTCTACATTGGGGACATCGTGTCCCTGTACGCGGAGGGCTCGGTCAATGGCTTCATCAGCACCCTGGG
Seq A exon
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TTAACAGTATAAACATTCTTTCCCTCCAG
Seq C2 exon
GTTGGTGGATGACCGTTGTGTGGTGCACCCAGAGGCGGGAGACCTTGCCAACCCACCCAAGAAGTTCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000030287:ENSMUST00000079573:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF087096=Ins145_P3_rec=PU(11.9=87.1)
A:
NA
C2:
PF087096=Ins145_P3_rec=FE(10.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types