DreINT0088477 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000057867 | lasp1
Description
LIM and SH3 protein 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-1936]
Coordinates
chr3:15930860-15935078:-
Coord C1 exon
chr3:15934971-15935078
Coord A exon
chr3:15930945-15934970
Coord C2 exon
chr3:15930860-15930944
Length
4026 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
5' ss Score
10.74
3' ss Seq
GTAATTTTGTGTGCGTTTAGATT
3' ss Score
6.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTCTACAAGGAGGAGTTTGAGAAGAACAAGGGAAAGGGCTTCAGTGTTGTGGCCGACACACCAGAGTTGCAGAGAATCAAGAAAACACAAGACCAAATCAGCAAC
Seq A exon
GTAAGTTCAGCACCTAAACATCAGACTAAACCCTCTACCATTACCAAATTATCTACCAAAGCAATATTGTTGTCCTTTACTTTTTTTTTCCTTTGCATTTTCTTTTTTCTCCACTCTTAGCTGGGTTTGTTTCATCAGAAGGTTGGGAGACACTAAACAAAATGTAACAGATTTATTTTTTTTTTCCTCCAATTTAATACTAGCCGTAACTTTTGGTTGTTGTTTTATTCCTCCCATCCAGTATTGTGTTACTGCTAAAAAGTAATGAATTACTTATTAAATAATTATAATGGTGTTAAAATTACTTTTCTTGAATTAATAAAGGGACTAAGCCAACAAGAAAATGAATGAAATAATAATATATATTTCAGTGCTTCCCACAGGTTTGAAATATACTTGCGGTAGTAGCCAGATTGAGAAACACGCATCACACAAATATTATATGCGAAAACATAATTTAAAATTTAACAATTATTTAATTTATTATGACATTGTTATACACCGTTTCTAAAAAAAAAAAATGTTGAAATAAAGAAATCCACTACTTTTACTTTTTGCAATTCAGGAGCCATGTGCACCCACTGACAAGTAAAATCTACATAAAATCTGCTTCTCTCTCTTTCAAGTTTAGTGCAAACTTGAATGCCAAAACATTTTAAATATGTATATCAAATAGCCTATGTAATATAGCTTAATGACAGCAAATGAGAAATAAAAGACAGAAAAGGGAATAAGAACAGACAATATCTCTAGAAATTATAATAATTACAAATTTTAAAACCTGTAGATTATTTAAATAAGACAAATGCATTGATTAACCATTATTAATAGTGTACATATATTTTGCAGCTTTTTTTTTTTGTTTTGTTTTATATTATAAAGTTTTTGGGAGTCGTTTAGATTCAAGAATGAATTTGACTCTCGTGATTGTGGGTGCGCTGTCAGCTGCAAAGCCAAAAAAAGTTAAAAAGTAATGCAAATACGCATACGATTATTGAATGACAGCTTTAGAAAGCAAAAGCCGAAACCCCGACATTTTAGGAAGTTTAGAAATTAATATTTTTAAGTGCCAAAAAAAGAGTCTCTCTGTGGGTCTGCAAAGCACATGAGACTGTCTGTGGTAGTGTTGACAGTTCACGCGCGCACCAAAACGATAAACGAGAGAAGATTTTCCACTACTTAATCGATCGCGATATGTTTGGTTATATTGGGCGGATACAAAATGGTGTAAAATGATGATAATAAATGTCACTAAATATACTTGGGCGGCCGTTAATACACCTGAGTGGCCCGTCTACGGAAAGTCTGTGTGTGGGAAGCACTGGATTTTTTTTCTTAATTGAGCAAATGCAGTTCTCTTGATTAAATGAATTGATTTACCTAAAACTGCTGAATTATTATACAGTATTTAAGGTAAGTGTATTATAAGGAATTTTAATGAAATTACCTAAAAATTAAACATAGTCCCTTACTTTTTTAGCAGAAAAGTAGATTTACACCCAGAGATTTGATCCCAACCTTTCTCTTTACCTCTCCAACAAACATAAACACCAGTAAAACATGTCATTACATTGTCAATACTGTATTGTTGGCAGTAACTCATAATGGTTTGACCTTGAGGATCACTTATACAGTCCCATCCTTCCTCTTTGGTGCCACACCTGTTCGCTGAGAAATCTGGTTGCCTGGCAACATCTATGTCACCAAACTTCCTTTTTGCAATGTCATTTCCTGTCAGCATGAAAGAAAGGCACCGGATCGTCTGGCTCTGGAGACACCTTGTGGACTGTGCAGGAATTACTCTTATTGCCACCCTGGCTCAGAATGAACAGTTCAATTAAATTAAAACGCTCTCGCTGAAACCACCACTTTGCCAAATGAAGGACTGTCTTCTGAGTAGTTTAATTATCAGATAGCACTGCAGCAGTATTCGTCATGCTTTCTATTTTTATATTCGTCCTCGCCTCAGTTTTCTACAGTTCATTCAGCTTGAACTGCTTACCCAGTGTGGCCAATGCTGCGGAGGAGATGCACTCAGCTTGAGTGTGTGCGAGATCTATACAGCAGGGTTATCTTCAAAATGCTCTGTCATTGTTTTTAATGCATTGACGCATTGATGATGAAATCCCCATGCATTATTGTATGGTTTGGTATCTGTAAGGGTAATAATAAAGAATTTTGCTTTGTAGCAGGGAGTTAAATAGGTCAAAACTGACAAATAATAACATATAATATTAGCTTTTTATTGTGCACATTTTTGAGTGTTTTCAAAAAAAAATCTAACCCAAAAATAGTCGTATCAGAATGATTTCCGAAGGATTTTTTGACTGATCACTAGGTTAATGACAACTGAATATTCGGCTTTGACCTCACATGGATATATTGTTAAAATATGCATTAAAATGTTTATGATTAAAAGAAAAACAGCAATTTAAATTGTAATAATAATAACTGATAAATGCAGCCTTGGTGGGTAAAAGAGACTAATTTCAAGCTCCACACTGATCTCAAAGTTGAGTCTTCCAGAAAATCCATCCTTATTAGCATTTTAATGTGCTACATTTACATACTTCAATGCAGAAACACATGGAAATTTATTGCTTTTTGGTGTAGCCAACAGAAATATAAATCAAAACCTGATCTGACGCTACATTTGATCACCCAAGCTGTGTAAATTGGGCTTGTTTTAATCAGCTCAACACTGATGCTTATTTGTTTTCTGATTGCATTTCCTCAATATAAATGCACAGCATTTGGTAAAAGTATCATTTCCAACAAATACGCTTTATTCGCTGCTACAGCTGTGTATTTTTCAGTTATATAAATCCATAATTGACACTTTTGTATGAAATCCGTGTCATGTTGTGCATGTTTATCATTTTCATCTGTCTAACAGCTGCTTCCAGAACATCTGCTTTTTGTGGCTAATATAATCCTTGCAAATTTGAGATGTTTCAGTTTATTCAGCTAAATAATTCAGTTGAGGCACGTACGCTACCTGACAAAAGTCTTGTCGTCAATCCCAGTTGTAAGAGCAACTAATAATAACTTGACTTCAGGGTAATCATTTGGAAAAGCGGCAGAAGATTTTTCTGATGAATCATCTGTTGAGCATCATACCAGTCATTACACATACTGCAAAAGACCTACTGGAACCCAAATAGTCCAGAGATTTTCTCAGAAATCAGTCAAGTTTGGTGAAGGAAAAATTCTGGGTTGGGGTTACATTCAGTATCTGCAGAGTGGATGGCAACATCAACAGCCTGAATTATCAAGACATTTGTGCTGCAAATTACATTACAAACCACAAGAAAGGTTAAATTCTTATGCAGGATAGTGCTCCTTCCCATCCTTCAGCCTCCACATCAATGTTCCTGAAACCAAACAAGGTCAAGGTGCTCCTGGATTGGCCAGCCCAGTCACCAGACATGAACGTTATTGAGCATATCTGAATCTTGATGATCTCTGGGAGTCCTGCAAGAACGCTTTCTTTGCTATTGCAGATGACTTTATTAATAAGTGATTTGAGTCACTGTAGAGATGTATGGATGCAGTCCTCCAAGCTCATGAGAGTCAAACAATATTAATTCTTCTTTCACTGCAGCATGACTTTATATTCTGTGCTACATTATTTCTGTTCCGTGACAAGACTTTTGTCTAAGCAAAGTCAGACCTTACTGTCCTAATGAAATAATAAAAAATCAAGGCATGATCATATTTTATTTAGGTAAAATAAGCGTAATCTAGAGGCCTTTGCCTTTCATATAAGCCACTTCTGATACCAAATGATCAACCAGAAGTCAAAATATTATTTGTTGTTCCTAAAACTTGGATAGACGACAAGACTTTTGTCAGGTAGTGTATTAAGCAGAATTTACAACTTTTTTATACATTAGTGAAAAGTAAATAAAAAGTAGTTTGAAAGCATAAAACGCATGTAAACTAACATGATGAATATTGGACAGAACAATTATAGTTACTAAAGTATAGTAATTTGACATTGTGTGTAATTTTGTGTGCGTTTAG
Seq C2 exon
ATTAAATACCATGAGGACTTTGAGAAGAGCCGAAGTGGAGGGGACACCCCGCTCCCACTGACACCTCAACTAAACACACCTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000057867:ENSDART00000051807:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.481 A=NA C2=0.966
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0088013=Nebulin=PD(37.9=30.6),PF0088013=Nebulin=PU(55.2=44.4)
A:
NA
C2:
PF0088013=Nebulin=PD(37.9=37.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]