BtaINT0078498 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002313 | ITPR2
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_776794]
Coordinates
chr5:83398954-83459513:+
Coord C1 exon
chr5:83398954-83399045
Coord A exon
chr5:83399046-83459442
Coord C2 exon
chr5:83459443-83459513
Length
60397 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGC
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
GAATGTTCTTTTCCTTCCAGACT
3' ss Score
8.36
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTCCGATAAAATGTCCAGCTTCCTCTATATAGGGGACATCGTGTCCCTGTACGCGGAGGGTTCGGTCAACGGTTTCATCAACACGCTGGG
Seq A exon
GTAAGCCAGGGCTCCGGGCGGGGAGCGCGGGCTGGGGAGCCCTGGCGCTCGGTCCCCTCGGAGCTCATCCCCTTCGCCTGGGGTAGCTGGGCAGGCTCTGTGCCCGCGGACAGCGCGGTGCGCTCGGCTCGCGCGCTCGCAGGAAGCTGCCGGTGGAGGCAGGACTTTCTCAGCAACTTCGTAATCTCGAGCTCAGACGCATCTGAAAAGGAGGAAGTGATTCAGAAGCCCGAACACAGGCCCGACGAAGTCCTCGTTGGCCTCTCCGTGGGTTGTTTTGATTAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACCCTTACAGGTGGGGAAAAAAAAAAGAGAAAACAACACAAACAACACGGCTCCTCTCCCCACCTTTGTTCGCTACGACTCTCAAGCCCCTGCCCCTCACGGCCGGGTTTGTAAGAGCAGTCGATAAAAGTCTGTGGCCTTGGACGTGAGACTCGGGCGATGAGGCGAGCGGGAGGAGTGTGGCTTTGCTCTGCGGGAGGAGCTCACTGTCCCCGCTACGCTGAAGTAATTTCCTTTTGGCCGTGCCAGACGGGAACTCGCCCCGCCTCGGGGGCGTCCTGGGGGCTTCTGGGTTCTAGAACTCACACCTGCTTTCTCCCCTCTCCGGGCCTGGGCCCATTGAAATGCTCAGCCTCTCCTGGGACGCAGCCAAGTGCAGGGCTCTTGAGATTGAAGTTGAGATTTTTGAATGGGGGAAGTAGGTATATAAACATAGCCTGTGCTAGCTGGGTAGAGGACTTCCTTGATAACTAGTATTTTCTCTCTGTCCTGATGGTGAATACCAGCCTGTAGTTTTAATGCGCACTGCATTGTCTTTTGATAGGCACGTTTTTGTTGCTGTTGCCGCCTAGTCTCAGTAGCTGGACTCCCCAGTCTTAGAGATTTTAGGCTGAGGAACTGGTGTTTCCACTTATGACTGGTCACTTTTTTTTTTTTTCTGCTGTTAGATTTTAGGGCACACGACTTAACATGCAGCGTCCTTGGACGGTGACTTTGAGCCATGCCATTAACAGGGTGGTGTCTACCCGACAGGGGACATGGGAGTCCCAACTTCCACAGTTTCTGTTACTTGTGCATCTCCTCTAATGAGTGAAAGCAGGGAGGTAGATTTAATGTGGTTCCTTTAAGATCAGTGTTAATTTATTGTGAAACTAAAGCCTGGAAGAAAAAAAAACAGCTGTAACACGTCCTTGGTGCTGAGTTTGTAAATCATAAGCTGCCATTTGTTTCTGGGAGAGTTCACAGTGCAAGGTCAGTGTTTGGGCCCCCAACAACATTTTGCAGATGGACTCTGCTGCACCTCACCCTTCTCCACAGTGGACTCTGTGGAGGTAACATGGTGCTTAAGCTGGAGGGGCCTGGGGTCAAATCTCTGCTTTTCCTATTATGAACCTGATGACCCTGGGCAAGTTGTATAATTGCATCTCAGTTTCCTCACCTCTGAAAATAGGAAAATCGTGGTTACTACCTCATAGGATTGTGCTAAGAAGTGAGTTAACGTAAAGTGTTTAGTATAGCACCAGGCACGGGAGCAATTATATAAAATGTTCGCTATTGTAATTATCACTCCCTTGGTAACTGTGAGCAATAGTGACACTCTTGGACAAAATAATAAAAAGCATTAGGAATAAACTATAAAACCTAGTCAAATTAAAAGTCATGTTTTTGTGTGTCTTATTCAGCAAAAGAGGGCTTCCCTAGTGGCTCAGATGGTAATGAGTCTACCTGCCATGCGGGAGACTCAGGTTGAATCCCTGGGTTGGGAAGATCCTCTGGAGAAGGGAATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGTCTGGAGAATTCCATGGACAGAGGAGTCTGGCCAGCTACAGTCCATGGGGTTTCAAAGAGTCGGACACGGCTGAGCGACTAATACACACTTTCAGCAGAGGAATGTGTTTGATAACTACCTACTTAAGCACTTGTACTGTCTCTCCCGCTCAATTTGGAGGCGGAGAAACGGAGGGGAAGAGAAATGAAGTGACTTACCTACGAAGCAGAGGACATTAATGTAAAAAGCTGGAACTGTAGCCCTGTCCCCAGATTCTCAGCCAAGTGTGTATTTCTTTGGTTACATATTGTTGTCTTTAAGCCTTGAGAGAAAGAAGCTTGACCTTTAATGTAGCATGTATATTTGTAGTCAACATTTCTTGCTGGTGTTGTGGAAGTTGAGTTGCTTTAGAGTGTGTTTGTGCAGTATGATTTTTCTGTTGACAAACGGGTTCTTTTTGAGGTTACTATGACAAGACCTCTCTGTAGCTCAATTCTAAGGTGAGGATGGATCTTTGGGTATGCTGCCACCAGTGAAGCTTGGTGCTTTGATTGAGTGTTCTTTTTCTTTATGGAGTCCATGGAGTAATTGGAATACAACATGGTTCATGGAACTACATTGGCCTGAGAGTTTTAGGAGTTACAAAACTAGCAGGAGCCTATGTGCATGCGACATGAAATGTTCTCTAGGCAAAGTAGCATCATCTACTTTGTTAGTGTAGAAGACAACTGGTAGATATGTTACCTTGCATCTTTTTTTAGGGCCATAAATATCAAAGCAGCATTATAGTTTTTCATTACATTGTTGTAGGATCATAGTAATACACTTTTTCTATCAAAGACAGAGAGCATACTTTAGATTGAATCTCTCTGCTCTTCTATAGTTGGAGGGAGATCTGTTGTCTGAGGGCTATTGCTAACCTTGTTCATATCATTTATTCCCTTTTCATGTCAGCATGTCTTTGTGGAAAATAAAAGTATATGCTTCTCCCACCCCTAGCATATTATAAAAGTGAATGGAAGAGACAGAAAGGAAAGAGCCCCCCCCCCCTTTTTTTAGAAAGTTTGCAGGAAAATCCACATTATGCTTATATTCTGTGGCCCCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCGACCCCATACACGGCAGCCCACCAGGCTCCTTTGTCCCTGGAGTTCTCCAGGCAAGAACACTGGAATGGGTTGCCATTTCCTCCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTGTTCACGACCTGGTGGACTATAGCCTACTAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTTCCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCCCTTGTGGCCCTGAAGTTTCTTCAAAGGTCTGTGAATTGTTAAAGTGAATCAGAGAGCTTGATTGGAGATGTATTGTATTGGCATTGTATTTAGTTAGCCAGCATAGTTTGTTCCACTGTAATATTAAAACTCAGCGTAAGAGCTAAAAATGAGGCTGAAAGTTTCTGACTTCTGTTTTCATTCTTTATCTATTGGACACTTTTGGTTGTGTGATGGTTTTTCAAGTTCAGCTTAATTATCACAAGATAATTCATAGATTTATTTGTCTGCAGATAAATCGTATCTGATTTTAGTATCTAGTGTGGAAATTTGAGAGGATACACGTTATTATTTGGTTTTTGGGAATTTTTTGCAATAAAGTCATGAATTTTTCAGCTGGAAAAAAAAATTACAGGTTTTCATTCTGTTAGAGTTCAGTAGGCCCTTTTAGAGGCCTTTCCAACTGGAAATGTGGTAAGATTTTTATAGGCTCTGTGACCTAGCTTTTAAGCTCGGTTTCTCAGTCTGAGAAATTAGACTGCTCCTGTTGCAAAGGTTTGCATTTCCCTCCCGCCCACCCACCTCCCCACAATTATCCTTTAACCAGGATTTACCTGATGTTTCTGAATCCTGAGTTGTCACAAAATAAGGTAGAGTATTGTTCTTCCAGCTTGTATTGGTAACAAAGGGGCCTGGTTTATATTTTCTAACTTAATTTTTCATCTACATATCTATTTAGGAAACACTTATATTAAGGAAAACTGTTAAATCCTGTTGGATGAAGATGGTGAATATATTTTAAATAAACAATTTGTTTTGCTACTGTACACTTTAAGGTTATGGTTTTTATTTTTCTTTTAAAAGTGAAGGAGTTTGAGGACATGCTGTACAGTTTCAAATGTGGTATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAAATTTTAAAATTGAGGTATAGTTGATTTATAATGTGTTAATTTCTGCTTTACAGCTAAGTGATTCAGTTATGCATGTATATATATATGTATATATATATAGTTTTTAATATTCTTTTCCATTATGGTTTATCATAGGATAGTTCTCTGTCCTATATAGTAGAACCTTGTTGTTTATTCATTCTCTATATAATAGTTTACATCTGCTAACCCCAGCCTCCTGCTTTATCCCTCCCCCAACCCCTCTCCCTTGGCAACCACAAGTCAGTTCTCTATGCCCAAAAGACTGTTTCTGTTCATTTCTGTCACATTTTAGATTTTAGTTTCCACATATAAGTGATATCATATATGGTATTTACCTTTCTCTTTTTTAAAAATATTTTTTGATGTGGACCATCAAAAAAAACTTTGTTGAATTTGTTACAGTGTTGCTTTTGTTTTATGTTTTGGTTTTTTGGCTCTGAGGCATGTTAGATCTTAACTCCCTGACCAGGGATTGAACTGGCACCCCCTGCATTGGAAGGCAGAGTTTTAACCGCTGAATCACCAGGGAAGTCTGTATCTTTCTCTTTTTGATTTCTCTTAGTATGATAATCTCTAGATCCATCTATGTTGCTGCTACTGCTAAGTCATTTCAGTCGTGTCCAACTCTGTGCGACCCCAGAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCCATCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGTGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGGGAAGTTGCTCAGTCGTGTCCGACCCTCAGCGATCCCATGGACTGCAGCCTTCCAGGCTCCTTCATCCATGGGATAAATGGCATTATATAATTCTTTTTTATGGCTGAGTAATA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Seq C2 exon
ACTGGTGGATGACCGATGTGTGGTGCACCCAGAAGCAGGGGACCTTGCCAACCCTCCCAAGAAGTTCCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002313:ENSBTAT00000002982:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF087096=Ins145_P3_rec=PU(11.9=87.1)
A:
NA
C2:
PF087096=Ins145_P3_rec=FE(10.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]