DreINT0091811 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000028533 | macf1a
Description
microtubule-actin crosslinking factor 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3606]
Coordinates
chr19:35620292-35624755:-
Coord C1 exon
chr19:35624666-35624755
Coord A exon
chr19:35620370-35624665
Coord C2 exon
chr19:35620292-35620369
Length
4296 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGA
5' ss Score
6.29
3' ss Seq
CTCTCTCTCTCTCACTTTAGCCC
3' ss Score
10.48
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCGGAAACACATCACAGACCTGTATGAGGATCTAAGAGATGGACATAACCTTATTTCCCTGCTGGAGGTGCTGTCCGGTGTCACATTG
Seq A exon
GTGAGAGCACAGACACCATTACCTTAAGACATGCACAAGGTTATATACAAATTAGATTTCAGTGCTTTAAGCAGTTCTCCCAGGTCATTCATATGGCAGAGATCTGCTCTATTCTCCATAATGCTATTCTGAGTTGCATGCTACCTGGAGATGATGTCACATGAGTTGACCTGGGGGTTAGGCTGATGTCATGAAGCGTCCTGGCTTGTTGCTGATGCCGCCAAATGCAGATACAAGCCTTGCAGCAGAGAAATAGCTGAGTCTGACATGCATCGCAGTGTGTAGGAATGACGTTTGCATTAGTACACTGTTTCTGCACTCAATCTTTCCTTCTCCGATGGCTGGGGACCATGATGCACTGGGGCAGACTAACTGACGGGTGGATTAACCAAAGCAGACTGCTGACACACCACCTGCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGATTCCTCTGTCTCCATTTCTTTCTCTCATCTTGATCTTATGATTTTAAAAGATTCGTTCACTCCAGAGTTTAAAATAGTCTTGATCATTTACTCGTCCCCATTATAAAAGAGTCTATGAATTTCTCCATATAGTGGTTTTCTATGGGAACATCTAGCTGAAGGTCAACATTGCAGTTTCATGACAATCTTATGTGCTAATGTGAAAATTCTGTTCTTTTACTTCCTCTTCACGTGTCCTTAACTGTTTTGAGTTTCTTTTATTCTTTTAAACACAAAATAAGATATTTCAAGAAAGCTGGAAACCTGTTACCATTGACCTCCATAGTAATTAGTTTTTCCTTCTTTGAAAGTCAATGATTACAGGTTCCTTACTTTTAAATGTCAAATGAAAAATGAAACTCACGCAGGTTTGAAACATGTGAATAGCAAGTAAATAATGTTTATTTTAAGTGAATTTCCCTTTAGTTTATGTATATATCTGGTTTAAAGGGCACCTATAATGAAAGTGATTTTTTTGTAAGCTGTTTGGACAGAACTGTGTGTAAATATTGAGCTTCCACTGTCATATTGGGGTGATATAAACAATAAGTCTCTTTTCTTTAATTTCCTGATGTTAAAAAAAGGTCTAAATCCCTTCCATTTTGAGGCCCACCACAACGTGATATAGGAGTTTTGTTCCCCTGCTCACAAACCACAATTACATCAAATAATCATTGGGAAGGTTCTTACTGTAGTATTTCTTACAAACGTTATGTGAGATCTGCTTCCTTTATGTCTGTTACTGTGCTGTTTATCTGACACAGCAGAGACAGAGATTGAGACATACTTTGTCTCAATGTTGACATGTTGTGCCAAAGTTAGCTATAAAGCTAATTTACATATGTAGTCCCTGGGCAGCCAGTTGCAAGAAAAAAAAAATACAATATACACATACAGTACAATACATACAGTACATCATGTCTTTTCATTATTATTATTTTTAATGACTAATCATTTAAGTAGATACTCCTTATTCCACATCTGGGTTTGTGTAGAGCTGTAGAGACTATAATTTGGACCTTAAACCTGTTGGTTCCATTTGAAGTATGTTATGTTTTCCTCTAAAACCTTCATTTATTTTTGATTGAATAAAGAAAGACATGGACTTCTTACATGGAGGTTGAGCAAGGGGTTGAGCAAATCATCAGTAAATTTCAGTTGTGGAGTGAACTCATCTTTTAACTAGGGCCGCACAATATATCATTTCACCATCGAAATCACTATCTGCGCATCTGCAATAGTCACATCACAGGGTCTGCATCACAGGAAGTCATCTTGGCAACATAATTGATCATGAACCATAGTTCAGTACATGATCTGTGGAGTCATTATATATTTTAACCATAATCTTATAGTGTGAAAGATTTTTATTCAGATGTGTTTCAGCCTGAGACTGAGATTTAAAGCAAATTTAAACCACTTGGGCAAAAGAGATTATACAATTTTCCACTTTAATCAAGTTTAATTGCATTTAATTATTTATAAAGACTATAGTGTTATTTTAGATTAGATAATTGAATTCCTCTACCTCTATATTATTAGATTCCACTGAAAACTATGAAGCACTGTTTATTTTGTTTTTATCCTTGTTCTGTTGGTTTCATCTTTGCTTTAATTTGTTTTAATTTTGTATATTTTTGATGCACTACCCTACAAAATCATCCGAGTCAATGTAAAAATCTAAAAATCTTTCCAAACATTTAATTAAAGGTGCGGTATGTAAGTTTGACACCCAGTGGTTAAACTAGGTATTACATTCAACACAAACGCAAGCGCAGGTTGCCAGATTGAGAAGCGAGTCTGACGATCGAGCCTAAAGGCTGATTTAAACTGTGTTCTAAATTAAAGCAGAAATAAAGTTTTTGTTCTAACCAACACCTCGAATTGATATATTAGATATATTAAAAACGGCTTCTATTTCTCACAGCTGAACAACACTGAACAGCTGACAATGATCACCCCAGGTAGACCTCATGTGCTTCATTCAGGGTTAAATGCTAACAATGTGAGTTTGAATATCGTTTTACATGACATTTATTGCTATACTACTGAAAGCAGCAGCAGATAGTTTACCTCAGATCTTGAAAATAAATTAAGCAGTTTGATATGGAACTTCAGAACTGTGACTCAGTGCAAACCAACACATATCAGGGATTCAGCATGTACATTTAATAATGTTAAAGAGGTTTAATATGTATTAATTAGATCATAAACCTTACCATTTCCTGCGTGAGTGCATGTTATTTGCTTCTGAATGGCTGTATTCAAATTTCTGTCATGTTTTAACTGGTGCAAACAGCCAAATTGCTCATCACTGCAAATCTCCTCACTTAGCGTTTTATTACGACACAGGGTTACAAGGTAACCTGTTCAACTAATGTTTACATTCATAATATTTATATTATTTGCTAATTAACCTCATGTGGAACTCTGAATCTGCGTCTCATTTTGGAGTCTGCTACTGTCCACCCGAGATCGCATCTCGGTCACGGACACATGCTTTGAGAGCCTTTCTGAAAGAATTAATCAAATACAAGGTTTTCTATCAAGGCAACCTGGGGTGCTGAAATATTATTGGCTAAACTGGTATTGGACAGGTTAAAGGAACCAAAACAAAGACAGCGTTCCAGCACAGAAAACACATTTTCAAAGCAGAATAGCTGACTCAGCATTGTTTTTCAGATAAACAAGTATGTTCACCTAGCATGTTTCTGAAATACCTGCAAACATATGATGGTATTTTTATGCTTTAGAAGAGTCAAAAACTTACATACTGCACCTTTAAGTCATATTGTGAAATTATATTCATGTCGCAGTGTCAGTTTTATTCAATATTGTGCAGCTCTACTTTAAACCATATTTGATTAGCAGTTTTTGTTTGTTGTTTTGCTTCACTCTCTCCCTTCATCTTGTTTTCATTTTTTAAACTGTTGTTTGGTACGTATGTCAGCCATTCAACACTGTTTCTGTCTTCATCCTCTCTCTGTGACCGTCTCTGATGTCATCAGCACAAGGGCGTGTCGACTCTGCGGAGGACATCAGTGTCCCGCGCGCCACCGCTCATCCTGCTGGGTGGGGAGGATGAGGATGGAGCTCAGGGAGTACGTGTGACCCCCCCTGCCCCCCTTTCCCACACAAACACACAGTCAGTTCTGTACACTGCATGGCGTGGACTCAAAGGACAGGTCGATTTCATGAATATGCATGTCTAGCAATGCATAATTCATGATGCCGGACGTAATCTGATTATTTTAAAAATTGGGTCCGAGAGACCTCGCCTTGTATAAACACTTCACCTCAGTGCTTCCAACACCTCCTCACATTGACTCTGATGACACGTTTGCCCTGTTGTGGGGATTTTCTGCTCACCTGTTCACAGGTTTGCTGTACACGCCGCTGCAGTTGTGTGTGTGTGTTAGTGAGCATGCTTTGCACGTACGGGTGTGCCATCTATATCCTACACTCTTCATATTTCTCTTGGTGAGCTGCTAGTAGAGATGTTAGCAAGCAAGATGTGTGATGCAGTAATTAGTCTGAGTGGTTTACTAATGGCAACATTTTACACGGTGTGTACTGTATGCTAACTATTCCCCGTAACCCTGGAATAAGATGAATTCATTGCTGATGATCCAGAAAGGGTGCTGTGTTATTTTCCAGTGTGCTGCTTCTGCTGCTTACAGGCTTGTGCTAATGAAACAGTGCTGTTCTCACACAGACCTCCAATTTGCCTGGATTATCAGTGCACACTCATCTGCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTTAG
Seq C2 exon
CCCAGGGAAAAGGGTCGCATGCGATTTCACAGACTCCAGAATGTCCAGATCGCCTTGGACTTCCTCAAGCAGAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000028533:ENSDART00000146394:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.038
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0030726=CH=FE(28.7=100)
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=FE(24.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]